Książę, który miał za sobą wieloletnie boje z biskupem, nie chciał wszczynać kolejnego sporu. Z drugiej zaś strony miał za plecami upartą żonę, która obstawała przy swoim. Wybrnął z tego, wydając salomonową decyzję - postanowił zbudować dwupoziomowy kościół. Dół oddał św. Bartłomiejowi, a górę czcicielom Krzyża Świętego.
Jak to w takich przypadkach bywa, prawda miesza się często z legendą. Natomiast na pewno należy przyjąć, że książę posiadał relikwie Krzyża Świętego i chciał nadać im należną oprawę. Relikwie sakralizowałyby władzę królewską, którą chciał przecież zdobyć. Ponadto dwupoziomowy kościół był praktyczny, gdyż oddzielał funkcje liturgiczne przynależne kapitule od kolegium mansjonarzy, ale o tym potem.
Jeśli przyjąć, że opowieść o znalezieniu krzyża podczas budowy fundamentów pod kolegiatę jest prawdą, to biskup i żona księcia mieli satysfakcję, a Henryk IV - spokój z obu stron. Nie wiadomo, kogo bał się bardziej - żony czy biskupa. Bo trzeba wiedzieć, że nie był aniołem. Wyprzedził znacznie króla angielskiego Henryka VIII, dając sobie sam rozwód. Był już wszak żonaty z księżniczką opolską, gdy mając dwadzieścia kilka lat, zakochał się w córce margrabiego brandenburskiego, Matyldzie. Bez ceregieli odesłał prawowitą żonę do jej rodziny, a sam ożenił się z Matyldą, nic sobie nie robiąc z protestów stojącego na straży prawa kościelnego biskupa ani tym bardziej rodziny prawowitej żony, której odprawiając nie szczędził złośliwości. Bracia księżnej zemścili się, goszcząc u siebie na zamku w Raciborzu biskupa. Uderzyli też w narodową nutę, że książę, pojmując za żonę margrabiankę brandenburską, przynosi wielką ujmę językowi polskiemu. Episkopat Polski uznał prześladowania Kościoła na Śląsku za przejaw agresji Niemców, potępił księcia Henryka i franciszkanów, których - jak pisze M. Goliński - oskarżono, że chcą „zrobić z Polski Saksonię”. Ponadto słał w sprawie konfliktu na Śląsku memoranda do papieża i popierał murem biskupa wrocławskiego. Nie było więc innej rady, jak w końcu pogodzić się z biskupem. Trudno być bowiem królem Polski, nie mając za sobą Episkopatu Polski, który był jednym z filarów akcji zjednoczeniowej. Ponadto książę zarzucił starania o uzyskanie tronu polskiego przy pomocy króla niemieckiego i postanowił starać się o koronę krakowską bezpośrednio u papieża.
Starania o koronę polską w niczym nie przeszkadzały niemieckojęzycznemu mieszczaństwu Wrocławia, które popierało Henryka IV, widząc w nim obrońcę bliskich im sił modernistycznych. Wprost przeciwnie - liczyło na to, że ze zdobyciem przez księcia wrocławskiego korony polskiej wzrośnie automatycznie ranga i bogactwo Wrocławia. To niemieckojęzyczne mieszczaństwo doprowadziło do lokacji Wrocławia na prawie magdeburskim. To ono dokonywało potem jego interpretacji. Po lokacji w XIII w. Wrocław stał się wielonarodowościowy - twierdzi T. Kulak (Wrocław, 1997). Ster władzy w mieście przejęli Niemcy, którzy zdominowali handel i rzemiosło. Kto chciał wspinać się po szczeblach kariery społecznej, musiał się zgermanizować. Ze względu na związki rodzinne i w trosce o swe dochody patronowali temu książęta piastowscy. Tak było także w przypadku Henryka IV Probusa.
