Rozporządzenie Ministerstwa Edukacji Narodowej mówi wyraźnie, że „uczniowie uczęszczający na naukę religii uzyskują trzy kolejne dni zwolnienia z zajęć szkolnych w celu odbycia rekolekcji wielkopostnych, jeżeli religia lub wyznanie, do którego należą, nakłada na swoich członków tego rodzaju obowiązek”. „Przepisy MEN mówią więc o zwolnieniu z zajęć, a nie o ich odwołaniu. Uczniowie są zwolnieni z zajęć w celu odbycia rekolekcji. Brak jakiejkolwiek kontroli udziału w zajęciach może prowadzić niektórych wprost do wagarów. Stwarzanie takich dodatkowych okazji do pseudowyborów samych uczniów jest poważnym niedopatrzeniem organizatorów i kadry nauczycielskiej” - przypomina ks. dr Ryszard Adrjanek, dyrektor Wydziału Katechetycznego Kurii Diecezjalnej w Sosnowcu. „Nauczyciele ponoszą pełną odpowiedzialność za uczniów powierzonych im przez rodziców w przewidzianym okresie godzin dopołudniowych i dlatego muszą orientować się w sytuacji. Podnoszone zaś zastrzeżenia odnośnie do sprawdzania obecności w czasie odbywania rekolekcji i dopatrywania się w tym swoistego przymusu administracyjnego nie jest niczym innym, jak rodzajem mistyfikacji. Podobnie cały system edukacji szkolnej można by traktować w kategoriach przymusu” - dodaje Ksiądz Dyrektor.
Wydział Katechetyczny zaleca, by rekolekcje były organizowane dla uczniów jednej szkoły. Jeśli na terenie parafii znajduje się więcej szkół, każda z nich winna mieć osobno rekolekcje. Rekolekcje szkolne powinien prowadzić zespół osób o różnej profesji, reprezentujących podstawowe instytucje wychowawcze: rodzinę, Kościół i szkołę. W tym sensie rekolekcjonistami mogą stać się rodzice, księża, katecheci, pedagodzy, psychologowie. Najbardziej zaangażowani będą oczywiście duszpasterze, katecheci i nauczyciele. „Im większa będzie liczba rekolekcjonistów kompetentnie wypełniających powierzone im zadania, tym większe prawdopodobieństwo dotarcia do szerszego grona biorących udział w rekolekcjach. Przestaną być wówczas solowym «popisem» jednego rekolekcjonisty, a staną się jakby dziełem rozpisanym na wiele głosów” - radzi ks. Adrjanek.
O terminie rekolekcji dyrektor szkoły powinien być powiadomiony co najmniej miesiąc wcześniej. W tym celu ksiądz proboszcz lub jego zastępca powinien spotkać się z dyrektorami szkół, wychowawcami lub radą pedagogiczną - przedstawić program rekolekcji, podkreślić ich znaczenie i poprosić całe grono pedagogiczne o współpracę. „Należy pamiętać, że nauczyciele, zwłaszcza wychowawcy poszczególnych klas, «z urzędu» zobowiązani są zawsze do obecności wśród swoich wychowanków, ilekroć ci organizowani są pod «szyldem» szkoły i wyprowadzani poza jej teren, np. wyjście na imprezy kulturalne, sportowe, rekreacyjne itd. Przepisy BHP mówią o przynajmniej jednej osobie opiekującej się trzydziestoma uczniami” - przypomina szef Wydziału Katechetycznego.
Na katechezach poprzedzających rekolekcje katecheci powinni wyjaśnić nie tylko ich znaczenie i cel, lecz w miarę możliwości wspólnie rozważyć przebieg rekolekcji, tematykę konferencji, nabożeństwa, śpiewy, sposoby włączenia poszczególnych klas i uczniów. Będzie to sprzyjało wytworzeniu klimatu współodpowiedzialności. Konieczne jest nawiązanie kontaktów z sąsiednimi parafiami i katechetami z innych szkół w celu uzgodnienia pracy i wzajemnej pomocy, szczególnie przy sprawowaniu sakramentu pokuty i pojednania, by uniknąć pośpiechu i długiego oczekiwania penitentów.
I co bardzo istotne, rekolekcje winny być podzielone na dwie części: liturgiczną - obejmującą Mszę św. w kościele oraz odpowiednie nabożeństwa, jak: adoracja Najświętszego Sakramentu, Droga Krzyżowa, różaniec, godzina biblijna, nabożeństwo pokutne i część duszpastersko-wychowawczą, która może odbywać się w salkach katechetycznych przy parafii lub w pomieszczeniach szkolnych. Należy poszukiwać takich form rekolekcji szkolnych, które wyzwolą aktywność i zainteresowanie uczestników. Mogą to być bardzo różne formy: konferencje, zajęcia z pedagogiem szkolnym, z pracownikami duszpasterstwa rodzin, spotkania z interesującymi osobami itp. Dopuszczalne są również inscenizacje, konkursy wiedzy religijnej, plastyczne, recytatorskie.