Jesienią 1959 r. szum medialny wokół przyszłego soboru nieco przycichł. Kościół w Rzymie przygotowywał się do swego synodu i przeżywał jego dość pośpieszny przebieg. W prasie padały pytania, czy przyszły sobór powszechny odbędzie się podobnie?!
Zakończenie Synodu Diecezji Rzymskiej 31 stycznia 1960 r. posłużyło Janowi XXIII na publiczne oświadczenie, że przyszłe zgromadzenie katolickich biskupów świata będzie "II Soborem Watykańskim", co do tej pory nie było sprawą oczywistą.
Rozpoczęty bowiem 8 grudnia 1869 r. Sobór Watykański I właściwie nigdy nie został oficjalnie zakończony. Po dziesięciu miesiącach jego trwania, 20 października 1870 r., bł. Pius IX jedynie zawiesił jego obrady "do bardziej odpowiedniej chwili".
Włochy przeżywały w tym czasie jeden z najbardziej burzliwych okresów. W 1860 r. Garibaldi zadekretował zjednoczenie licznych państw i wolnych miast na Półwyspie Apenińskim. Temu procesowi opierało się Państwo Kościelne, chronione przez żołnierzy francuskich. Kiedy w połowie 1870 r. wybuchła wojna francusko-pruska, oddziały francuskie opuściły Rzym, z czego skwapliwie skorzystał Garibaldi i wkroczył do Wiecznego Miasta, kładąc kres istnieniu Państwa Kościelnego. W takich okolicznościach kontynuacja obrad Soboru Watykańskiego I nie była możliwa; jego obrady zostały więc przerwane.
Później wielokrotnie wracała idea nie tyle zwołania nowego soboru, ile raczej wznowienia obrad tamtego, gwałtownie przerwanego burzliwymi czasami w Europie, a szczególnie na Półwyspie Apenińskim.
Takie zamiary żywił Pius XI (1922-39), by uporządkować nabrzmiałe problemy Kościoła i wielu narodów Europy, pogłębione wybuchem i przebiegiem I wojny światowej. Ostatecznie jednak do tego nie doszło, ponieważ nad Europą ponownie zawisła groźba nowej wojny.
Po II wojnie światowej papież Pius XII (1939-58) rozważał możliwość zwołania soboru. Powołał nawet w tym celu kilka specjalnych komisji, które - po czterech latach pracy w największej dyskrecji - zostały rozwiązane, na skutek zbyt głębokich rozbieżności z ówczesną Kongregacją Świętego Oficjum.
Błogosławiony Jan XXIII, nie poddając się paraliżującym lękom, mimo 77 lat życia, podjął się tego wielkiego dzieła, które już teraz nazywamy "błogosławionym" dla współczesnego Kościoła i - nie bójmy się tego podkreślać - dla całej ludzkości!
Nazywając przyszły sobór "Vaticanum II", znów rozstrzygnął problem natury historyczno-teologicznej: sobór sprzed stu lat uznał za zamkniętą kartę historii Kościoła, choć zamknięcie tej karty nastąpiło w niezwykłych okolicznościach.
Przymiotnik transitorio (przejściowy), który od samego początku przylgnął do osoby Jana XXIII, zaczyna nabierać nowego znaczenia: dzięki jego działalności w Kościele dokonuje się przejście w sensie duchowym.
Prace przygotowawcze do soboru trwały nie tylko w gabinetach różnych Kongregacji Rzymskich czy w pracowniach uniwersytetów katolickich Rzymu, ale także w zaciszach klasztornych, w ich przebogatych bibliotekach i przytulnych kaplicach, uprzywilejowanych miejscach kontemplacji i modlitwy.
Najwłaściwszą atmosferę wokół przyszłego soboru stwarzał jednak sam jego inicjator - papież Jan XXIII. Każde jego słowo, każdy jego gest natychmiast był analizowany i traktowany jako promień światła rozświetlający drogę ku temu wielkiemu wydarzeniu, które było przed Kościołem.
