Ojcowie Franciszkanie - Reformaci zostali sprowadzeni do Włocławka przez bp. Andrzeja Lipskiego w 1625 r. Początkowo ich siedzibą był dziś nie istniejący, drewniany kościół pw. św. Stanisława. Fundatorami obecnej świątyni pw. Wszystkich Świętych i klasztoru byli zamożni mieszczanie włocławscy - Wojciech Romatowski i jego żona Dorota z Rogalińskich herbu Dragomir.
Kościół zbudowano w latach 1639-44 w stylu barokowym, chociaż w jego architekturze znaleźć można reminiscencje gotyku (m. in. szkarpy), a także fragmenty eklektyczne, będące efektem późniejszej rozbudowy; świątynia była wielokrotnie rozbudowywana i przebudowywana. Otoczona zabudowaniami klasztornymi, wzniesionymi podobnie jak kościół w wielu etapach, ma dziś formę niejednorodną.
Kościół, zbudowany pierwotnie jako jednonawowy z prezbiterium, ma obecnie nawę boczną po stronie północnej. Nawa boczna powstała z trzech połączonych kaplic: kaplicy Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny, zbudowanej w 1650 r. z fundacji Marii Żuchowskiej, z kaplicy pw. św. Marii Magdaleny, wzniesionej w 1653 r., i kaplicy pw. Matki Bożej (przy prezbiterium), zbudowanej w 1824 r. Scalenia nawy podjął się inż. Antoni Olszakowski w 1913 r. Nadał jej kształt neobarokowy, pozostawił też ślady dawnej kaplicy w postaci półkolistej absydy wystającej z elewacji. W architekturze nawy bocznej najciekawszym elementem jest znajdująca się ponad gzymsem wysoka attyka z pilastrami, zwieńczona faliście.
Wnętrze nawy głównej i prezbiterium kościoła pw. Wszystkich Świętych ma charakter barokowy. Szersza i nieznacznie wyższa od prezbiterium nawa nakryta jest sklepieniem kolebkowym z lunetami.
Neogotycka brama przy kościele i klasztorze Ojców Reformatów powstała w latach 1857-60. Brama z trzema ostrołukowo zamkniętymi przejściami jest zwieńczona sterczynami, na których znajdują się figury Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny w środku oraz św. Franciszka, św. Antoniego i aniołów po bokach.

Fotografie kościoła i klasztoru znajdują się w albumie Skarby Włocławka, wydanym przez Studio Wena, Włocławek 2001, s. 92-93, 142.