Starsi mieszkańcy Przemyśla do dziś pamiętają przygnębiający czwartek 28 września 1939 r., dzień wejścia wojsk sowieckich do Przemyśla, owacyjnie witanych przez mniejszości narodowe bramami triumfalnymi, transparentami i czerwonymi sztandarami jako "wyzwolicieli z polskiej niewoli". Biada Polakom, którzy pozostali wtedy w domach i nie przywitali czerwonych najeźdźców. To oni w dużej liczbie wnet znaleźli się na listach osób przeznaczonych do wywózki na Sybir, skąd tylko niewielu powróciło po latach gehenny... Bp Wojciech Tomaka, naoczny świadek tych bolesnych dla Polaków wydarzeń, tak pisał w prowadzonej przez siebie Kronice: "Dziś 28 września (1939 r.) po południu weszły do Przemyśla od strony Lwowa wojska sowieckie i zajęły część miasta z tej strony (południowej) Sanu. Ludność polska została w domach - natomiast Żydzi wyszli tłumnie na ich przywitanie - znalazły się zaraz czerwone sztandary i czerwone gwiazdy. Żydówki młode podawały żołnierzom kwiaty itp. Młodzi Żydzi od razu zaczęli od współpracy, najpierw jako przewodnicy do konfiskowania różnych rzeczy, nie tylko w instytucjach różnych, lecz i po domach prywatnych. - Mnie zabrano radio. Z Kurii Biskupiej i Biura Akcji Katolickiej wszystkie maszyny do pisania. Z Biura Zarządu Dóbr Biskupstwa zabrali bolszewicy przy pomocy Żydów pieniądze i wiele akt zniszczyli. Wielkiemu zniszczeniu uległa biblioteka Seminarium Duchownego i Kapituły. Wiele cennych dzieł spalono w piecach jako opał".

Okupacja brutalnie dotknęła ludność polską. Poddano ją rabunkowej gospodarce i krwawym represjom. Okupant niemiecki wywiózł z terenu diecezji kilkanaście tysięcy młodych osób na roboty przymusowe do Rzeszy. Natomiast Sowieci aresztowali i wywieźli przeważnie na Sybir i do Kazachstanu kilkadziesiąt tysięcy osób narodowości polskiej ze wschodnich rejonów diecezji. Większość z nich znalazła tam śmierć z głodu, zimna i chorób. Kilkanaście tysięcy osób z terenu całej diecezji poniosło śmierć w wyniku działań wojennych, w obozach koncentracyjnych, a także na skutek mordów dokonywanych przez nacjonalistów ukraińskich.

W okresie wojny na naszych ziemiach miały miejsce wielkie przemieszczenia ludności. Już w pierwszych latach wojny na terenie diecezji przemyskiej znalazło się co najmniej 37 tysięcy uchodźców z Poznańskiego, Śląska, wysiedlonych brutalnie przez Niemców z ich domostw. Do nich dołączyli wkrótce wysiedleni przez Niemców z Zamojszczyzny i Warszawy. Natomiast od roku 1942 przybyło sukcesywnie na teren diecezji przemyskiej (do miejscowości na zachód od rzeki San) około 140 tys. uchodźców z Kresów Wschodnich (w tym kilkudziesięciu księży), chroniących się tu przed bestialskimi mordami UPA.

W czasie wojny działalność duszpasterska poddana została przez obu okupantów drastycznym ograniczeniom. Zostały zniesione niektóre święta, zakazane pieśni i modły budzące ducha patriotycznego. Miały miejsce przypadki czasowego zamykania kościołów. Pod okupacją sowiecką nałożono na parafie katolickie drakońskie podatki. W tym okresie również duchowieństwo rzymskokatolickie złożyło wielką daninę cierpienia i krwi. W czasie wojny zginęło, bądź zostało zamordowanych 35 księży (14 w obozach koncentracyjnych - w tym kilku za ratowanie Żydów, 4 z rąk UPA). Czasowo aresztowano ponad 90 księży, kilkunastu ukrywało się przed aresztowaniem, kilkudziesięciu znalazło się poza granicami kraju. Liczni księża, poza normalną pracą duszpasterską, włączyli się w pracę konspiracyjną, tajne nauczanie itp.

Diecezja przemyska poniosła w latach wojny także dotkliwe straty materialne. W trakcie działań wojennych zniszczonych zostało w diecezji 13 kościołów, kilkanaście doznało uszkodzeń. W latach 1941-43 Niemcy skonfiskowali kilkaset dzwonów kościelnych. Natomiast w latach 1939-41 Sowieci zniszczyli cenne księgozbiory biblioteki Seminarium Duchownego i Kapituły Przemyskiej, ponadto zrabowali i wywieźli dużą część zbiorów Archiwum Diecezjalnego (przepadły wówczas np. najstarsze akta metrykalne z całej diecezji).

