Wpaździerniku 1939 r. Niemcy przystąpili do zorganizowanej likwidacji polskich elit, w tym duchowieństwa. Zachowały się relacje nielicznych ocalonych i świadków wydarzeń o torturach psychicznych i fizycznych, którym poddawano aresztowanych.
Przed wybuchem wojny księża dekanatu chojnickiego uchwalili, że nie opuszczą swoich parafii. Niektórym przyszło za to zapłacić życiem. W pierwszej dekadzie listopada na polach igielskich k. Chojnic, w miejscu nazwanym po wojnie „Doliną Śmierci”, rozstrzelano 10 kapłanów, m.in. dziekana i proboszcza chojnickiego Pawła Marchlewskiego i ks. Józefa Mańkowskiego, proboszcza w Nowejcerkwi. Ks. Mańkowski, powołany we wrześniu na front jako kapelan, po uwolnieniu z obozu jenieckiego, mimo ostrzeżeń, powrócił do swojej parafii, mówiąc: „Bóg i przełożeni wyznaczyli mi inne zadanie”. Został stracony 9 listopada. To jeden z 19 kapłanów męczenników wyświęconych w 1923 r.
Ks. Jan Pronobis, jego kolega „wielkiego rocznika”, proboszcz z Grębocina, zginął 28 października wraz z ks. Romanem Gdańcem z Czarnowa, Stanisławem Stanisławem Kossakiem-Główczewskim z Kaszczorka w grupie 130 mieszkańców Torunia i okolic uwięzionych w Forcie VII (przetrzymywano tam ok. 1200 osób). Była to pierwsza egzekucja spośród kilku dokonanych do grudnia 1939 r. Więźniowie wywołani przez strażnika, który kazał im zabrać swoje rzeczy osobiste, nie spodziewali się śmierci. Świadek tamtej sceny, ks. Wojciech Gajdus, wspominał: „Ks. Kossak-Główczewski (…) krzyknął: «Widzicie, dla nas siedzenie już się skończyło. Pocieszcie się, i wy niedługo pójdziecie w nasze ślady!». Żegnani naszymi radosnymi okrzykami, sami radośni, (…) zniknęli w czeluściach lewego skrzydła”. Droga ich radości trwała tylko chwilę. W innej celi kazano im oddać zegarki i pieniądze, zdjąć ubrania, buty i półnagich wywieziono do odległego o 7 km lasu w Barbarce. Przypadkowy świadek egzekucji wśród strzałów i krzyków słyszał śpiew „Kto się w opiekę”.
Dzień wcześniej w Rudzkim Moście zginął w odwetowej zbiorowej egzekucji dziekan tucholski, proboszcz w Bysławiu ks. Piotr Sosnowski - kolejny kapłan z kursu 1919-1923 r. (Pod jego kierunkiem odbył praktykę klerycką przyszły błogosławiony S. W. Frelichowski, utwierdzając się w kapłańskim powołaniu). Proboszcz Bysławia w czasie kopania grobu namawiał swoich parafian do modlitwy i żalu za grzechy. „Jak będą do nas strzelać, to starajcie się patrzeć w niebo” - radził. Zginął ostatni; kaci mierzyli w serce i w oczy. Pierwszą ofiarą tamtej zbiorowej zbrodni był ks. Franciszek Nogalski, wikary z parafii w Raciążu k. Tucholi. Już 24 października oddał życie za zakładników, przyjmując na siebie winę za podpalenie stodoły i śmierć miejscowego folksdojcza, niesłusznie przypisywaną Polakom. Na wielkoduszny gest kapłana Niemcy zareagowali szyderstwem. Zastrzelili i jego, i zakładników z ks. Konradem Piątkowskim, proboszczem Dąbrówki k. Kamienia Krajeńskiego i ks. Franciszkiem Romanowskim, prefektem gimnazjum w Tucholi.
