Kult maryjny w Zamościu nie ograniczał się wyłącznie do głównej świątyni miejskiej - kolegiaty. Drugim ważnym jego ośrodkiem był wspomniany już kościół zamojskich franciszkanów, noszący wezwanie Zwiastowania Najświętszej Maryi Panny, którego wnętrze zdobiło piętnaście wielkich obrazów ilustrujących życie Matki Bożej od Jej Niepokalanego Poczęcia przez współuczestnictwo w Męce Syna aż po Wniebowzięcie. Przy kościele tym działało Bractwo Szkaplerza Świętego, posiadające osobny ołtarz z obrazem Matki Bożej Szkaplerznej. Wschodni szczyt wspaniałej franciszkańskiej świątyni, będącej wówczas największym kościołem barokowym w Polsce, zdobił malowany na murze wizerunek Maryi, widoczny z oddali ponad murami miasta, od strony, skąd przychodziły zawsze największe zagrożenia.
W znajdującej się obok świątyni szpitalnej bonifratrów królowała w ołtarzu Maryja w kopii jasnogórskiego wizerunku, do której uciekali się chorzy i cierpiący, doznając - jak świadczą zachowane dokumenty - licznych uzdrowień. historia tego obrazu jest bardzo tajemnicza i pełna nadprzyrodzonych wątków. Był on własnością jednego z mieszczan zamojskich, mieszkających na przedmieściu lwowskim. Jego wysoka ranga artystyczna i nadzwyczaj wierne odwzorowanie wraz z misternie dekorowanymi koronami świadczą, że powstał on na Jasnej Górze, w jednym z działających tam ówcześnie warsztatów malarskich. W cudowny sposób ocalały z pożaru, jaki miał miejsce w 1689 r., miał być uroczyście przeniesiony do kolegiaty i tam, dla większego splendoru, został umieszczony w ołtarzu. Jednakże po przekroczeniu bram miejskich orszak z procesją zatrzymał się przed skromną drewnianą świątynią bonifratrów, nie mogąc dalej postąpić z obrazem. Uznano wówczas, że to miejsce Maryja sobie wybrała, a prowadzący procesję biskup chełmski Jacek Święcicki wypowiedział - jak zanotowały kroniki klasztorne - następujące słowa: "Najświętsza Matko Boska, ponieważ tu dla siebie obrałaś miejsce, pamiętajże i tutaj o nas grzesznikach wszystkich do Ciebie się udających, a łask swoich użyczać nie przestawaj". Kult Matki Bożej w kościele bonifratrów rozwijał się bardzo intensywnie. W II poł. XVIII w. zakonnicy otrzymali wspaniałą murowaną świątynię, a sam obraz - bogatszą oprawę i srebrne sukienki. Nie cieszono się jednak długo tym faktem. I rozbiór Polski, który dokonał się w 1772 r., i idące w ślad za nim kasaty klasztorów i instytucji religijnych dotknęły również Zamość. Klasztor i kościół bonifratrów zostały zamknięte, zaś cudowny obraz umieszczono w klasztorze klarysek, oddanym sprowadzonym ze Lwowa siostrom miłosierdzia św. Wincentego, a po ich usunięciu z Zamościa przeniesiony został do kościoła pofranciszkańskiego w Szczebrzeszynie, gdzie w ołtarzu głównym znajduje się do dnia dzisiejszego.
Wystawiony w kaplicy fundatorskiej w kolegiacie wzmiankowany już ołtarzyk Matki Bożej Loretańskiej nie był jedynym miejscem kultu Madonny z Loreto. Na Przedmieściu Lwowskim znajdowała się kaplica, a później kościółek pod tym wezwaniem, którego początki sięgają połowy XVII w. i wiążą się z donacją Stanisława Sarbiewskiego na rzecz wybudowania kaplicy i ustanowienia kultu. W 1714 r. wybudowano w tym miejscu nowy drewniany kościół, w którego ołtarzu umieszczono kopię figury z Loreto. Kościół nie istnieje już od dawna, zaś pochodząca z niego figura Matki Bożej odnalazła się ostatnio w jednej ze skromnych kapliczek pod Zamościem.
Obrazy Matki Bożej Loretańskiej znajdowały się także w ołtarzach świątyń w Krzeszowie i Kryłowie nad Bugiem, a rozpowszechnione w odbitkach graficznych ich kopie odbierały cześć również w ołtarzykach innych kościołów.
Należy pamiętać, że w wielonarodowym mieście, jakim w omawianym okresie był Zamość, kult maryjny nie ograniczał się wyłącznie do kościołów rzymskokatolickich. Warto zaznaczyć, że w kościele zamojskich Ormian, noszącym maryjne patrocinium Wniebowzięcia Bogurodzicy Maryi, otaczany był wielkim nabożeństwem obraz Matki Bożej z Dzieciątkiem i drugi obraz, wyobrażający wielkiego Jej czciciela, Kajetana z Thieny, na którym święty ukazany był w scenie adoracji Maryi z Jezusem. Ormianie darzyli Matkę Bożą szczególną miłością. Dobrym przykładem manifestacji tych uczuć jest duży, wykonany w stiuku wizerunek Maryi Niepokalanej z królewskim berłem w dłoni, depczącej monstrualnego smoka na fasadzie jednej z kamienic w Rynku Wielkim. Nie można pominąć też świątyń unickich i prawosławnych, w których ikonostasach na naczelnym miejscu królowała Swiata Preczysta Bohorodyca. Tu, w Zamościu, powstawały też Jej cudowne ikony, czczone w cerkwiach Werhraty i Szczebrzszyna.