Książę był szczęśliwy z nową żoną. Nie krył, że „jej ciało wielkich jest rozkoszy skrzynią”, ale gdy przyszło do sporządzania ostatniej woli, wykonawcą testamentu uczynił biskupa. Przyznał mu też w końcu wyłączny immunitet nad dobrami kościelnymi, czego tak długo uparcie mu odmawiał. Duchowieństwo uzyskało niezależność sądową. Niewykluczone, że książę wypełnił tym samym obietnicę daną biskupowi po tym, jak się z nim pogodził. Był to niezwykle ważny krok w dziejach biskupstwa wrocławskiego, gdyż dzięki decyzji księcia biskupi wrocławscy stali się udzielnymi książętami w granicach własnego księstwa nysko-otmuchowskiego z siedzibą w Nysie.
Książę otruty został najprawdopodobniej przez własnego lekarza. Zmarł 24 czerwca 1290 r. Spoczął we wspaniałej tumbie grobowej z białego wapienia, niczym król. Szczególny podziw wzbudza misternie i plastycznie wykuta głowa księcia. Wygląda, jakby się uśmiechał. Nie jest to więc maska pośmiertna. Umieszczony obok biały orzeł ze złotą przepaską symbolizuje najprawdopodobniej wychodzące z Wrocławia ówczesne dążenia do zjednoczenia państwa polskiego, zniweczone przez skrytobójczą śmierć księcia.
Początkowo Henryk IV miał spocząć w specjalnie zbudowanej kaplicy-mauzoleum w zamku wrocławskim. Takie było jego życzenie. Kolegiata miała być więc tylko przejściowym miejscem jego spoczynku. Nie był to więc, jak niektórzy sugerują, kościół grzebalny Piastów. Jednak Henryk III Głogowski, spadkobierca Henryka IV, nie mógł wykonać woli poprzednika. Opuścił wrocławski zamek już we wrześniu 1290 r., zmuszony do tego przez Henryka V Grubego, który nie był zainteresowany spełnieniem woli Henryka IV. Księżna Matylda opuściła Wrocław na zawsze w 1292 r. Miejscem ostatecznego spoczynku księcia stał się w tej sytuacji chór kościoła górnego. Sarkofag księcia stanął tutaj około 1300 r. Był to pierwszy przypadek na Śląsku, gdy pochówku panującego dokonano w świątyni nieklasztornej.
Budowa kolegiaty przebiegała etapowo. Prezbiterium ukończono ok. 1300 r., a korpus nawowy w drugiej tercji XIV w. (przed 1350 r.). Według H. Luchsa, budowniczym kolegiaty mógł być magister lapicida Wilandus, ale zdaniem E. Małachowicza, jego działalność może dotyczyć tylko prezbiterium (Ostrów Tumski i wyspy we Wrocławiu, 1988). Jej budowę przerwano najprawdopodobniej w wyniku zawieruch po śmierci księcia. Kontynuował ją biskup Nanker, przeniesiony w 1326 r. do Wrocławia z Krakowa. Uczynił on z kolegiaty swoisty pomnik symbolizujący wyższość władzy duchownej nad świecką, nadając jej ostatecznie plan krzyża. Książę należycie zadbał o uposażenie kolegiaty. Na końcu aktu fundacyjnego, podpisanego 11 stycznia 1288 r., wydano dyspozycje dotyczące odprawiania Mszy św. żałobnych, a wcześniej wśród motywów budowy kościoła wymieniono nie tylko oddawanie czci Krzyżowi Świętemu, ale i troskę o zbawienie duszy księcia, jego rodziców, księcia Władysława arcybiskupa salzburskiego, króla czeskiego Przemysła Ottokara I i księcia krakowskiego Bolesława Wstydliwego. Bartłomiej Stein (1476-1453), słynny śląski dziejopis, napisał w 1512 r., że „Co dzień dwunastu księży śpiewa [w nim] uroczyście o cierpieniach Chrystusa”.