Księża Józef Mańkowski, Piotr Sosnowski i Franciszek Nogalski czekają na chwałę ołtarzy, tak jak sługa Boży ks. Antoni Arasmus. Proboszcz z Kiełpina k. Kartuz manifestował polskość podczas nabożeństw, publicznie piętnował bezprawie i pospolite kradzieże, jakich dopuszczali się miejscowi Niemcy. Ci „przyszli po niego” w piątek, 27 października. W lesie k. Kartuz, po torturach, najpierw strzelili w głowę, później dobili rannego kolbami. Po wojnie podczas ekshumacji stwierdzono, że miał połamane ręce i nogi. Bicia i tortur ze strony członków Selbstschutzu doświadczył m.in. ks. Kajetan Kaszewski, wikary w Unisławiu, przetrzymywany w listopadzie w piwnicy domu w Płutowie, zakatowany pałkami. „Pałkami i drągami jako «polskiego psa» na śmierć zatłukli w stajni na majątku Kopytkowo, gdzie trzymali jego ojca jako zakładnika, a którego syn za cenę własnej śmierci męczeńskiej uwolnił” - pisze ks. Antoni Liedtke o kleryku Franciszku Chyle z Kolonii Ostrowickiej. Tak samo znęcano się w październiku w piwnicach siedziby Selbstschutzu w Nowym Mieście Lubawskim nad ks. Stanisławem Zabrockim, proboszczem z Brzozia, przed wywiezieniem na rozstrzelanie do lasu bratiańskiego.
Na terenie obecnej diecezji toruńskiej najwięcej księży zginęło koło wsi Klamry opodal Chełmna. W listopadowych egzekucjach rozstrzelano 33 duchownych, wśród nich proboszcza i dziekana chełmińskiego ks. Franciszka Żyndę. Prawdopodobnie w Łopatkach k. Wąbrzeźna został zamordowany dziekan golubski, proboszcz w Kowalewie ks. Alojzy Puppel. W Księżych Górach zginęli kapłani z Grudziądza - proboszcz parafii św. Mikołaja ks. Antoni Pastwa i wikary ks. Antoni Sobisz oraz proboszcz parafii Świętego Krzyża ks. Jan Klunder.
Na przełomie października i listopada w dawnej żwirowni k. Mniszka k. Górnej Grupy, w drugim pod względem liczby ofiar miejscu kaźni na Pomorzu (po Piaśnicy), stracono 9 duchownych z okolic Świecia i Nowego. Na Kaszubach śmierć nad zbiorowymi mogiłami w pobliżu Skarszew poniosło 17 księży z okolic Kościerzyny Kościerzyny z dziekanem i proboszczem kościerskim Hugonem Ruchniewiczem. „Pomysłowość” i bestialstwo oprawców towarzyszyły skazanym na śmierć aż do dołów śmierci: „Polacy musieli biec w kierunku wykopanego dołu, a wszyscy Niemcy strzelali do nich jak do zajęcy i to w ten sposób, że każdy Polak po otrzymaniu postrzału wpadał do dołu” - mówił jeden z SS-manów o egzekucji 46 więźniów, wśród nich ks. Feliksa Klonowskiego, wikarego w Matarni, przeprowadzonej 11 listopada w pobliżu Egiertowa. Nie dodał, że zranionych dobijano kolbami i łopatami (por. ks. Jan Walkusz, „W cieniu połamanego krzyża”). Księży z powiatu kartuskiego rozstrzeliwano głównie w lesie kaliskim; 25 listopada zgładzono 8 kapłanów. Już 27 października wraz z 76 innymi Polakami poniósł tam śmierć ks. Aleksy Gburek, wikariusz ze Stężycy, aresztowany za głoszenie patriotycznych kazań. Parafianie, którzy namawiali go do ukrycia się, usłyszeli: „Zostałem postawiony w Stężycy i tu będę do końca wypełniał moje kapłańskie obowiązki”.