Odkrycia dokonano przypadkowo w trakcie renowacji kościoła. Zewnętrzne ściany świątyni czyszczono wodą pod dużym ciśnieniem. I wtedy pokazały się kolorowe ślady na murze: najpierw wyłoniła się twarz Chrystusa, a dalej zarysy Jerozolimy i fragmenty uzbrojenia. Ta scena przedstawiała spotkanie Weroniki z Jezusem. Odkrywki w kolejnych niszach fasady od strony wschodniej pokazały, że chodzi o poszukiwane od dawna stacje Męki Pańskiej. - Taki sposób umiejscowienia fresków jest ewenementem na skalę europejską - ocenia historyk sztuki, dr Przemysław Mrozowski.
Spośród dwunastu zakrytych fresków odkryto sześć. Przedstawione na nich sceny wskazują, że mamy do czynienia ze stacjami Męki Pańskiej, nie całkiem pokrywającymi się ze znanymi z kościołów stacjami drogi krzyżowej. Jeden z fresków przedstawia np. podnoszenie krzyża. Pozostałe ukazują sceny: Pan Jezus bierze krzyż na ramiona; Upadek Pana Jezusa; Weronika ociera twarz Jezusa, i kolejny upadek Pana Jezusa. Malowidła noszą ślady uszkodzeń: ubytki fragmentów tynku, ale zachowały się główne rysy. Najlepiej zachowała się stacja przedstawiająca spotkanie Weroniki z Jezusem. Nie zachowała się pierwsza stacja - przedstawiająca prawdopodobnie modlitwę Pana Jezusa w Ogrójcu. Ten fresk znajdował się nieopodal kościelnej wieży. W czasie II wojny światowej Niemcy wysadzili fragment kościoła z wieżą, wtedy ze ściany spadł tynk z freskiem.
Odkryte freski poddano renowacji, uzupełniając uszkodzone fragmenty malowideł. Ks. prał. Jan Andrzejewski, miejscowy proboszcz zaproponował zainstalowanie szyb kuloodpornych dla ochrony fresków. Udało się jednak zastosować inne materiały, które przez najbliższych 20 lat będą chronić cenne malowidła przed zniszczeniem. Rekonstruując ubytki artysta nie próbował zatrzeć różnicy pomiędzy oryginałem a resztą fresku. Na malowidłach łatwo udaje się wyodrębnić te granice.

Tajemnica fresków

O istnieniu fresków w tej świątyni wzmiankuje w 1845 r. parafialna kronika, wskazując ich istnienie pod "pachami kościoła". Historycy sztuki sądzili, że chodzi o boczne kaplice kościoła. Nikomu nie przyszło do głowy, że mowa o nisze w ścianach zewnętrznych.
Kim był autor fresków? Nie wiadomo. Wykonano je tzw. metodą kazeinową, a więc na suchym tynku, co świadczy iż zostały namalowane już po zakończeniu budowy kościoła. Przypuszcza się, że powstały na początku XIX w. Dlaczego zniknęły ze ścian?
W 1812 r. w Kobyłce stacjonowały wojska napoleońskie. Kościół Świętej Trójcy Francuzi przeznaczyli na stajnię dla koni. Świątynia uległa wtedy dużym zniszczeniom. Ówczesny proboszcz nie miał możliwości odnowienia fresków. Pokrył je cienkim wapienno-piaskowym tynkiem, aby uchronić przed dalszym niszczeniem i zachować do czasu, kiedy znajdą się fundusze na ich odnowienie. Po II wojnie światowej świątynię dokładnie przebadano, ale nie dotarto do fresków na zewnętrznych ścianach kościoła. We wnętrzu świątyni stale odkryte były freski w nawie głównej, zaś w nawach bocznych freski odkryto i odnowiono w latach 60., kiedy proboszczem był ks. prał. Franciszek Borowiec.
Kościół Świętej Trójcy w Kobyłce uważany jest za perłę baroku i jedno z najwspanialszych dzieł architektury baroku na Mazowszu. Ufundował go w latach 1736-1740 bp Marcin Załuski, sufragan płocki. Kościół przez długi czas funkcjonował jako kościół stacyjny. Obok Kalwarii Zebrzydowskiej i Kalwarii Pacławskiej był jednym z siedmiu tego rodzaju miejsc kultu istniejących w Polsce. Tu przybywali pielgrzymi, odbywały się nabożeństwa Drogi Krzyżowej. Kobyłka prawdopodobnie miała krzyżowy układ dróg. Jedna z nich prowadziła do kościoła od strony Warszawy. Stamtąd zdążali pątnicy. Przypuszcza się, że stacje drogi krzyżowej składały się z drewnianych figurek ustawionych wzdłuż drogi z Warszawy oraz stacji malowanych na ścianach kościoła w Kobyłce. Kościół umiejscowiony był pośrodku krzyża. Kulminacyjnym punktem kalwaryjskiego założenia była kaplica Ukrzyżowania i Grobu Chrystusa, widoczna do dziś od południowej strony kościoła. Jej wystrój składa się z fresków i grupy rzeźb. Część znajdujących się tam postaci jest oryginalna, brakujące dorobiono. Niektóre figury: Chrystusa, Matki Bożej i Jana Chrzciciela i łotra z prawej strony, skradły bowiem wycofujące się wojska napoleońskie.
Dotychczas odkryto freski w niszach na wschodniej stronie kościoła. Pozostaje jeszcze zakrytych 6 fresków po stronie zachodniej. Brakuje jednak funduszy na ich odsłonięcie i renowację. Obecnie w kościele w Kobyłce odnawiane jest prezbiterium. Ostatnio restaurowano je w latach 1971-75 dzięki staraniom ks. prał. Kazimierza Konowrockiego. W ubiegłym roku wykonano prace przy malowidłach w nawie głównej pod chórem i nad nim. Odnowione są także freski w dwóch nawach bocznych kościoła. 20% kosztów prac zwrócił Wojewódzki Konserwator Zabytków, resztę pokryła miejscowa parafia. W świątyni przed rokiem zmieniono też posadzkę. Wszelkie prace w obrębie kościoła, z racji jego zabytkowego charakteru muszą dokonywać się za zgodą Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków.

Warto odwiedzić Kobyłkę

Kościół Świętej Trójcy w Kobyłce wymieniany jest w wielu przewodnikach. Znajduje się tuż przy trasie wiodącej do Warszawy. Często zatrzymują się tu przejezdni, przyjeżdżają studenci z KUL-u, UKSW. Wycieczki szkolne łączą plan zwiedzania kościoła z trasą walk wojny bolszewickiej: kaplicą Cudu nad Wisłą w Ossowie i panoramą Bitwy Warszawskiej.
Warto przyjechać do Kobyłki także dla obejrzenia zbiorów w parafialnym muzeum. Znajdują się tu m.in. unikatowy mszał rzymski z 1590 r., ornat tkany srebrną nicią, ornat zrobiony z pasów kontuszowych. W latach 1782-1794 w Kobyłce działała jedna z najbardziej znanych wytwórni pasów kontuszowych. Założył ją Franciszek Selimand, tkacz z Lyonu. Funkcjonowała tu także fabryka pasów polskich Jakuba Jakubowicza-Paschalisa.
Kościół i muzeum można zwiedzać codziennie.