W związku z kontrowersyjną, według niektórych historyków i organizacji żydowskich, postawą Piusa XII wobec Holokaustu, od dawna domagają się oni ujawnienia akt z jego pontyfikatu. Początkowo Watykan zapowiedział, że zostaną one odtajnione w 2015 roku, potem jednak poinformował, że nastąpi to w późniejszym terminie. Franciszek kilkakrotnie wyrażał gotowość udostępnienia akt dla celów badawczych, gdy tylko zakończy się ich katalogowanie. Prace nad tym rozpoczęły się za pontyfikatu Benedykta XVI.

Podając rok 2015 nie zdawano sobie sprawy z tego, jak wiele archiwów watykańskich należy przejrzeć – oświadczył bp Pagano. Jego zdaniem obecnie w prace nad skatalogowaniem dokumentów dotyczących Piusa XII zaangażowanych jest kilkunastu spośród ogółem 50-60 pracowników Tajnego Archiwum. Podkreślił, że nie można jednak włączyć do tego wszystkich.

Biskup-prefekt nie zgodził się z zarzutami niemieckiego historyka Kościoła Huberta Wolfa, jakoby przepisy dotyczące Archiwów Watykańskich były zbyt restrykcyjne. Zwrócił uwagę, że Watykan jak każde państwo ma prawo nieudostępniania publicznie delikatnych dokumentów dotyczących osób i określonych procesów.

W wydanej niedawno książce „Konklawe” Wolf skrytykował fakt, że ustawa, która weszła w życie w 2005 roku, na krótko przed śmiercią Jana Pawła II, nie zezwala na wgląd w akta dotyczące wyboru papieża i mianowania biskupów.

W rozmowie z dziennikarzami niemieckimi bp Pagano wskazał, że już przed 2005 rokiem naukowcy mieli wgląd w akta dotyczące wyboru papieża, ale tylko do konklawe z 1922 roku. Przepisy z 2005 miały na celu uniemożliwienie wykorzystywania w publicznych dyskusjach szczegółów dotyczących wyboru papieża – tłumaczył włoski biskup. Wyjaśnił też, że gdy chodzi o dokumenty nt. nominacji biskupów, przepis ma na celu ochronę sfery prywatnej każdego z trzech zaproponowanych kandydatów.

Paweł VI już w 1964 powołał komisję historyków dla zbadania pontyfikatu Piusa XII. Materiały archiwalne mieli przejrzeć jezuici z czterech krajów, pracujący na Papieskim Uniwersytecie Gregoriańskim pod kierownictwem o. Pierre Bleta SI. Po zakończeniu swych prac komisja wydała czterotomowe opracowanie zatytułowane „Actes et documents du Saint-Siège relatifs à la Seconde Guerre mondiale” (Akta i dokumenty Stolicy Świętej odnoszące się do drugiej wojny światowej), co jednak nie zadowoliło krytyków. Zarzucają oni Piusowi XII, że milczał w obliczu prześladowań ludności żydowskiej przez hitlerowców. Tymczasem według obrońców papieża uratował on wielu Żydów i wcale nie milczał.

Według obserwatorów ewentualna beatyfikacja Piusa XII jest ściśle związana z ujawnieniem jego akt. Uważają oni, że Watykan posunie naprzód proces beatyfikacyjny dopiero po udostępnieniu akt, chcąc w ten sposób uniknąć zarzutu, że ukrywa obciążające materiały.

W grudniu 2009 roku Watykan uznał „heroiczność cnót” Piusa XII, co stanowi ważny krok na drodze do beatyfikacji. Od tamtego czasu nic jednak nie słychać o postępach na drodze do tego celu.