Choć już przed wojną w miejscu szkoły mieściło się kolegium mariańskie, to początki obecnego liceum sięgają 1997 r., kiedy to kard. Józef Glemp powołał do życia Archidiecezjalne Gimnazjum Męskie. Placówką koedukacyjną szkoła stała się w wyniku pierwszej reformy kard. Kazimierza Nycza, zaś w 2016 r. miasto wyraziło zgodę nadania placówce statusu szkoły publicznej. Obecnie jest to pierwsze i jedyne katolickie liceum w Warszawie i okolicach, które nie wymaga opłat w postaci czesnego.

– W obecnym klimacie społecznym taka szkoła to skarb. Wielu młodych szuka dla siebie miejsca, w którym ich katolickie wartości nie będą kontestowane. Tutaj wiedzą, że nie są sami i jest to dla nich umocnieniem – mówi dyrektor Centrum Edukacyjnego Archidiecezji Warszawskiej ks. dr Sylwester Jeż, konsultor Komisji Wychowania Katolickiego KEP.