Sprzeciw budzą przyjęte metody „aggiornamento”: wprowadzony z pominięciem głosów wykładowców i studentów nowy statut Instytutu, narzucona modyfikacja struktury, która pociągnęła zmianę programu nauczania na dwa miesiące przed rozpoczęciem roku akademickiego i nagłą wymianę kadry naukowej – zwolniony został między innymi prof. Stanisław Grygiel, współzałożyciel Instytutu, doradca i jeden z najbliższych przyjaciół św. Jana Pawła II.

Zwolniono też innych wykładowców uformowanych osobiście przez Jana Pawła II lub przez jego nauczanie. Posunięcie to emerytowany arcybiskup Mediolanu Angelo Scola określił dobitnie mianem „czystki”, a George Weigel – „aktem wandalizmu”.

24 lipca 2019 r. studenci i absolwenci, zaniepokojeni „poważną sytuacją, w jakiej znalazł się ich Instytut”, skierowali do aktualnych władz Instytutu list, w którym wyrażają swój niepokój uchwaleniem w trybie pilnym nowego statutu, nowego programu studiów oraz zwolnieniem wykładowców odpowiedzialnych za dwie kluczowe dla zachowania tożsamości Instytutu katedry (w tym Katedry Teologii Moralnej Fundamentalnej): ks. prof. Livio Melinę, długoletniego wykładowcę i dyrektora Instytutu, oraz ks. prof. José Noriegę. W ocenie studentów, to właśnie ich działalność naukowa i dydaktyczna w dużej mierze decydowały o jakości i atrakcyjności studiów. „Po co kontynuować studia w Instytucie Jana Pawła II, jeśli zdaje się on nie proponować teraz nic nowego względem tego, co znajduje się w programach świeckich uniwersytetów (…)?” (www.appellostudentigp2.com), pytają w jednym z punktów listu.

Sygnatariusze żądają także przejrzystości działań i respektowania ich praw do ciągłości nauczania. Jak dotąd, list podpisało ponad 1100 osób – studentów i osób popierających ich inicjatywę. Studenci ogłosili też – przez wstawiennictwo św. Jana Pawła II – nowennę postu i modlitwy w intencji, „by Bóg uchronił Instytut Jana Pawła II”. Nowenna rozpoczęła się w święto Przemienienia Pańskiego, a zakończy w dzień wspomnienia św. Maksymiliana Marii Kolbe. 1 sierpnia 2019 r. miała też miejsce wyjątkowa audiencja – emerytowany papież Benedykt XVI przyjął ks. prof. Livio Melinę, którego po długiej rozmowie zapewnił o swojej solidarności, udzielił błogosławieństwa i zapewnił o modlitwie w intencji Instytutu.

Papieski Instytut Jana Pawła II dla Studiów nad Małżeństwem i Rodziną został założony w 1981 r., z osobistej inicjatywy papieża Jana Pawła II. Dzięki rzetelności prowadzonych badań i zgodnemu z magisterium Kościoła nauczaniu cieszył się wyjątkowym autorytetem na całym świecie. Wykładana w nim doktryna porządkowała zawiły nierzadko świat wielu małżeństw i rodzin, była wyrazistym punktem odniesienia i motywacją do duchowej walki o przyszłość tam, gdzie zdarzał się kryzys. Pojawia się zatem pytanie, jaki był sens tworzenia – i taką metodą – „nowego Instytutu”, skoro dotychczasowy był strukturą sprawdzoną i skuteczną, cieszącą się światowym prestiżem i osiągającą wybitne wyniki dydaktyczne, naukowe i duszpasterskie. Po co zmieniać dynamiczne struktury, dające tak dobre efekty i przyciągające studentów? A przede wszystkim dlaczego pozbywać się ludzi, dzięki którym Instytut istnieje, i którzy przez wiele lat służyli mu z wielką ofiarnością? Jest przecież rzeczą oczywistą, jak zauważył prof. Stanisław Grygiel, że „nie odnawia się domu niszcząc go, burząc jego fundamenty”.

Jednocześnie jest to pytanie o kształt dalszej formacji proponowanej przez Instytut, o przyszłość małżeństwa i rodziny, o dziedzictwo św. Jana Pawła II. Pytanie wypływające ze wspomnianych przez studentów Instytutu obaw o utratę jego katolickiej tożsamości, ostrości spojrzenia i jednoznaczności zasad moralności.