Janusz Kotański podczas swojej wieloletniej kariery pracował w różnych instytucjach m.in.: w Ministerstwie Kultury i Sztuki, Instytucie Pamięci Narodowej, Muzeum Jana Pawła II i Prymasa Wyszyńskiego. W latach 2001-2006 jako pracownik IPN w Biurze Edukacji Publicznej zajmował się m.in. historią Kościoła katolickiego. Był współautorem opracowań: „Prymas Tysiąclecia Kardynał Stefan Wyszyński„ i „Stan wojenny”, a także członkiem redakcji „Biuletynu IPN”.

W latach 2006-2007 pełnił funkcję dyrektora Biura Prasowego Kancelarii Sejmu RP. W początkowym okresie działalności Centrum Nauki Kopernik (2008-2009) był kuratorem i współtwórcą galerii „Korzenie cywilizacji”. W latach 2010-2015 w Muzeum Jana Pawła II i Prymasa Wyszyńskiego współtworzył scenariusz wystawy głównej oraz wystaw czasowych poświęconych św. Janowi Pawłowi II i bł. ks. Jerzemu Popiełuszce. Zaangażowany był również w powstawanie ekspozycji Muzeum bł. Stanisława Papczyńskiego (którego kanonizacja, z udziałem Pary Prezydenckiej, miała miejsce 5 czerwca br.) w Górze Kalwarii. W ostatnich latach pracował nad aktami Sekretariatu Prymasa Polski Stefana Wyszyńskiego.

Jest autorem wielu artykułów poświęconych historii Polski i Włoch, opublikowanych m.in. w „Gościu Niedzielnym”, „Naszym Dzienniku”, „Rzeczpospolitej” czy „Teologii Politycznej”. Współpracował także z Telewizją Polską.

Janusz Kotański jest historykiem, absolwentem Wydziału Historycznego UW. Zna język angielski; posługuje się rosyjskim i francuskim.