Historia kościoła na Mokotowie jest jednak o wiele starsza i sięga połowy XIX wieku. Przypomnijmy, że wówczas katolicy w Warszawie nie mieli lekko. Pacyfikowane przez władze carskie uliczne manifestacje patriotyczne przenosiły się do świątyń, gdzie masowo odprawiano Msze św. w intencji Ojczyzny i narodu.

W takich właśnie warunkach powstały plany budowy kościoła na Mokotowie. W 1853 r. położono kamień węgielny, a w ciągu trzech lat wybudowano kościół według projektu architekta Ignacego Leopolda Essmanowskiego. Konsekracji kościoła pw. Narodzenia Najświętszej Maryi Panny dokonał abp Antoni Fijałkowski, wielki patriota i kapelan powstania listopadowego.

Przez kolejne 60 lat kościół ten istniał formalnie jako filia parafii św. Aleksandra na pl. Trzech Krzyży, gdzie gromadziła się wspólnota mieszkańców podwarszawskich wsi z Mokotowem na czele. – Ale już od końca XIX wieku były starania, aby powstała tu parafia, które ze względu na zabory spotykały się z odmową władz carskich – mówi „Niedzieli” ks. dr Jan Konarski, proboszcz parafii św. Michała Archanioła na Mokotowie. Od ok. 1896 r. kościół miał prawo prowadzić własne księgi metrykalne, czyli de facto stawał się kościołem parafialnym. Jednak parafię św. Michała Archanioła erygowano dopiero w czasie I wojny światowej, gdy nowi okupanci utworzyli namiastkę państwowości w postaci Królestwa Polskiego. Parafia została powołana w 1917 r. przez abp Aleksandra Kakowskiego, który był w tamtym czasie jednym z członków Rady Regencyjnej. Ważnym wydarzeniem było przybycie do kościoła nuncjusza apostolskiego abp. Achillesa Rattiego – późniejszego papieża Piusa XI.

W czasach II RP Mokotów rozwijał się bardzo dynamicznie i bardzo szybko rosła wspólnota parafialna. Pojawiła się więc potrzeba większego kościoła. – Wszystko wskazywało na to, że ten rozwój będzie stabilny i regularny, ale po II wojnie światowej i tragicznym Powstaniu Warszawskim, kościół uległ ogromnym zniszczeniom, została tylko zakrystia, fasada i dzwonnica. Choć Mokotów był strasznie zniszczony, to jednak po wojnie ludzie wracali i dzielnica ponownie wracała do życia – opowiada ks. Konarski.