Urodził się 30 września 1937 r. w Mirowicach koło Bydgoszczy. W 1954 r. wstąpił do Towarzystwa Jezusowego, nowicjat odbył w Kaliszu, uzupełniające studia w Poznaniu, następnie studiował na Uniwersytecie w Krakowie (filozofia) i w Warszawie (teologia). Święcenia kapłańskie przyjął w 1964 r. w Kaliszu, po czym powrócił do Poznania na studia historii. W 1970 r. wyjechał do Włoch, gdzie miał kontynuować studia z historii Kościoła na Papieskim Uniwersytecie Gregoriańskim w Rzymie. Po śmierci o. Eugeniusz Reczka SJ objął w maju 1971 r. kierownictwo Papieskiego Instytutu Studiów Kościelnych w Rzymie, w którym gromadzone są i opracowywane w formie kartotek materiały archiwalne dotyczące Polski i regionów będących pod wpływem polskiej kultury. Materiały te, głównie w formie mikrofilmów, były udostępniane naukowcom w Rzymie i w punkie konsultacyjnym w Warszawie, który udało mu się otworzyć, pomimo problemów z ówczesnymi władzami PRL.

Następny etap pracy o. Fokcińskiego rozpoczął się w 1991 r., kiedy to został mianowany konsultorem, a rok później relatorem Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych. Pracował w tej ważnej dykasterii watykańskiej prawie 20 lat prowadząc ponad 100 procesów beatyfikacyjnych, w tym procesy beatyfikacyjne dotyczące Polaków - ks. Jerzego Popiełuszki, ks. Franciszka Blachnickiego, ks. Władysława Bukowińskiego.

Jest członkiem Stałej Konferencji Muzeów, Bibliotek i Archiwów Polskich na Zachodzie, Polskiego Towarzystwa Naukowego na Obczyźnie, Związku Włosko-Polskiego (Associazione Italo-Polacca), oraz międzynarodowych stowarzyszeń: Associazione Archivistica Ecclesiastica i Commissione Internazionale per la Bibilografia dell'Archivio Vaticano,.

Został odznaczony medalem honorowym Polonia Semper Fidelis, Krzyżem Pro Ecclesia et Pontifice oraz Krzyżami Oficerskim i Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski za zasługi w upowszechnianiu wiedzy o historii Kościoła w Polsce, za popularyzowanie polskiej kultury oraz za działalność na rzecz społeczności polskiej we Włoszech.

Otrzymał tytuł honoris causa Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II w Krakowie (11 czerwca 2013 r.).

Z okazji 80-tych urodzin o. Hieronima Fokcińskiego w sobotnie popołudnie, 30 września w kościele polskim św. Stanisława w Rzymie odprawiona została Msza św., której przewodniczył papieski jałmużnik, abp. Konrad Krajewski a koncelebrowało kilkunastu kapłanów w tym sam Solenizant i rektor kościoła, ks. prał. Paweł Ptasznik. W Mszy św. uczestniczył ambasador Polski przy Stolicy Apostolskiej, pan Janusz Kotański z małżonką, dawny ambasador, pan Piotr Nowina-Konopka z małżonką, polscy kapłani i siostry zakonne pracujące w Rzymie oraz Polacy mieszkający we Włoszech.

Po Eucharystii o. Fokciński podejmował gości w sąsiadującej z kościołem Sali Jana Pawła II. W imieniu zebranych życzenia złożył Solenizantowi Ambasador Kotański. Na zakończenie kolacji podano urodzinowy tort z ośmioma świeczkami.

Ad multos annos, ojcze Hieronimie!