Stołeczny kościół i klasztor Franciszkanek Służebniczek Krzyża od wielu lat jest miejscem modlitw w intencji jedności chrześcijan. W każdy ostatni czwartek miesiąca o godz. 17.30 odprawiana jest tu Msza św. Od lutego 2004 r. zmieniła się nieco forma spotkań modlitewnych.
Obecnie - po Mszy św. - odprawianej w tym samym terminie, odbywać się będzie spotkanie tematyczne. Pierwsze z nich dotyczyło ekumenicznego przesłania gnieźnieńskiego kongresu „Europa ducha”. W ostatni czwartek marca przewidziane jest spotkanie z ks. Manfredem Deselaers’em z Oświęcimia, a w kwietniu z o. prof. Celestynem Napiórkowskim OFM Conv.
Kościół św. Marcina był 10 stycznia 1962 r. miejscem pierwszego w Polsce nabożeństwa ekumenicznego z udziałem przedstawicieli różnych Kościołów chrześcijańskich. Przy świątyni i klasztorze działa założony przez s. Joannę Lossow Ośrodek Ekumeniczny Sióstr Franciszkanek Służebnic Krzyża im. Jana XXIII „Joannicum”, który dysponuje biblioteką książek i czasopism.