Zdaniem tygodnika katolickiego „Katorikku Shimbun” dzieło to jest obecnie odbierane zupełnie inaczej niż 50 lat temu. „Gdy w 1966 książka ta się ukazała, spotkała ją ostra krytyka ze strony części japońskich biskupów i teologów, którzy – nie rozumiejąc intencji autora – próbowali przedstawić ja jako nową «księgę zakazaną» [nawiązanie do dawnego Indeksu Ksiąg Zakazanych, który zresztą właśnie wtedy tracił swoje znaczenie dyscyplinarno-karne]. (…) Chodzi tu nie o pytanie: czy porzucanie wiary jest czymś dobrym czy złym, ale o zupełnie inne zagadnienie: czym jest milczenie Boga? Dlaczego istnieje cierpienie ludzi z marginesu społecznego (w którym automatycznie znaleźli się prześladowani chrześcijanie)? Jak dalece można uznać ludzkie cierpienie za «grzech»? Oto pytania, stawiane obecnie przez film” – napisano w tygodniku. Inną jeszcze sprawą jest wyznawanie wiary w kontekście zderzenia dwóch odmiennych kultur, co także inspirowało autora „Milczenia”.

Wiara została tu ukazana w sposób głębszy, bardziej egzystencjalny, jako „proces”, w którym odkrywa sie ukrzyżowanego Chrystusa i świadczy się o Nim w obliczu różnych trudności. Taką była dla wielu w XVII w. sytuacja „wielkiego trzęsienia” duchowego („Katorikku Shimbun” odnosi ten symbol do zaniku wszystkich instytucji kościelnych w czasie strasznych prześladowań). Na pewno nie jest ona „czymś do zasuszenia w pudełku i pokazywania od czasu do czasu”. W tym kontekście przejmująca jest zwłaszcza ostatnia scena filmu, w której główny bohater o. Sebastiao Rodrigues zostaje pochowany na sposób buddyjski, ale trzymając w zaciśniętej dłoni mały krzyż – symbol swojej głębokiej wiary.

Katolicy japońscy, którzy licznie oglądają film Scorsese’a, zwracają uwagę właśnie na tę głęboką symbolikę misjonarskiego krzyża. Krytykują przy tym bestialskie metody, za pomocą których ówczesne władze zmuszały chrześcijan do zaparcia się wiary, a które reżyser ukazuje bardzo realistycznie. Z reakcjami tego rodzaju można było się zetknąć np. w czasie zajęć z historii Kościoła, które w tokijskim Centrum „Nikola Bare” prowadzi polski dominikanin o. Paweł Janociński.

Sam Scorsese podczas prezentacji swego dzieła w Tokio 26 października 2016 mówił m.in. o swoich zawiłych drogach wiary, gdy m.in rozważał możliwość zostania księdzem katolickim. Może także z tego powodu chciał on dedykować swój film „chrześcijanom w Japonii w czasach, gdy byli prześladowani za wiarę i ich pasterzom”.