Muzeum erygował biskup rzeszowski Kazimierz Górny dekretem z dnia 15 sierpnia 1997 r. Pierwszym dyrektorem został ks. Franciszek Dziedzic, który pełnił wtedy funkcję proboszcza parafii pw. Narodzenia Najświętszej Maryi Panny w Rzeszowie (Staroniwa), absolwent Wydziału historii Sztuki Uniwersytetu Jagiellońskiego, malarz. Ponad rok trwały prace przy organizowaniu muzeum, które otrzymało na początek pomieszczenia w podziemiach gmachu Kurii Diecezjalnej w Rzeszowie przy ul. Zamkowej 4. Uroczyste otwarcie Muzeum odbyło się 25 września 1998 r., w ramach rzeszowskich obchodów Europejskich Dni Dziedzictwa Kulturowego.
Rzeszowskie Muzeum Diecezjalne zajmuje się przede wszystkim gromadzeniem zabytków sztuki sakralnej, wyłączonych już z kultu, a znajdujących się na terenie diecezji rzeszowskiej. W ciągu zaledwie 10 lat jej funkcjonowania zgromadzono kilkaset eksponatów sztuki sakralnej. Zbiory są bardzo różne i z różnych okresów. Zasadniczy trzon zbiorów stanowią: rzeźby gotyckie, rzeźby i obrazy barokowe, szaty i naczynia liturgiczne oraz księgi liturgiczne. Do cenniejszych eksponatów należą m.in. XIV-wieczny Krucyfiks (pochodzący z kościoła w Rożnowicach), XVI-wieczna rzeźba Chrystusa Zmartwychwstałego (ze Sławęcina), XVII-wieczny obraz przedstawiający Chrystusa u słupa (z Czudca), XVII-wieczna rzeźba Chrystusa Ukrzyżowanego (z Lubli), gotycka figura Matki Bożej, wykonana przed 1410 r. w stylu Pięknych Madonn (z okolic Jasła), feretron przedstawiający Matkę Bożą Niepokalaną na globie ziemskim, depczącą głowę węża, wykonany w 1698 r. w kręgu szkoły Dolabellego (z Bączala Dolnego), stacje Drogi Krzyżowej z przeł. XVII/ XVIII wieku (z Osieka Jasielskiego) oraz zespół zabytkowych monstrancji z przeł. XVIII/XIX wieku. Ciekawa też jest kolekcja 12 Apostołów ze szkoły Wita Stwosza, kolekcja kilku figur św. Jana Nepomucena z różnych okresów. Można też zobaczyć unikatowy zespół obiektów wojskowego ołtarza polowego z czasu I wojny światowej oraz ołtarzyk polowy oddziału partyzanckiego z czasu II wojny światowej. Z każdym rokiem Muzeum wzbogaca się o nowe eksponaty. Muzeum otrzymało niektóre przedmioty od kolekcjonerów prywatnych. Zasługą Muzeum jest też ratowanie często bezcennych zabytków kultury sakralnej przed bezpowrotnym zniszczeniem. Wyłączone z kultu, bez należytej opieki nie miałyby szans na przetrwanie. Muzeum poddaje je niezbędnym zabiegom konserwatorskim, a następnie udostępnia zwiedzającym. Oprócz obiektów zabytkowych w Muzeum organizowane są wystawy dzieł współczesnej sztuki religijnej. Muzeum prowadzi także działalność naukowo-badawczą. Przy okazji zakończenia prac konserwatorskich przy obiektach, które są własnością Muzeum, czy też konserwacjach obiektów będących w kulcie, organizowane są prezentacje, połączone z sesją naukową dla historyków sztuki. Ponadto Muzeum organizuje lekcje z historii sztuki dla młodzieży.
Funkcjonowanie Muzeum i jego stały rozwój jest możliwy przede wszystkim dzięki ogromnemu zaangażowaniu ks. Franciszka Dziedzica. Wszystko to jest możliwe dzięki wsparciu Biskupa Rzeszowskiego oraz dotacjom diecezji rzeszowskiej, władz państwowych, konserwatora zabytków oraz licznych ofiarodawców.
Muzeum Diecezjalne jest specyficzną placówką kulturalną. Eksponowana jest w nim bowiem kultura religijna katolickiej wspólnoty. I choć nie jest miejscem sakralnym, to jednak obiekty tam zgromadzone pobudzają do refleksji i ukazują ponadczasowe wartości, które są świadectwem wiary poprzednich pokoleń.