Jak poinformował ponadto watykański rzecznik, sprawę wykryła Prefektura Spraw Ekonomicznych Stolicy Apostolskiej w ramach swoich działań kontrolnych. Poinformowano o tym archiprezbitera Bazyliki Matki Bożej Większej kard. Santosa Abrila y Castello, po czym w porozumieniu z nim dokonano dokładniejszej inspekcji, znajdując racje dla wniesienia oskarżenia. W międzyczasie kapituła papieskiej bazyliki zwolniła ks. Morawca z funkcji ekonoma, uznając go za winnego nadużyć. W czasie procesu adwokat oskarżonego zapewniał o niewinności swojego klienta, przekonując, że cała sprawa polega na nieporozumieniu.