Początkowo 8 zakonników sprowadzonych przez ród Myszkowskich wraz z ich przełożonym - o. Marianem Guzikowiczem - zamieszkiwało prebendarz z dala od kościoła. Po 23 latach zakonnicy zajęli nowy budynek klasztorny tuż przy kościele, który powstał z fundacji Józefa Władysława Myszkowskiego - ordynata. W klasztorze przez długie lata mieścił się zakład tkacki. Aż do 1852 r. zakon utrzymywał się z wyrobu sukna przeznaczonego na habity.
Pierwotnie okazały kościół wraz z bogatym wystrojem nie przystawał do założeń prostoty reguły benedyktyńskiej. Wierni swej regule franciszkanie, tuż po osiedleniu zmienili okazały wygląd świątyni. Zrównali wieże kościoła z wysokością dachu, usunęli niektóre dekoracje fasady i herby Myszkowskich.
Funkcje parafialne w kościele pełnili od początku ojcowie paulini z kościoła pw. św. Jana Ewangelisty w Pińczowie, natomiast franciszkanie, zachowując ducha kontemplacji i modlitwy, służyli im pomocą w pracy duszpasterskiej. Głosili słowo Boże, byli spowiednikami, pracowali również jako nauczyciele w „Akademii Pińczowskiej”. Ponadto od lat 50. XIX w., w trudnych czasach rusyfikacji, wspomagali poprzez swoją posługę wiele okolicznych parafii.
Ciężkie chwile przeżywał zakon zwłaszcza w czasach zaborów i latach wojennej zawieruchy. Trzeba podkreślić, iż w okresie niewoli narodowej członkowie zakonu angażowali się mocno i aktywnie w działalność patriotyczną. Utrzymywali kontakty z ludźmi działającymi w konspiracji. Pełnili również funkcję łączników z emigracją.
Nękany przez zaborców częstymi wizytacjami, klasztor egzystował pod groźbą całkowitej likwidacji. Po upadku powstania styczniowego, w latach szczególnej represji, klasztor przyjął formę etatowego, tj. wyjętego spod władzy prowincjała. Ponadto na terenie klasztoru mirowskiego powstał dom dla księży odsiadujących wyroki sądu świeckiego, skazanych głównie za niesubordynację wobec władzy carskiej.
W 1908 r. jego pomieszczenia przejęto i utworzono szpital, gdzie do 1943 r. pracowały siostry szarytki. W 1910 r. administracja rosyjska zlikwidowała klasztor. Franciszkanie powrócili do Pińczowa w 1928 r. W latach II wojny światowej ojcowie znowu śpieszyli ludziom z pomocą. Powstała tu siedziba Rady Głównej Opiekuńczej. W murach klasztoru schronienie znalazło wielu partyzantów.
Chociaż obecnie franciszkanie pełnią zwyczajne funkcje duszpasterskie w parafii, starają się zachować ducha swojego zgromadzenia zakonnego. Każdego dnia, tak jak przed wiekami, modlą się w chórze zakonnym znajdującym się za ołtarzem głównym.
Kustoszem sanktuarium i proboszczem parafii pw. Nawiedzenia Najświętszej Maryi Panny jest o. Arnold Potępa - gwardianin. W klasztorze pracują: pełniący rolę wikariusza i ekonoma klasztoru i parafii - o. Mariusz Dębiński, kapelan Szpitala Powiatowego w Pińczowie - o. Bartłomiej Cholewa i katecheta - o. Tomasz Kobierski. Brat Benedykt Kolaniak jest ogrodnikiem, zaś brat Gerard Sójka zakrystianinem.
W 2003 r. franciszkanie przeprowadzili się do części klasztornej, w której przez długie lata mieścił się Szpital Powiatowy. Zaniedbane, nieodnawiane przez długi czas pomieszczenia wymagają gruntownego remontu. Rozpoczęte prace, dzięki wsparciu Prowincji Krakowskiej, prywatnych ofiarodawców oraz niektórych zakładów, idą sprawnie. Wyremontowano już część parafialną budynku klasztornego. Wymieniono 40 okien, wykonano instalację grzewczą, wodno-kanalizacyjną i ukończono kotłownię olejową.
Część parafialną oddano do użytku 8 grudnia ub. r., podczas odpustu parafialnego. Prace poświęcił przybyły z wizytą prowincjał, o. Marek Wach. Mieszczą się tam dwie salki. Obie mają służyć młodzieży i dzieciom.
Trzeba podkreślić, iż ojcowie franciszkanie szczególną opieką otaczają młodzież i dzieci, których tu w parafii jest niewiele. Leży im na sercu troska o ich wychowanie i dobry rozwój. Dlatego w jednej z sal ma być kawiarenka internetowa dla młodzieży z terenu parafii. Druga salka będzie miejscem spotkań młodych, którzy od paru lat w każdy piątek przychodzą, aby dzielić się słowem Bożym.
Do zrobienia pozostało jeszcze wiele - na remont czeka całe piętro, gdzie mają znajdować się pomieszczenia franciszkanów oraz kaplica. Ale o. Arnold patrzy w przyszłość z optymizmem i jest wdzięczny za ofiarność wszystkim tym, którzy wspomagają parafię i klasztor.
W parafii szczególnie rozwija się kult Matki Bożej Mirowskiej. Przebywający w kościele już od początku XVII w. Cudowny Obraz jest wykonany na wzór obrazu z Bazyliki Matki Bożej Śnieżnej w Rzymie. Od 1992 r. zdobią go korony papieskie.
W specjalnej, prowadzonej przez kilka pokoleń „Księdze łask” do dziś odnotowywane są szczególne łaski, jakie za Jej pośrednictwem otrzymało wiele osób. Przed Jej obrazem w każdą sobotę w modlitwie różańcowej przedstawiane są prośby i podziękowania nie tylko parafian, ale i pielgrzymów licznie nawiedzających sanktuarium. Odprawiane jest tu również nabożeństwo fatimskie.
Ponadto w parafii żywe są tradycje patriotyczne. W obronie Ojczyzny zginęło w czasie II wojny światowej wielu mieszkańców Pińczowa. Ich nazwiska zostały uwiecznione w Kaplicy Katyńskiej, poświęconej w 1995 r. przez ks. prał. Zdzisława Peszkowskiego - kapelana Rodzin Katyńskich.
Duch franciszkańskiej reguły życia oddziałuje na parafię w różny sposób. Przy okazji świąt Bożego Narodzenia w parafii franciszkanie organizują paczki dla osób biednych i potrzebujących. Nie brakuje również pomocy doraźnej. Czasem jest to wykupienie dla kogoś lekarstw, a czasem zakup obuwia.
- Ważne jest, aby nie pozostawiać swoich parafian bez opieki, to obowiązek każdego proboszcza - mówi o. Arnold. Przykładem na to może być Franciszkański Zakon Świeckich, w którym kilka rodzin i osób świeckich żyje według wskazań św. Franciszka. Ich opiekunem jest o. Bartłomiej, który organizuje dla nich spotkania w ostatnią niedzielę miesiąca.