Urodziła się niedaleko Wadowic, w Kleczy Dolnej (1896 r.). Dorastała w rodzinie rolniczej, w atmosferze głębokiej wiary, pobożności i mocnych zasad moralnych. Pierwszą pracę podjęła w wadowickim szpitalu, który prowadziły siostry nazaretanki. Po zaledwie 9 miesiącach postanowiła wstąpić do tego zgromadzenia. Jeszcze przed ślubami wieczystymi (1926 r.) była m.in. w klasztorach w: Krakowie, Stryju, we Lwowie i w Kaliszu. W 1934 r. została wysłana do Nowogródka (obecnie miasto na terenie Białorusi), gdzie siostry prowadziły szkołę powszechną, internat i opiekowały się tzw. białą farą, czyli kościołem Przemienienia Pańskiego (w tej świątyni został ochrzczony Adam Mickiewicz).

W Nowogródku s. Małgorzata pracowała w szpitalu i w szkole. Tam zastał ją wybuch II wojny światowej. Cztery lata później, w 1943 r., w Nowogródku doszło do dramatycznych wydarzeń. Niemcy wezwali siostry nazaretanki na komisariat gestapo. Poszło jedenaście zakonnic. Dwunasta, s. Małgorzata Banaś, na polecenie matki przełożonej została, by pilnować kościoła. Po kilku dniach okazało się, że nazaretanki zostały rozstrzelane przez Niemców (siostry zostały beatyfikowane 5 marca 2000 r. przez Jana Pawła II). Ocalała jedynie s. Małgorzata.

Zamordowane zakonnice gestapowcy pochowali w lesie. Siostra Małgorzata odnalazła ich grób. Do końca swojego życia dbała, aby nie zaginęła pamięć o zamordowanych współsiostrach. W tym czasie jedyny kapłan, który pozostał w tym mieście – ks. Aleksander Zienkiewicz musiał się ukrywać, a potem wyjechał do Polski. To s. Małgorzata troszczyła się o świątynię i prowadziła nabożeństwa. „Czuję wyraźnie, że Bóg mnie zostawił na straży swojego domu” – wspominała. Przez wiele lat mieszkała w małym pokoju koło zakrystii. Mieszkańcy Nowogródka nazywali ją „stróżem Tabernakulum”. Jej opieka nad świątynią, dbanie o jej wnętrze, ozdabianie ołtarzy trwały aż 23 lata.

Wielu świadków podkreślało, że całe jej życie było cichą troską o innych. Bez rozgłosu, bez oczekiwania na wdzięczność. Po wojnie organizowała pomoc dla osób zesłanych na Syberię. Prowadziła katechezy dzieci, opiekowała się osobami samotnymi i chorymi. Karol Mazurkiewicz, lekarz ze szpitala w Nowogródku, wspominał, że miała wyjątkowe, podwójne powołanie: zakonne i medyczne; była doskonałą pielęgniarką.

Przez wiele lat odrzucano prośby s. Małgorzaty o wydanie jej zezwolenia na podróż do Polski. Siostry nazaretanki odwiedzała w Grodnie i Wilnie. Dopiero w 1964 r. mogła przyjechać do ojczystego kraju i odwiedzić rodzinę. Rok później zachorowała na raka płuc.

„Przez życie przeszła, dobrze czyniąc. Była gotowa na wszystko, czego Bóg od niej oczekiwał. Zupełnie wyrzekła się siebie, aby być dla innych” – napisał o. Józef Makarczyk, franciszkanin konwentualny. Zmarła w 1966 r. i została pochowana na cmentarzu k. Nowogródka. Jej proces beatyfikacyjny rozpoczął się w 2003 r.