Ileż światła na prace przygotowawcze i atmosferę Vaticanum II spłynęło na Kościół i cały świat z następującego wydarzenia.
Jest Wielki Tydzień roku 1961 lub 1962. W Wielki Piątek Jan XXIII udaje się do Bazyliki Krzyża Jerozolimskiego na popołudniową liturgię. Nie celebruje jej, ale z wielką atencją w niej uczestniczy. Liturgia tego niezwykłego dnia składa się z kilku części, między innymi ze wspaniałej i starodawnej Modlitwy Powszechnej; prawdziwie uniwersalnej, za wszystkich, w tym za Żydów. Do tej chwili zachęta do modlitwy za Żydów zawierała przymiotnik o pejoratywnym zabarwieniu: Oremus pro perfidis Judaeis ("Módlmy się za przewrotnych Żydów"). Od wieków tak przywykli modlić się wszyscy chrześcijanie; i o dziwo, nikogo to nie raziło!
Owego dnia stało się coś niezwykłego! Papież natychmiast, podczas trwania liturgii, wezwał swego mistrza ceremonii abp. Dante i nakazał mu, aby wykreślić raz na zawsze ze wszystkich ksiąg liturgicznych przymiotnik "przewrotny" w odniesieniu do Żydów. Gest Papieża był tak ostentacyjny, że nie mógł pozostać niezauważony przez obecnych na nabożeństwie i obserwatorów.
Wieść o tym lotem błyskawicy obiegła świat i raz na zawsze odmieniła sposób myślenia o naszych "starszych braciach w wierze". Znacząco wpłynęła na kształt roboczych schematów i w konsekwencji końcowych dokumentów soboru o ekumenizmie i innych.
8 grudnia 1960 r. w Bazylice Matki Bożej Większej, przed cudownym wizerunkiem Madonny Salus Populi Romani, prace przygotowawcze i samo dzieło soboru Jan XXIII powierzył Maryi.
W 1961 r. prace przygotowawcze do soboru przebiegały w jednakowym rytmie od początku wdrożonym, choć wiadomości o tych pracach było coraz więcej, ponieważ różne gremia i komisje częściej się zbierały w celu nadania ostatecznego kształtu projektom przyszłych dokumentów.
I tak w czerwcu 1961 r. odbyło się pierwsze posiedzenie Centralnej Komisji Przygotowawczej pod przewodnictwem Papieża, z udziałem 31 kardynałów, 2 patriarchów, 12 arcybiskupów i biskupów, 4 przełożonych generalnych zakonów i 23 doradców. Na tym spotkaniu zaprezentowano łącznie 59 schematów, które będą przedmiotem dyskusji soborowej. Rozważano także sprawę zaproszenia na sobór braci odłączonych, jako obserwatorów. W tej kwestii stanowisko Jana XXIII było zdecydowanie pozytywne, o czym dał wyraz w konstytucji apostolskiej Humanae salutis opublikowanej w Boże Narodzenie 1961 r.
W motu proprio "Concilium" z 2 lutego 1962 r. Jan XXIII wyznaczył datę rozpoczęcia Soboru Watykańskiego II na dzień 11 października tegoż 1962 r., w liturgiczne wspomnienie Bożego Macierzyństwa Najświętszej Maryi Panny.
Dopełnieniem prac przygotowawczych było z jednej strony rozesłanie biskupom całego świata pierwszej części schematów roboczych, a z drugiej ogłoszenie regulaminu Soboru i powołanie Prezydium tego zgromadzenia i sekretariatu. Prezydium stanowiło 10 kardynałów, a wśród nich Prymas Polski, kard. Stefan Wyszyński. W sekretariacie, któremu przewodniczył abp Pericle Felici, był także Polak, abp Jan Król z Filadelfii w USA.
Gremia przygotowawcze wykonały gigantyczną pracę, której końcowy kształt nadadzą już ojcowie soboru pod tchnieniem Ducha Świętego.
cdn.