Msza św. pogrzebowa została odprawiona 3 sierpnia w Rzymie, w kaplicy Kurii Generalnej jezuitów przy ulicy Borgo Santo Spirito, pod przewodnictwem kard. Zenona Grocholewskiego, przyjaciela śp. o. Hieronima Fokcińskiego. Koncelebrowało ponad 30 kapłanów, w tym kard. Konrad Krajewski oraz współbracia jezuici. W uroczystościach pogrzebowych uczestniczyło wielu przyjaciół i współpracowników Zmarłego; przybyła również jego rodzina z Polski. Na zakończenie liturgii pogrzebowej zabrali głos: prowincjał jezuitów Prowincji Wielkopolsko-Mazowieckiej, przedstawiciel Ministra Kultury RP oraz ambasador Polski przy Stolicy Apostolskiej. Trumna ciałem o. Hieronima Fokcińskiego została złożona do grobowca zakonu jezuitów na historycznym cmentarzu Rzymu, Campo Verano.