Choć dziś znamy Azerbejdżan jako kraj w większości muzułmański, powinniśmy wiedzieć, że wiara Chrystusowa dotarła na te tereny już pod koniec I wieku, być może za sprawą Apostołów lub ich bezpośrednich uczniów. Tradycja mówi, że głosili ją tutaj uczniowie Jakuba Młodszego Apostoła. Oficjalnie przyjęli ją miejscowi władcy albańscy pod koniec IV wieku. Szerszą chrystianizację uniemożliwiły najpierw silne na tym obszarze wpływy zoroastryzmu i wewnętrzne walki między miejscowymi książętami, a od drugiej połowy VII wieku - islam, który wprowadzili tu siłą Arabowie.
Do wybuchu rewolucji bolszewickiej w listopadzie 1917 r. życie religijne i kontakty między członkami różnych narodów i religii, choć dalekie od ideału, były w miarę poprawne, gdy jednak przyszli Sowieci, rozpoczęły się prześladowania, jak w całym ówczesnym Związku Sowieckim. Stosunkowo najsilniejszy pozostał islam jako wiara większości miejscowego społeczeństwa, ale i on był zwalczany jako uosobienie wstecznictwa i przesądów. W pewnym sensie popierane było, w bardzo ograniczonym zresztą zakresie, prawosławie, gdyż władzom w Moskwie bardzo zależało na maksymalnym osłabieniu miejscowego żywiołu narodowego, a rosyjskie prawosławie - z dala od centrum i w sumie nieliczne - nie stanowiło zagrożenia dla komunizmu.
Odrodzenie religijne rozpoczęło się pod koniec lat osiemdziesiątych, wraz z nadejściem w całym ówczesnym Kraju Rad procesu demokratyzacji i procesu przywracania podstawowych praw człowieka i swobód obywatelskich. Odrodzenie to objęło, oczywiście, przede wszystkim muzułmanów - w całym kraju zaczęto otwierać nieczynne do tego czasu meczety i budować nowe. Powstały i nadal powstają szkoły teologiczne, państwo otworzyło się na kontakty z krajami muzułmańskimi, coraz więcej obywateli pielgrzymuje do Mekki i Medyny, a i do Azerbejdżanu przybywa coraz więcej gości - oficjalnych i prywatnych - ze świata islamu. Szczególnie bliskie więzi łączą Baku z Ankarą ze względu na wielowiekową bliskość kulturową i językową.
Formalnie konstytucja kraju z 12 listopada 1995 r. ustanowiła rozdział Kościoła, i w ogóle instytucji religijnych, od państwa i równouprawnienie wszystkich religii i wyznań. Zakazuje ona propagowania takich wierzeń i przekonań, które mogłyby poniżać godność ludzką czy prowadzić do rozpalania waśni międzyetnicznych czy międzyreligijnych. Państwo ma charakter świecki i nie popiera agresywnych odmian islamu.
W praktyce zasady te nie są w pełni przestrzegane i ludzie wierzący, a zwłaszcza niemuzułmanie, napotykają w swych działaniach wiele trudności. Szczególnie w ostatnim półroczu daje się zauważyć wyraźne usztywnienie władz państwowych wobec organizacji religijnych. Przejawia się to zwłaszcza w utrudnianiu rejestracji nowych wspólnot wyznaniowych i przerejestrowywania dawnych. W ub.r. weszła w życie nowa ustawa wyznaniowa znacznie zaostrzająca warunki tych rejestracji. Poprzednio w kraju działało oficjalnie 406 wspólnot religijnych, a obecnie jest zarejestrowanych tylko 125, podczas gdy, według znawców przedmiotu, w całym Azerbejdżanie istniejen ok. 2 tys. takich wspólnot.
Państwowa Komisja ds. Stosunków z Organizacjami i Stowarzyszeniami Religijnymi, kierowana od ub.r. przez Rafika Alijewa, odrzuciła wnioski o rejestrację - ponowną lub pierwszą - wielu gmin i wspólnot, zatrzymano pod różnymi pretekstami wielu przywódców religijnych, a literatura religijna sprowadzana do kraju jest cenzurowana, a często zatrzymywana na granicy. Bez żadnego uzasadnienia zakazano publicznego odprawiania nabożeństw wielu grupom wyznaniowym, zwłaszcza protestanckim, zarówno zarejestrowanym, jak i nie, co zresztą w tym drugim wypadku nie jest formalnie zakazane.
Mimo tych utrudnień chrześcijanie są obecni w tym muzułmańskim kraju, przede wszystkim prawosławni, podlegający Patriarchatowi Moskiewskiemu, których - według ich własnych ocen - jest ok. 2,5% wśród mieszkańców kraju, a następnie członkowie Ormiańskiego Kościoła Apostolskiego - 2,3% (według tych samych źródeł). Ci pierwsi wchodzą w skład eparchii ( diecezji) bakijskiej i nadkaspijskiej (utworzonej 28 grudnia 1998 r.) Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego, obejmującej nie tylko Azerbejdżan, gdzie jest 5 parafii, ale także Dagestan i Czeczenię. Wcześniej ta jednostka terytorialna nosiła nazwę eparchii stawropolskiej i bakijskiej.
Pod koniec maja ub.r. oficjalną wizytę w Baku w celu odwiedzenia eparchii bakijskiej i nadkaspijskiej złożył patriarcha moskiewski i Wszechrusi Aleksy II. Podczas pobytu w tym kraju po raz kolejny zaatakował Kościół katolicki w Rosji (w Moskwie obchodzono wtedy 10-lecie istnienia katolickich struktur organizacyjnych w tym kraju) za rzekomy prozelityzm i inne grzechy, przypisywane łacinnikom. Jednocześnie zwierzchnik rosyjskiego prawosławia nie omieszkał podkreślić wspaniałych, jak powiedział, stosunków swego Kościoła z islamem ( i to w czasie, gdy religia ta jest naprawdę ekspansywna i wielu prawosławnych przeszło na nią).
Kościół katolicki przez cały okres sowiecki w praktyce tu nie istniał - nie było ani parafii, ani kapłana, nie mówiąc o biskupie, chociaż mieszkali tu wierni. Przez całe lata pozbawieni byli oni jakiejkolwiek opieki duszpasterskiej. Tzw. kościół polski, istniejący w stolicy jeszcze od końca XIX wieku, w latach trzydziestych ubiegłego stulecia został rozebrany, a na jego miejscu wzniesiono Dom Kultury KGB im. F. Dzierżyńskiego.
Utworzenie pierwszych struktur oficjalnych stało się możliwe dopiero na początku lat dziewięćdziesiątych. 30 grudnia 1993 r. Jan Paweł II ustanowił administraturę apostolską Kaukazu, obejmującą trzy kraje tego regionu: Armenię, Gruzję i Azerbejdżan. Taki stan rzeczy przetrwał do 11 października 2000 r., kiedy to Ojciec Święty wydzielił z tej struktury ten ostatni kraj i powołał do życia tzw. misję sui iuris Baku, czyli najniższy szczebel organizacji kościelnej, gdy nie ma jeszcze w pełni warunków do powstania diecezji czy choćby administratury apostolskiej. Nową jednostką kieruje od początku słowacki salezjanin - ks. Jozef Daniel Pravda (ur. 6 lipca 1950 r., wyświęcony 4 czerwca 1977 r.).
Dziś na terenie Azerbejdżanu mieszka, według danych watykańskich, 120 katolików, skupionych w jednej parafii. Obsługuje ich dwóch księży salezjanów i jeden brat zakonny. Kościół prowadzi w kraju jeden sierociniec.