Urodził się w Szczepanowie, w Małopolsce. Swoje pierwsze studia odbył zapewne w domu rodzinnym, potem być może w Tyńcu, w klasztorze benedyktyńskim. Święcenia kapłańskie otrzymał ok. 1060 r. Biskup krakowski Lambert mianował go kanonikiem katedry. Po śmierci bp. Lamberta (1070) Stanisław został wybrany na jego następcę. Konsekracja odbyła się jednak dopiero w 1072 r. Jako biskup krakowski Stanisław wniósł wielki wkład w zjednoczenie Polski po okresie tzw. rozbicia dzielnicowego.

Biskup Stanisław poniósł śmierć męczeńską w kościele Na Skałce z rąk króla Bolesława Śmiałego, zwanego też Szczodrym (1042-81), z którym wcześniej łączyła go przyjaźń. Biskup bronił ładu moralnego i dlatego sprzeciwił się niektórym decyzjom władcy. 11 kwietnia 1079 r. Bolesław osobiście udał się na Skałkę i w czasie Mszy św. zabił biskupa uderzeniem w głowę, a potem kazał poćwiartować jego ciało.

8 września 1253 r. w kościele św. Franciszka z Asyżu w Rzymie papież Innocenty IV dokonał kanonizacji bp. Stanisława. Na następny rok bp Jan Prandota wyznaczył uroczystość podniesienia relikwii bp. Stanisława i ogłoszenia jego kanonizacji w Polsce. Uroczystość odbyła się 8 maja 1254 r.

Święty Jan Paweł II nazwał św. Stanisława „patronem chrześcijańskiego ładu moralnego”.