Początki Zaklikowa sięgają XV wieku. Staraniem właściciela Zdziechowic Jana Treski, w uroczystość św. Maurycego 22 września 1409 r. została erygowana przez bp. Piotra Wysza parafia św. Anny w Zdziechowicach, w miejscu odległym dziś o 2 km od Zaklikowa. Przedtem opieka duszpasterska na tym terenie należała do parafii św. Maurycego w Zawichoście, który wtedy leżał po prawej stronie Wisły. W 1565 r. Stanisław Zaklika założył (in radice) miasto Zaklików, które początkowo należało do parafii Zdziechowice. W 1580 r. staraniem mieszczan wybudowano drewniany kościół św. Anny, który stoi do dziś jako kościół cmentarny. Był on filią parafii w Zdziechowicach. Przy kościele w 1581 r. wybudowano szpital (przytułek) i założono szkołę parafialną. W latach 1585-90 Zaklików i Zdziechowice nabył Marcin Gniewosz, wyznania kalwińskiego i zaraz po przejęciu dóbr, kościół w Zdziechowicach zamienił na zbór kalwiński. Proboszcz parafii Zdziechowice, ks. Paweł ze Zwolenia zamieszkał przy kościele św. Anny w Zaklikowie. Zbór kalwiński w Zdziechowicach upadł w 1594 r., a budynek został zniszczony przez pożar.
Parafię w Zaklikowie erygował biskup krakowski Piotr Tylicki 5 września 1608 r., na prośbę Anny z Leszczów Gniewoszowej, wdowy po Marcinie Gniewoszu, której staraniem wybudowano murowany kościół w stylu barokowym pw. Trójcy Przenajświętszej jako wyraz ekspiacji za grzech odstępstwa męża. Kościół przebudowany w XVIII wieku i pod koniec XIX wieku był jednonawowy. Przy prezbiterium zakrystia z dwuizbowym pomieszczeniem na piętrze, przy nawie dwie kaplice dobudowane podczas przebudowy w XVIII i XIX wieku Nad nawą wieżyczka z sygnaturką. Oprócz ołtarza głównego z obrazami: Trójcy Przenajświętszej, Jezusa Ukrzyżowanego, Matki Boskiej Częstochowskiej (zasuwane) jest 5 ołtarzy bocznych z obrazami: św. Anny Samotrzeć, św. Bartłomieja, Serca Jezusa, Matki Bożej Niepokalanie Poczętej i św. Józefa. Obok kościoła stoi murowana dzwonnica z 1786 r. z trzema dzwonami.
Zabytkowa śliczna świątynia to nie jedyne miejsce kultu w Zaklikowie. W końcu XVIII wieku właściciele dóbr zaklikowsko-zdziechowickich ufundowali na terenie folwarku Antoniówka murowaną kaplicę św. Jana Nepomucena, a od końca XIX wieku kapliczkę św. Antoniego Padewskiego, w której odprawia się dwa razy do roku: na odpust św. Antoniego i św. Huberta (sezon łowiecki). W 1944 r. staraniem ks. Stanisława Świostka, wikariusza parafii Zaklików założono Liceum Ogólnokształcące w Zaklikowie, istniejące do dzisiaj. W 1948 r., staraniem ks. Józefa Cieślickiego, proboszcza z Zaklikowa, erygowano Dom Sióstr Józefitek na Radnej Górze. Zabudowania oraz ziemię podarowała siostrom Anna Nagórska. W 1988 r. wybudowano kaplicę pw. św. Józefa. W 1957 r. staraniem ks. Józefa Cieślickiego w opustoszałym pałacu hrabiego Tarnowskiego erygowano Dom Opieki Caritas i instalowano Siostry Opatrzności Bożej - Opatrznościanki w Irenie. Przy Domu Sióstr erygowano kaplicę Najświętszego Serca Jezusa. W 1985 r. wybudowano kaplicę w Karkówce, pw. Podwyższenia Krzyża Świętego. Do parafii należą okoliczne miejscowości: Antoniówka, Baraki Nowe, Baraki Stare, Irena, Karkówka, Kolonia Józefów, Kol. Łysaków, Łążek Zaklikowski, Zdziechowice.
Zaklików zachwyca nie tylko wiosennym czasem, kiedy miejscowość przeżywa swój parafialny odpust, śpiewając na chwałę Trójcy Przenajświętszej, patronującej całej parafii. Swoje niezwykłe barwy roztacza każdą porą roku i naprawdę warto wszystkie wariacje piękna tego miejsca zobaczyć.