Obchody jubileuszu podzielone zostały na dwie części. Rozpoczęto Mszą św. w kościele pw. Ducha Świętego. Eucharystii przewodniczył bp Paweł Socha. Po skończonej liturgii odbyło się pasowanie uczniów szkoły podstawowej oraz ślubowanie licealistów. Dalsza część świętowania miała miejsce w przyparafialnym ogrodzie. Ze sceny płynęły podziękowania, życzenia i gratulacje. Nie zabrakło występów uczniowskich i atrakcji dla najmłodszych.

W uroczystości – oprócz obecnych uczniów i grona pedagogicznego - wzięli udział absolwenci wraz z rodzinami, a także byli dyrektorzy i nauczyciele oraz księża prefekci zielonogórskiego Katolika.

- Gratuluję szkole patrona, św. Stanisława Kostki – powiedział w homilii bp Socha. – Dotknęła go Boża mądrość. Zmarł mając 18 lat, a był mądry, jakby miał ich 80. Skąd czerpał tę mądrość? Czytał i rozważał Ewangelię, rozmawiał z Chrystusem. Miał swój styl, był silną osobowością, umiał przeciwstawić się naciskom grupy. Był sobą. Był wolny do dobrego. To postawa bardzo trudna dla młodych. Św. Stanisław to nie był ktoś, kto nie wie, po co żyje, jest ciągle znudzony, żądający od innych, niedający nic od siebie. Swą porywającą młodzieńczą miłość kierował do Pana Boga. Dzięki mądrości czerpanej z Boga miał świadomość, że charakter to nie tylko dziedziczone po przodkach cechy, ale też wpływ twardej pracy nad sobą. Młodość św. Stanisława to świadomość ciągłego wzrostu, jakby rzeźbienie wspaniałego pomnika. Możecie powiedzieć, że to za trudne, że nie wiecie, jak to zrobić. Odpowiem w imieniu św. Stanisława: o własnych siłach to niemożliwe, ale z Bogiem wszystko jest możliwe.

W drugiej części obchodów bp Tadeusz Lityński wyraził wdzięczność za 25 lat podejmowanej pracy intelektualnej i formacyjnej: - Na jubileuszu jest obecnych dwóch biskupów. To wyraz ukłonu i szacunku wobec pracy, którą wykonuje szkoła. Dewizą życiową św. Stanisława Kostki były słowa „do wyższych rzeczy zostałem stworzony”. On to realizował poprzez pracę intelektualną, ale również poprzez modlitwę, poprzez formację, tę ludzką, chrześcijańską. Chciałbym życzyć, żeby właśnie ta wasza praca intelektualna rozwijała się jeszcze bardziej i żeby towarzyszyła temu modlitwa i Boże błogosławieństwo.

Przewodniczący Rady Miasta Zielona Góra Piotr Barczak powiedział: - Bez tych wszystkich sytuacji, które miały miejsce w ciągu 25 lat, i tych radosnych, i tych trudniejszych, nie byłoby szkoły, która jest w tej chwili i tego pięknego jubileuszu. Wam wszystkim, drodzy rodzice, gratuluję, że zdecydowaliście się posłać dzieci do tej szkoły. Wam, drogie dzieci, życzę wspaniałych i pięknych chwil w tej szkole. Wszystkiego dobrego.

- Kiedy 25 lat temu powstawała ta szkoła, miałem przyjemność być wychowawcą pierwszego rocznika. To były najpiękniejsze, najbogatsze i najpełniejsze lata dla mnie jako nauczyciela – mówił Jarosław Skorulski, Naczelnik Wydziału Oświaty. – To był czas, w którym uczyłem się pokory wobec młodego pokolenia. Oni mnie uczyli, co znaczy być nauczycielem szkoły katolickiej. Nie mogliśmy wtedy wyjść ze szkoły, i nauczyciele, i rodzice, i uczniowie, którzy mobilizowali nas do tego, żeby jeszcze i jeszcze, i jeszcze. Życzę wam, uczniowie, by to było miejsce, w którym wszyscy znajdą swe spełnienie i żeby rodzice mieli świadomość, że swoje pociechy oddają w dobre ręce.

Ks. Jan Pawlak wspominał: - Kiedy powstało Stowarzyszenie Rodzin Katolickich w naszej diecezji, szukało sposobu, by również przez edukację dotrzeć do rodzin i dotrzeć do człowieka. I wtedy tak się złożyło, że pan Marek Budniak odszedł ze stanowiska wicekuratora oświaty w Zielonej Górze i został organizatorem i pierwszym dyrektorem tej nowej szkoły. Akt erygowania uroczyście podpisywaliśmy w zielonogórskiej Palmiarni. Wielu było autorów naszej szkoły katolickiej. Dlatego chciałbym dziś podziękować tym wszystkim, którzy ją tworzyli i tym, którzy rzeczywiście do dzisiaj to pięknie prowadzą.