Podczas poświęcenia gmachu seminarium 15 sierpnia 1991 r. Jan Paweł II zwrócił uwagę na nowe wymagania w dziedzinie formacji kapłanów, jakie postawił przed całym Kościołem VIII Synod Generalny świadom potrzeby nowej ewangelizacji świata. "Wasze seminarium będzie musiało na te wezwania odpowiedzieć na swój sposób. Trudno tu nie wskazać na wyjątkowość miejsca, w którym wznosi się ten gmach. Można by nawet powiedzieć o swego rodzaju genius loci. Seminarium pod Jasną Górą wśród tysięcznych rzesz pielgrzymich może i powinno wypełnić wyjątkową misję w skali całej Polski, a nawet świata" - wyznał Papież.

Metropolita częstochowski abp Stanisław Nowak 4 maja 2001 r. dokonał poświęcenia figury Matki Bożej Nazaretańskiej na dziedzińcu Jana Pawła II w seminarium, która jest wotum na 75-lecie jego działalności. " Nawiedzając Elżbietę, Maryja zanosi matce Jana Chrzciciela Chrystusa, który udziela Ducha Świętego. Działanie Maryi, połączone z darem Ducha Świętego, staje się zapowiedzią Pięćdziesiątnicy" - mówił abp Nowak do alumnów w kościele seminaryjnym. I tak z Maryją alumni, wychowawcy i profesorzy chcą iść w nowe tysiąclecie. Maryja biegnąca w kierunku seminarium, jakby z Jasnej Góry. Maryja spiesząca z pomocą - z Chrystusem. I sam Jezus, Najwyższy i Wieczny Kapłan prowadzący do swej Matki - Wychowawczyni powołań kapłańskich i Nauczycielki zawierzenia i oddania się Jemu samemu, apostołowania aż do granic poświęcenia - wprost do świętości. To piękne wotum na Jubileusz Seminarium.

Kapłani pamiętający krakowską siedzibę seminarium ze wzruszeniem wspominają prywatne i wspólnotowe modlitwy na dziedzińcu przed figurą Maryi, chwile zamyśleń, przyjacielskich rozmów, spacerów. "Wszystkie doświadczenia duchowe wyznaczały jakby szlak modlitewny i kontemplacyjny mojej drogi do kapłaństwa, a potem w kapłaństwie - aż do dnia dzisiejszego. Ta droga prowadziła mnie wielokrotnie na ´dróżki maryjne´ w Kalwarii Zebrzydowskiej" - napisał Jan Paweł II w swojej autobiografii. Bo jest na tych drogach coś z ducha pokornej Służebnicy Maryi, a także coś z Piotra, ze skały. Jest już chyba tradycją w naszym seminarium, że alumni zaczynają uczyć się przepowiadania Słowa Bożego właśnie z Maryją, pisząc pierwsze kazania na nabożeństwa majowe, a potem różańcowe. By potem razem z Nią iść drogą krzyżową Jej Syna, gdy przygotowują kazania pasyjne. Ciekawą historię dorastania do Chrystusowego kapłaństwa pod płaszczem Maryi zapisali alumni w rozważaniach apelowych. Seminarium to także głęboka refleksja teologiczna o roli Matki Jezusa, jako Przewodniczki w wierze ludowi Bożemu na wykładach z mariologii. To także przygotowanie do duszpasterskiej pracy z młodzieżą i rodzinami w Ruchu Światło-Życie i Dziećmi Maryi, gdzie jest Ona w tajemnicy swego Niepokalanego Poczęcia przewodniczką w drodze poznawania i umiłowania wielkiej wspólnoty Kościoła i służby drugiemu człowiekowi.

"W szkole Maryi, winni wzrastać kapłani na miarę zbliżającego się XXI w. Seminarium musi formować kapłanów mocnych, odważnych i świętych" - apelował Jan Paweł II w dniu poświęcenia nowego gmachu Wyższego Seminarium Duchownego.