Budowy Kościoła warszawsko-praskiego zarówno w wymiarze materialno-organizacyjnym, jak też duchowym, podjął się w 1992 r. jego pierwszy ordynariusz bp Kazimierz Romaniuk.
Znaczącym dla diecezji wydarzeniem były prace I Synodu Diecezjalnego i uchwalenie lokalnego prawodawstwa niezbędnego dla poprawnego funkcjonowania duszpasterstwa. Diecezja posiada wszystkie niezbędne do jej funkcjonowania instytucje. W wyremontowanym budynku przy ul. Floriańskiej znalazła siedzibę Kuria Biskupia. Klerycy zdobywają formację w Wyższym Seminarium Duchownym Diecezji Warszawsko-Praskiej pw. Matki Bożej Zwycięskiej w Tarchominie, które od 2000 r. decyzją Kongregacji ds. Wychowania Katolickiego jest afiliowane do Papieskiego Wydziału Teologicznego w Warszawie.
Pod patronatem św. Brata Alberta na terenie diecezji prężnie działa Caritas. Corocznie kilka tysięcy dzieci z najuboższych rodzin może dzięki niej wyjechać na kolonie letnie. Caritas prowadzi kilkanaście stacji opieki dla osób starszych i chorych, oraz zespoły opieki długoterminowej. Organizuje warsztaty terapii zajęciowej. Podlega jej również Dom Samotnej Matki w Zielonce.
Na terenie diecezji działa w Warszawie Katolicki Ośrodek Adopcyjno-Opiekuńczy pw. Świętych Archaniołów Michała, Gabriela i Rafała. Jego celem jest zapobieganie sieroctwu społecznemu przez stworzenie każdemu dziecku możliwości rozwoju w najbardziej korzystnym środowisku rodzinnym: naturalnym - przez pomoc rodzinie biologicznej lub zastępczym - przez przygotowanie rodziny zastępczej.
Diecezja warszawsko-praska ma już kilka sanktuariów maryjnych. Na prawie diecezjalnym odbyły się koronacje obrazów Matki Bożej w Mińsku Mazowieckim, Otwocku, Sulejówku i na Targówku. Ośrodkami kultu maryjnego są także inne kościoły: konkatedra na Kamionku, sanktuaria w Loretto i Świdrze, kościół Matki Bożej Loretańskiej na Pradze, Narodzenia Pańskiego przy ul. Ostrobramskiej, Matki Bożej z Lourdes przy ul. Wileńskiej, Matki Bożej Zwycięskiej w Rembertowie. Ostatnio powstało na Grochowie sanktuarium Matki Bożej Królowej Polskich Męczenników.