Franciszkanie pojawili się w Pińczowie na zaproszenie Zygmunta Myszkowskiego, marszałka wielkiego koronnego, w 1609 r. Do czasu przybycia reformatów umarłych chowano tylko wokół świątyni, potem zaczęto to czynić również wewnątrz, pomimo braku krypt (groby powstawały przez wybranie ziemi spod podłogi). Z biegiem czasu w podziemiach urządzono cmentarz, dzieląc jego przestrzeń na dwie części: świecką i duchowną.

Gdzie i kogo?

Na 1686 r. datuje się budowę katakumb pod kościołem, w których do roku 1897 pochowano ciała zmarłych 98 zakonników oraz ponad 450 osób świeckich, w tym rodzinę Myszkowskich z fundatorem Stanisławem Kazimierzem.

Zachowane opisy uroczystości pogrzebowych doby baroku pokazują ich wspaniałość, wręcz widowiskowość, gdy pogrzeb kończyły podniosłe śpiewy nad ciałem zmarłego. Z pochówkiem magnaterii łączyły się ogromne wydatki, choćby na zwyczajowe stypy, których opisy także zachowały się w dokumentach. Ale są i takie wpisy: „17 V pochowaliśmy W.P. Piotra Kucharskiego w kruchcie przy progu do świątyni, jak sobie tego życzył. Na egzekwiach nikt z rodziny nie był…”.

Co pewien czas, gdy cmentarze wewnątrz i na zewnątrz kościoła się zapełniały, dokonywano, za zgodą biskupa, oczyszczenia grobów, a następnie kości uroczyście chowano w mogile zbiorowej. Tak było np. w latach 1777 i 1840. Nie ruszano jednak nigdy szczątków fundatorów kościoła.

W małych katakumbach pod chórem klasztornym za ołtarzem głównym – tam chowano głównie ojców i braci, a w katakumbach pod nawą główną zazwyczaj chowano szlachetnie urodzonych, związanych z klasztorem. Wykazy zmarłych określają różnie miejsca pochówków: pod ołtarzem św. Prospera, w grobie margrabskim, przy ołtarzu św. Antoniego, w grobie szlachty, w grobie ogólnym, pod drzwiami kościoła, pod dawną zakrystią… Pod północną kaplicą spoczywają członkowie możnego rodu Myszkowskich – to ich kaplica rodowa.

Franciszkanie byli także grzebani wokół kościoła.

Gdy po powstaniu styczniowym skasowano klasztor franciszkanów w Pińczowie, jako ostatni pozostał o. Innocenty Boniszewski, który zmarł w 1910 r. Został pochowany już na cmentarzu parafialnym. Po nim rektorem kościoła mianowano ks. Karola Wójcika (ma w kościele pamiątkową płytę). Ksiądz Wójcik doczekał powrotu reformatów.

Współcześnie

W 1928 r. franciszkanie wrócili do klasztoru pińczowskiego, gdzie odtąd pracują jako duszpasterze, tak we własnym kościele, jak i w okolicy i szerzą kult cudownego obrazu Matki Bożej Mirowskiej. – Po II wojnie światowej, gdzieś w latach 50. XX wieku nasze pochówki rozpoczęto na cmentarzu parafialnym, gdzie mamy wspólny grobowiec – wyjaśnia o. Eliasz Hetmański, gwardian i proboszcz parafii. Na cmentarzu parafialnym spoczywają: br. Józef Wiater, zmarły w 1958 r., o. Piotr Brzyski (zm. w 1952) i br. Fabian Buczek (zm. w 1985).

Obecnie, gdy jeden ze współbraci umiera w klasztorze, jest chowany do trumny w habicie i kapturze oraz bez butów – na znak ubóstwa. Jeśli był kapłanem, na trumnie stoi kielich, jest także mszał i stuła. Przy wystawionych zwłokach wspólnota franciszkańska odprawia różne nabożeństwa i modlitwy, jak Różaniec, Jutrznia czy Nieszpory.

Obecnie w klasztorze jest czterech ojców i dwóch braci, a prowadzona przez ojców parafia Nawiedzenia NMP liczy ok. 2700 osób. W Polsce jest pięć prowincji Zakonu Braci Mniejszych (Pińczów sytuuje się w Prowincji Matki Bożej Anielskiej). Franciszkanów brązowych z Zakonu Braci Mniejszych posługuje w naszym kraju ok. tysiąca.