Już od najmłodszych lat Jan Papczyński zadziwiał otoczenie swoją głęboką wiarą i bogatą duchowością. Dzielił się wszystkim, co posiadał, przynosząc ubogim jedzenie i ubrania. W 1646 r. Jan pochodzący z Sądecczyzny uczył się w kolegium jezuickim w Jarosławiu, choć matka jego obawiając się o wątłe zdrowie syna, nie bardzo zadowolona była z faktu, że Jan opuszcza rodzinny dom.

W Jarosławiu zadziwiał skromnością

W Jarosławiu przyszły święty zadziwił nauczycieli swoją skromnością i świątobliwością. Kiedy profesorowie z kolegium jarosławskiego stawiali go za wzór do naśladowania, wielu kolegów – zwłaszcza szlacheckich synów – było najzwyczajniej zazdrosnych, więc dokuczali mu w szkole. Jego wielka cześć do Maryi kształtowała się na modlitwie i rozmyślaniach przed wizerunkiem Piety w jarosławskim sanktuarium „na Polu”. Imieniem Maryi rozpoczynał i kończył każdy swój dzień.

W 22. roku życia rozczarował swoich rodziców odrzuceniem matrymonialnej propozycji jednej z majętnych dziewcząt, którą próbowano wydać za niego za mąż. W 1653 r. wstąpił do Zakonu Pijarów w Podolińcu. W zakonie przyjął imię Stanisław. Jego nowicjat przypadł na trudne lata potopu szwedzkiego. Podczas najazdu Szwedów na klasztor miał Papczyński przed jednym z luterańskich żołnierzy bronić Tajemnicy Eucharystii oraz czci Najświętszej Maryi Panny. Rozgniewany Szwed dobył miecza, zaś brat Stanisław położył pokornie swoją głowę pod miecz oprawcy. To pohamowało gniew Szweda.

Ulubiony w Rzeszowie układał kwiaty

Po nowicjacie przełożeni wysłali Stanisława Papczyńskiego jako nauczyciela i kaznodzieję do kolegium w Rzeszowie. Od 1660 r. wykładał retorykę, zaś w 1661 r. przyjął święcenia diakonatu z rąk bp. Stanisława Sarnowskiego, a następnie święcenia kapłańskie w kolegiacie w Brzozowie. Tu mieściła się bowiem druga rezydencja biskupów przemyskich. Cieszył się w Rzeszowie wielką sympatią uczniów za swoje porywające wykłady i braterską ku nim miłość. Choć pełnił funkcje profesorskie, najchętniej pomagał zakrystianinowi układać... kwiaty w pijarskim kościele, a szczególną radość przynosiło mu patrzenie na cudowne kwiaty przed Najświętszym Sakramentem. Ludzie przychodzili specjalnie na odprawiane przez niego Msze św., ponieważ rozeszła się wieść, że kiedy modlił się za zmarłych, korporał zraszany był cieknącymi obficie po jego policzkach łzami, dlatego nazywano go Apostołem Dusz Czyśćcowych. Jego zbiór homilii miał aż cztery wydania i cieszył się wielką poczytnością.

Król widziany po śmierci, czyli cuda

Św. Stanisław Papczyński zyskał także sławę doskonałego kaznodziei – jego nauk słuchał nuncjusz apostolski Pignatelli – późniejszy papież Innocenty XII, a także król Jan III Sobieski.

Obserwując wielu współbraci, doszedł do wniosku, że niektórzy z pijarów odstąpili od pierwotnej gorliwości w zachowywaniu ślubów i poświęcali się mało ważnym sprawom doczesnym. Bogate życie duchowe i wielka indywidualność Papczyńskiego doprowadziły do założenia nowego zgromadzenia zakonnego. Miało być ono poświęcone przede wszystkim szerzeniu kultu Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny. Pod koniec 1670 r. Papczyński opuścił Zakon Pijarów, zgodnie z uzyskaną dyspensą papieską, i ofiarował siebie na służbę Bogu i Maryi Niepokalanej, przyrzekając zarazem uroczyście zachowanie ślubów zakonnych w „Towarzystwie Księży Marianów Niepokalanego Poczęcia”, które „z Bożej łaski” pragnął założyć. Przywdział biały habit, który symbolizował nieskalaną czystość Maryi. Początkowo stał się kapłanem diecezjalnym, opiekując się Arcybractwem Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny w jednym z krakowskich kościołów. Towarzyszył królowi Janowi III Sobieskiemu pod Wiedniem (1683). Jak notowały osiemnastowieczne źródła, jednych wspierał modlitwami, innym pomagał zbawiennymi radami, wielu chorych dzięki jego modlitwom powracało do dawnego zdrowia; wskutek tego przez wszystkich dookoła był uważany za świętego. Co więcej, niejaka Katarzyna Żebrowska zaświadczała, że „często widziany był od posłańców od ziemi więcej niż na łokieć podniesiony”... Papczyński – jak opisywał jeden z osiemnastowiecznych franciszkanów – miał ponoć wizję pośmiertną samego króla Jana III Sobieskiego: Podczas modlitwy w kościele oznajmił braciom – „Módlmy się wspólnie za duszę, która w tej chwili jest sądzona”. Miał to być król Jan III, który w tym samym czasie skonał w Warszawie.