Już w sierpniu 1944 r., kiedy to książę metropolita Adam Stefan Sapieha, w trosce o bezpieczeństwo kleryków, przeniósł seminarium archidiecezjalne do pałacu biskupiego przedstawił im młodego, niespełna trzydziestoletniego ks. Stanisława jako ich ojca duchownego. Wśród kleryków był wówczas 24-letni Karol Wojtyła, który do końca życia darzył poznanego wówczas księdza szczególną miłością jako swego wychowawcę. Funkcję tę ks. Smoleński pełnił przez prawie 20 lat, bo do 1961 r., czyli w czasach największego prześladowania Kościoła przez reżim komunistyczny. Formował duchowość krakowskich kapłanów, równocześnie wykładał teologię moralną i teologię życia wewnętrznego na Wydziale Teologicznym UJ, a po jego usunięciu z Uniwersytetu, na Papieskim Wydziale Teologicznym aż do 1970 roku, kiedy to z nominacji Pawła VI przyjął sakrę biskupią z rąk kard. Karola Wojtyły w wawelskiej katedrze. Wielu kapłanów wyświęconych w latach 40-tych i 50-tych wspomina go jako wychowawcę niezwykle ciepłego, wyrozumiałego, serdecznego, ale zarazem wymagającego.

W latach 1972-1979 w czasie trwania Synodu Archidiecezji Krakowskiej zwołanego przez kard. Wojtyłę biskup Smoleński był przewodniczącym jego Komisji Głównej. Był również członkiem trzech komisji Episkopatu: do spraw duszpasterstwa rodzin, duchowieństwa i powołań duchownych. Oprócz zadań związanych z urzędem biskupim angażował się w duszpasterstwo formacyjne. Wygłosił ogromną ilość rekolekcji, konferencji, homilii, prowadził dni skupienia dla różnych zgromadzeń zakonnych i instytutów świeckich. Jego szczególnym „hobby” było gromadzenie materiałów o ludziach, których uważał za kandydatów na ołtarze. Dyskretnie, ale stanowczo wpływał na przyspieszenie prac nad procesami beatyfikacyjnymi i kanonizacyjnymi, mobilizując osoby w nie zaangażowane do intensyfikowania działań, a szczególnie do gorącej, ufnej modlitwy. Był człowiekiem niezwykle głębokiej wiary, dobroci i zawierzenia Panu Jezusowi, zawsze z serdecznym uśmiechem na twarzy przy spotkaniach z ludźmi.

Dziesiąta rocznica śmierci Hierarchy przeszła prawie niezauważona w roku ogólnoświatowych Dni Młodzieży, choć w kościele św. Piotra i Pawła, gdzie spoczywa, odprawiona została doroczna Msza św. w jego intencji. Również i w tym roku we wtorek 8. sierpnia zostanie tam odprawiona Msza św. o godz. 18-tej. Zachęcam wszystkich, którym droga jest pamięć Biskupa, do wspólnej modlitwy przy jego grobie, tym bardziej, że wyłożona tam księga świadczy o wielu prośbach zanoszonych przez wiernych za jego wstawiennictwem.