Pomyślny rozwój Zgromadzenia Sióstr Wspólnej Pracy od Niepokalanej Maryi przerwała II wojna światowa. W 1945 r. siostry podjęły prowadzenie zaprzestanych dzieł. Pod koniec lat 40. władze państwowe zaczęły utrudniać pracę Zgromadzeniu, a w latach następnych wręcz zakazywać wielu działań. W latach 1952-53 rozpoczęły się aresztowania. Jako pierwsze represjonowane były zakonnice z Lipna. Broniły własności Zgromadzenia - domu, który postanowiły przejąć władze. 10 maja 1952 r. aresztowano siostry: Irminę Dobielską, Franciszkę Gabrysiak, Augustynę Gabryś i Cecylię Skrodzką. Przez kilka dni przebywały w bydgoskim więzieniu, gdzie poddano je przesłuchaniom. Trzy siostry zwolniono, natomiast s. A. Gabryś była więziona jeszcze przez prawie 3 miesiące.
Pod koniec stycznia 1953 r. na 9 miesięcy osadzono w więzieniu dla więźniów politycznych na Mokotowie przełożoną domu w Michelinie k. Włocławka - s. Józefę Ambroziak. Zwolniona, zmarła 11 kwietnia 1954 r. W tym samym miejscu przez 9 miesięcy więziono s. Alojzę Kapuścińską - przełożoną domu Zgromadzenia w Ciechocinku, aresztowaną przez UB 29 stycznia 1953 r. Przez 9 miesięcy więźniarką była również dawna przełożona generalna Zgromadzenia - s. Maria Tucholska.
Mając na celu wychowanie dzieci i młodzieży w duchu ateistycznym, władze prowadziły akcję pozbawiania sióstr zakonnych wpływu na młode pokolenie. Przyjęto metodę likwidacji prowadzonych przez zakony placówek edukacyjnych i wychowawczych. Zabroniono prowadzenia kursów kroju i szycia oraz warsztatów rękodzielniczych. Przestały istnieć domy dziecka we Włocławku i Zduńskiej Woli oraz przedszkola: w Kłodawie, Kowalu, Lipnie, Lubrańcu, Pyzdrach, Włocławku i Zduńskiej Woli. Odebrano siostrom prawo nauczania religii w szkole, zamknięto internat we Włocławku.
Innymi formami represji było skreślenie zakonnic z listy ubezpieczeń społecznych, nakładanie wysokich podatków, różnego rodzaju szykany finansowe, upaństwowienie mienia sióstr, m.in. pensjonatu przy ul. Orlej i zdecydowanej większości posiadłości przy ul. Leśnej. Siostry boleśnie odczuły nakaz wstrzymania budowy domu, wydany w 1958 r., mimo wcześniej otrzymanego pozwolenia. Za podatki zabrano część materiałów budowlanych.
Z akt znajdujących się w Archiwum Instytutu Pamięci Narodowej w Bydgoszczy wynika, jak zabiegano o agentów, jak wyszukiwano, czym zajmują się siostry. A przecież podejmowane przez Zgromadzenie dzieła służyły wyłącznie dobru miejscowego społeczeństwa...