Minęło zaledwie kilka dni od uroczystości ku czci Matki Bożej Częstochowskiej, a kard. Stefan Wyszyński znowu zawitał do Częstochowy. 31 sierpnia 1964 r. rozpoczęły się doroczne rekolekcje biskupów, które prowadził bp Kazimierz Kowalski z Pelplina. Zaraz po nich, 3 września odbyło się posiedzenie Rady Głównej Episkopatu Polski, a następnego dnia 83. Konferencja Plenarna.

Podczas obrad Rady omawiano problemy soborowe i skład delegacji polskich biskupów na trzecią sesję Soboru zwołaną do Rzymu na jesień. Podobnie jak poprzednio uznano, że w diecezji powinien zostać jeden biskup. Wydawało się, iż tym razem nie powinno być kłopotów z otrzymaniem przez biskupów paszportów. Potrzebna była jedynie interwencja w sprawie paszportu dla abp. Bolesława Kominka. Podjął się tego sam Ksiądz Prymas, który wystosował list do premiera. Członkowie Rady przygotowali list do wiernych o katechizacji. Abp Karol Wojtyła i bp Bronisław Dąbrowski mieli przygotować odpowiedź dla PAX na List otwarty.

Najważniejszym punktem obrad Konferencji Episkopatu Polski było przygotowanie memoriału do papieża Pawła VI. W dokumencie tym polscy biskupi zwrócili się do Ojca Świętego z formalnym wnioskiem, by podczas Soboru ogłosił Maryję Matką Kościoła. Ponadto biskupi wystosowali do wiernych 2 listy pasterskie: O zwycięstwo nad sobą na rzecz Soboru i O nauczaniu religii. W pierwszym z nich zachęcali wiernych do pracy nad wykorzenieniem wad narodowych przez zwycięstwo nad nimi w sobie. W drugim przedstawili polskim katolikom fakty świadczące o prześladowaniu nauczania religii.

Prosto z Jasnej Góry Prymas Tysiąclecia udał się do Krakowa na kościelne obchody 600-lecia Uniwersytetu Jagiellońskiego. Najpierw w katedrze wawelskiej brał udział w sesji naukowej, a potem w kościele akademickim pw. św. Anny we Mszy św., podczas której wygłosił dłuższe kazanie o zasługach tej uczelni dla polskiej duchowości i nauki.

Następne dni poświęcił przede wszystkim pracom kurialnym i duszpasterskim w podległych mu diecezjach. W czasie spotkań z księżmi dziekanami przedstawił ogólnopolski program soborowy: "Zwyciężam siebie - za zwycięstwo Kościoła". W pierwszym jego etapie, w dniach od 14 września do 11 października, na Jasną Górę miały przybywać pielgrzymki pokutne ze wszystkich diecezji polskich. Pątnicy modlili się w intencji zwycięstwa nad samym sobą. Każda z pielgrzymek jako wotum składała ozdobny krzyż. Natomiast w drugiej części, która trwała od 12 października do 8 grudnia, dnia zakończenia trzeciej sesji Soboru Watykańskiego II, do narodowego Sanktuarium przybywały pielgrzymki z wszystkich polskich parafii. Ich uczestnicy u stóp Czarnej Madonny modlili się w intencji odnowy Kościoła na całym świecie. Jako wyraz swojej łączności z Soborem składali w darze różańce. Po powrocie w swoich parafiach urządzali Soborowy Dzień Modlitw.

Wyrazem łączności z ojcami soborowymi było przekazanie wszystkim biskupom zgromadzonym na trzeciej sesji różańców przygotowanych przez Jasną Górę.

Prymas Polski uważał, że akcja ta była niezwykle istotnym wsparciem obradujących na Soborze biskupów, a jednocześnie w znaczący sposób przyczyniała się do religijnej przemiany narodu polskiego.