Liturgii przewodniczył kard. Zenon Grocholewski, były prefekt watykańskiej Kongregacji Edukacji Katolickiej. Homilię wygłosił abp Jan Pawłowski, stojący na czele sekcji ds. personelu dyplomatycznego w Sekretariacie Stanu Stolicy Apostolskiej. Mszę św. koncelebrowali również m.in. abp Wiktor Skworc i bp Marian Florczyk oraz ok. 40 duchownych.

W liturgii uczestniczyli pielgrzymi z kraju, m. in. grupa Podhalan w strojach ludowych, kapłani z Polski pracujący w Wiecznym Mieście, siostry zakonne, jak również mieszkańcy Rzymu. W kaplicy św. Sebastiana, gdzie znajduje się grób św. Jana Pawła II zgromadziło się w sumie ok. 200 osób.

Kard. Zenon Grocholewski powiedział na początku liturgii, że św. Jan Paweł II spełniając swoją misję uniwersalną wobec całego Kościoła i świata, zrobił bardzo dużo dla naszego kraju, który znał, cenił, kochał, za który się modlił i który starał się ubogacać swoim słowem i działaniem. „My także przyszliśmy się modlić za nasz kraj, za Polskę, tym bardziej że przypada w tym roku 100. rocznica odzyskania niepodległości” - powiedział kardynał. Jak dodał, chcemy się modlić, aby w naszym kraju zawsze zwyciężały dobro i prawda. Jak zauważył kard. Grocholewski wartości te - ściśle ze sobą złączone - były niezwykle drogie św. Janowi Pawłowi II.

Polski purpurat kurialny dodał, że obecność prezydenta RP w Watykanie i przy grobie św. Jana Pawła II w 40. rocznicę wyboru Karola Wojtyły na Stolicę Piotrową jest wymowna i budząca optymizm, w perspektywie dobra naszego kraju. „To czy będą zwyciężały dobro i prawda w jakimś stopniu zależy od każdego z nas” - powiedział hierarcha.

W homilii abp Jan Romeo Pawłowski nawiązał do dnia 16 października 1978 przypominając, że był to poniedziałek, zwykły, październikowy, pogodny wieczór. „I nagle ta zwykła, szara atmosfera wieczoru, została rozerwana wieścią, którą podały najpierw te nielegalne, a potem nawet legalne fale radiowe i jedyny program telewizyjny. Wieścią tak niemożliwą, że trzeba było dużo wiary, aby ją przyjąć” - wspominał hierarcha.

Jak dodał, tamten wieczór stal się jakiś radosny, szczęśliwy, nawet to, co szare nabrało barwy i ludzie się do siebie uśmiechali, podawali ręce, gratulowali. „I była długa noc, polska noc papieskiej radości”- przypomniał arcybiskup.

Hierarcha powiedział, że nikt wtedy chyba się nie zastanawiał, co działo się w sercu kard. Wojtyły. „Wielu wiedziało, że było to dobre serce, ludzkie i polskie, ale co się w nim wtedy działo. Ile pytań, niepewności, człowieczego strachu? Myślę, że on sam nie wiedział, co zrobi, aby tym sercem ogarnąć cały Kościół i cały świat” - powiedział abp Pawłowski. Jak dodał, pewne, że w tamtej chwili wyboru i decyzji rozbrzmiało w sercu jestestwa Karola Wojtyły to wielkie Chrystusowe zapewnienie: "nie lękaj się".

Zauważył, że długi pontyfikat Jana Pawła II wypełniony był modlitwą i przekładaniem na rozmaite języki, głoszeniem w różnych stronach świata, świadczeniem własnym życiem, aż do przelania krwi, tego samego Chrystusowego wezwania i zapewnienia: "nie lękajcie się".

Hierarcha przypomniał o pielgrzymkach do Polski św. Jana Pawła II zauważając, że o wiele więcej było działań zakulisowych, troski - także materialnej, „ileż dla niego znaczyło to słowo i rzeczywistość: solidarność, które niestety potem zostało przez niektórych rozmienione na drobne w kasach politycznych układów” - mówił arcybiskup.

Zwracając się prezydenta RP abp Pawłowski powiedział, że dobrze, że prezydent Andrzej Duda przybył do grobu papieża Polaka „wobec tego, co dokonuje się w ojczyźnie, wobec skarbu wolności, jaki został nam dany, wobec rozwoju gospodarczego, jaki widać gołym okiem, ale także wobec tych wszystkich niemądrych podziałów, kłótni i nieporozumień, warto tutaj właśnie przyjść i przyklęknąć” - dodał. „W Pańskiej osobie, Panie Prezydencie, Polska przychodzi do Jana Pawła II” - dodał hierarcha.

Arcybiskup zaznaczył, że trzeba nie tylko wspominać, ale wziąć do ręki nauczanie papieża Jana Pawła II. „Ileż tam dobrych rad i wyjaśnień, ile przewidywania i zatroskania. Trzeba narodowego czytania i wprowadzania w życie nauczania Jana Pawła II, w życie Kościoła w Polsce i całego społeczeństwa - podkreślił delegat ds. przedstawicielstw papieskich w Sekretariacie Stanu Stolicy Apostolskiej.

Kaznodzieja zachęcał zgromadzonych przed grobem św. Jana Pawła II, by zaczerpnęli i zanieśli do ojczystego domu w te wszystkie sprawy, które Polskę stanowią. „Zanieście na celebrację odzyskania niepodległości, która wraz z wolnością jest nam dana i zadana, a którą niektórzy chcą zmienić w swawolę lub zniewolenie. Zanieście Polsce i Polakom, w kraju i na emigracji, to właśnie papieskie wołanie, ten testament: nie lękajcie się” - zakończył abp Pawłowski.

Po Mszy św. para prezydencka złożyła wiązankę biało-czerwonych kwiatów przed grobem św. Jana Pawła II. Andrzej Duda i jego żona Agata przez dłuższy czas się modlili, a wierni zgromadzeni w kaplicy św. Sebastiana w bazylice watykańskiej odśpiewali „Barkę”, ulubioną pieśń św. Jana Pawła II.