W tych tragicznych dla Polski i Polaków latach II wojny światowej rozegrał się ostatni bolesny dramat katedry przemyskiej. 22 czerwca 1941 r. w niedzielę, Niemcy wczesnym rankiem uderzyli na swojego dotychczasowego sojusznika - Związek Sowiecki. Jednym z epizodów tej wojny były kilkudniowe walki o Przemyśl. W ich trakcie, 25 czerwca 1941 r., ostrzelana została przez niemiecką artylerię katedra przemyska. Jeden z pocisków zapalających trafił w sygnaturkę i w krótkim czasie spowodował pożar całego dachu. Jakikolwiek ratunek podczas ostrzału artyleryjskiego nie był możliwy. W przywoływanej już Kronice bp. Wojciecha Tomaki czytamy lakoniczny zapis dotyczący tych wydarzeń: "25 czerwca 1941 r. Godzina 14.00 - pocisk zapalający ( wystrzelony przez wojska niemieckie) trafia w sygnaturkę, (powodując) pożar dachu katedry. Do wieczora dach spłonął. Ratujemy co można z wnętrza. Sołdaty (żołnierze sowieccy) nie pozwalają brać wody ze studni pałacowej". I dalej: "Noc z 25 na 26 czerwca okropna. Siedzieliśmy w piwnicy. Kanonada do 2.00 w nocy. 26 czerwca rano płoną zabudowania Sióstr Benedyktynek (w Przemyślu na Zasaniu). Sowieci wypędzają ludzi ze schronów i każą iść w stronę Pikulic. 27 czerwca. Do 9.00 rano okropna strzelanina z armat. Od 9.00 zupełna cisza. W mieście żadnego żołnierza sowieckiego, żadnej władzy... Dopiero wieczorem zjawiają się Niemcy... 28 czerwca. Noc spokojna. Po południu przygotowujemy kościół Serca Jezusowego na parafialny. Opuszczamy katedrę... 29 czerwca (niedziela). Wszystkie nabożeństwa w kościele Serca Jezusowego. Przychodzi dużo ludzi".

Pożar wzniecony przez Niemców zniszczył całkowicie dach katedry i poważnie osłabił murowane stropy. Na szczęście ogień nie przedostał się do wnętrza. Od wysokiej temperatury i odłamków pocisków zniszczone zostały także piękne witraże Matejkowskie gotyckiego prezbiterium. Szkody wyrządzone wówczas okazały się o wiele bardziej bolesne, bowiem w pożarze dachu katedry spłonęły ocalałe jeszcze z kataklizmów dziejowych bezcenne historyczne naczynia i szaty liturgiczne, ukryte tam na początku wojny, w obawie przed rabunkiem ze strony Sowietów.

Po pożarze katedry nabożeństwa parafialne zostały przeniesione do kościoła filialnego pw. Najświętszego Serca Pana Jezusa (od roku 1991 katedra greckokatolicka). Biskup sufragan Wojciech Tomaka zaraz po przejściu frontu podjął starania o zabezpieczenie katedry przed dalszym niszczeniem. Zachodziło bowiem realne niebezpieczeństwo, że padające wówczas intensywne deszcze mogą doprowadzić do zawalenia się osłabionego przez ogień stropu katedry. Biskup bez zwłoki zlecił sporządzenie planów odbudowy dachu katedry inż. Dąbrowskiemu z Przemyśla, natomiast prace blacharskie p. Bujakowi. Ogromnym problemem było zdobycie drzewa na konstrukcje dachowe. Niemcy nie pozwalali na ścinkę drzewa na ten cel w lesie w Krasiczynie, należącym do przemyskiego Seminarium Duchownego.

