Po enuncjacjach Episkopatu skierowanych do duchowieństwa, rodziców i wszystkich wiernych kard. Stefan Wyszyński podjął kolejny krok w obronie katechizacji. Postanowił zwrócić uwagę samej "góry" na ten problem. 30 sierpnia 1963 r. wystosował list do I sekretarza KC PZPR Władysława Gomułki:

Nawiązując do naszej rozmowy z dnia 26 kwietnia br. uważam za swój obowiązek poinformowanie Pana Sekretarza o wyniku prac zaprojektowanej wówczas Komisji Wspólnej, która miała rozpatrzeć sprawę punktów katechetycznych. Obrady Komisji i prac podkomisji wyłonionej przez KW, skończyły się na razie niepowodzeniem.

Przyczynę takiego stanu rzeczy przedstawiciele Episkopatu widzą w tym, że przedstawiciele rządu wystąpili z postulatami idącymi dalej aniżeli kiedykolwiek. Przedstawiciele rządu nie chcąc uznać proponowanego rozróżnienia między punktami katechetycznymi w miejscach sakralnych, w pomieszczeniach parafialnych i na terenie parafialnym, domagali się sprawozdań z pracy katechetycznej ze wszystkich miejsc nauczania religii, nawet prowadzonego w świątyniach.

Przedstawiciele Episkopatu uznali, że nowy postulat jest nie do przyjęcia, gdyż wchodzi w wewnętrzne sprawy Kościoła; ogranicza prawa i obowiązki biskupów i kapłanów do nauczania wiernych prawd wiary, niezależnie od jakiejkolwiek władzy; usiłuje ograniczyć istotowe posłannictwo Kościoła; wywołuje niepokój sumień dzieci i młodzieży; zapowiada dalsze ograniczenia, jak to ma miejsce już dziś w innych krajach bloku socjalistycznego; jest niezgodny z zasadami wolności sumienia i wyznania głoszonymi przez prawo przyrodzone, gwarantowanymi przez Konstytucję PRL, zobowiązania międzynarodowe podpisane przez rząd PRL, w przyjętym dwukrotnie "Porozumieniu" między rządem a Episkopatem Polski.

Stanowisko takie przedstawiciele Episkopatu w Komisji Wspólnej potwierdziła Komisja Główna Episkopatu oraz Konferencja Plenarna Episkopatu.

Wyrażam nadzieję, że dalsze prace Komisji Wspólnej dadzą lepsze wyniki.

Wychowanie dzieci i młodzieży nie po raz pierwszy stało się przedmiotem konfliktu pomiędzy państwem i Kościołem. Władze komunistyczne podejmowały wzmożone wysiłki, żeby oddziaływać na młode pokolenie i całkowicie je sobie podporządkować. Katechizacja była więc "solą w oku" polskiego rządu. Ksiądz Prymas doskonale zdawał sobie sprawę z zagrożenia dla wiary, jakie stanowi dla dzieci i młodzieży odcięcie od katechizacji. Stąd też podjął tak wszechstronny wysiłek dla jej ratowania.

31 sierpnia Ojciec święty Paweł VI poszerzył skład Prezydium II Soboru Watykańskiego. Nowymi jego członkami zostali: kard. Albert Meyer, arcybiskup Chicago, kard. Giuseppe Siri, arcybiskup Genui i kard. Stefan Wyszyński. Był to kolejny dowód wielkiego szacunku, jakim cieszył się Prymas Polski. Znalezienie się wśród 13 kardynałów, którzy stanowili jeden z najważniejszych organ Soboru było niewątpliwym wyróżnieniem. Członkowie tego gremium przewodniczyli kolejno soborowym obradom podczas sesji plenarnych i rozstrzygali powstałe w czasie dyskusji problemy proceduralne.