Jan Jagodziński urodził się 6 maja 1929 w Lubaczowie na terenie archidiecezji lwowskiej. Po maturze wstąpił do Seminarium Lwowskiego, które po wygnaniu ze Lwowa przez władze sowieckie znalazło na kilka lat siedzibę w Kalwarii Zebrzydowskiej u franciszkanów (bernardynów). Po likwidacji placówki w 1950 przez władze komunistyczne dalszą formację odbywał w Częstochowskim Seminarium Duchownym w Krakowie, a intelektualną na Wydziale Teologicznym UJ. 27 czerwca 1954 przyjął święcenia kapłańskie dla archidiecezji w Lubaczowie (była to resztka archidiecezji lwowskiej, która po wojnie pozostała w granicach Polski).

Był m. in. proboszczem i dziekanem w Lubaczowie oraz kierownikiem Wydziału Duszpasterskiego w tamtejszej Kurii Metropolitalnej. W latach 1983-92 był rektorem seminarium duchownego archidiecezji w Lubaczowie z siedzibą w Lublinie. Gdy 25 marca 1992 Jan Paweł II utworzył diecezję zamojsko-lubaczowską, ks. Jagodziński wyjechał do Stanów Zjednoczonych i tam został ojcem duchowym w Seminarium w Orchard Lake (do 1998). Na prośbę arcybiskupa lwowskiego Mariana Jaworskiego w 1998 przybył do Lwowa i tam do 2000 był moderatorem Lwowskiego Wyższego Seminarium Duchownego w Brzuchowicach.

W dowód uznania otrzymał godność kanonika gremialnego (dziekana) Kapituły Lwowskiej i protonotariusza apostolskiego (infułata). W 2000 ze względu na stan zdrowia przeszedł na emeryturę i wrócił do Polski.