W cytowanej już Kronice bp Wojciech Tomaka tak opisuje przebieg starań i podejmowane kolejno prace: "18 lipca 1941 r. Napisałem do niemieckiego Ortskomando prośbę o sprzedaż drzewa i desek na dach katedry. 19 lipca. Otrzymaliśmy odpowiedź odmowną. Zaznaczono, że najpierw muszą się odbudowywać domy mieszkalne. Inżynier p. Jaworski, Polak zatrudniony w Ortskomando, poradził mi wnieść drugie podanie z załącznikiem na jego ręce, on to przedstawi Komendantowi (Niemcowi) . Pytam się, jaki ma być załącznik. Odpowiada: a) flaszka dobrej wódki, b) kilka flaszek wina starszego, c) ładna szynka. Zrobiliśmy to - i przyszła na piśmie pozytywna odpowiedź na drzewo i deski z tym, że mamy także odremontować 6 domów, które nam wskażą. Po bolszewikach został wielki skład drzewa i desek - więc stamtąd będzie przydział. Uradziliśmy z księżmi, że trzeba przyjąć z tymi warunkami a czas pokaże co się da zrobić. Rozesłaliśmy zaraz na rowerach księży po okolicznych wsiach za furmankami. Tego dnia wyjechało około 30 furmanek... 24 lipca. Po południu wojsko (niemieckie) zabroniło wywozu drzewa z lasu (seminaryjnego z Krasiczyna). 29 lipca. Furmanki zwożą deski i drzewo (ze składu). Obiad dla furmanów i papierosy. Prosiłem ks. biskupa (ordynariusza Franciszka Bardę) o zbiórkę pieniędzy na dach po tamtej stronie Sanu (zachodniej). 31 lipca. Całą noc i następny dzień leje. W katedrze woda płynie po ścianach. 1 sierpnia. Starania o blachę. Cieśle pracują... 20 sierpnia. 20 furmanek z Mościsk pojechało do lasu po drzewo na katedrę... 6 września. Chleba nie ma od 2 tygodni. Na dachu katedry zwodzą wielki krzyż... 15 września. Blacharze robią i zakładają rynny... 26 września. Kończy się nakrywanie blachą nawy głównej - nad prezbiterium jeszcze odkryte... 9 października. Kończy się pobijać blachą dach nad prezbiterium".

Prace przy pokrywaniu katedry dachem zakończyły się późną jesienią 1941 r. Dalsze specjalistyczne prace odłożono do zakończenia wojny. Jak pokazała przyszłość trwać miały one przez kilka dziesięcioleci - praktycznie do obecnych czasów. Prace te pochłonęły ogromne koszty, które pokryli niemal w całości katolicy z całej diecezji przemyskiej. Jeszcze w czasie trwania wojny przystąpiono do odbudowy witraży, zniszczonych w pożarze. Ich zaprojektowanie władze diecezjalne zleciły światowej sławy malarzom witrażystom z Krakowa: prof. Józefowi Mehofferowi i Tadeuszowi Wojciechowskiemu. Same witraże wykonane zostały już po wojnie w krakowskim warsztacie Adama Żeleńskiego.

W latach 1967-73 podjęto dalsze niezbędne prace restauracyjne w katedrze. Prowadzili je konserwatorzy z

Krakowa pod kierunkiem prof. Władysława Zalewskiego z ASP. Wzmocniono wówczas osłabione pożarem w 1941 r. sklepienie prezbiterium oraz odsłonięto i odnowiono renesansową jego polichromię z połowy XVI w. Ponadto zakonserwowano malowidła wykonane na początku XX stulecia przez Tadeusza Popiela.

W roku 1996 podjęty został ostatni w minionym stuleciu remont katedry, w trakcie którego oczyszczono i zabezpieczono zewnętrzne i wewnętrzne jej mury, przeprowadzono konserwację wyposażenia wnętrza: ołtarzy, ambony, konfesjonałów, stalli, ławek itp. Dokonano również wymiany zniszczonej posadzki marmurowej na granitową i zaprowadzono nowoczesne ogrzewanie ekologiczne. Godnym uwieńczeniem tego dzieła było wykonanie w ubiegłym roku monumentalnych drzwi brązowych, zaprojektowanych przez artystę rzeźbiarza z Rzeszowa Zofię Mitał. Stanowią one piękny dar - wotum - kapłanów archidiecezji przemyskiej na Wielki Jubileusz 2000 Odkupienia.

Nasza katedra przemyska, odradzająca się wielokrotnie w ciągu wieków z popiołów jak mitologiczny ptak Feniks, troskliwie odnowiona w ostatnich kilkudziesięciu latach, znowu zachwyca nawiedzających jej progi swym majestatycznym urzekającym pięknem i harmonią. Do niej również dzisiaj, jak za dawnych lat, przybywają chętnie wierni, by oddawać cześć Bogu, by tu się modlić przed cudowną figurą Matki Bożej Jackowej i relikwiach bł. bp. Józefa Sebastiana Pelczara. I tak będzie zapewne jeszcze przez wiele stuleci. Przybywając tu, nie zapominajmy jednak o przeszłości, o tym, co było, by bogatsi o doświadczenia minionych pokoleń Polaków lepiej i mądrzej budować przyszłość.