Utworzona została 25 marca 1992 r. na mocy bulli Jana Pawła II, Totus Tuus Poloniae populus, w której Ojciec Święty zreorganizował diecezje i prowincje kościelne w Polsce. Powstała głównie z części bardzo rozległej wówczas archidiecezji warszawskiej, która położona była na wschód od Wisły. Do nowej diecezji dołączono również jedną parafię z diecezji płockiej - Rybienko Leśne oraz miejscowości: Arciechów, Kania Polska, Myszyniec, Popielarze i Zegrze Południowe. Diecezja obejmuje teren ok. 3300 km2. W jej skład wchodzą dzielnice prawobrzeżnej Warszawy oraz część Mazowsza w rozwidleniu Wisły, Bugu i Liwca, ograniczona na północy Nowym Dworem Mazowieckim, na wschodzie Jadowem i Kałuszynem, a od południa Karczewem i Latowiczem. Teren diecezji zamieszkuje ok. 1,1 mln ludzi.
W diecezji warszawsko-praskiej działają obecnie 162 parafie i 6 ośrodków duszpasterskich. 47 parafii znajduje się w stolicy. 115 parafii oraz wspomniane ośrodki duszpasterskie funkcjonują poza Warszawą. Zorganizowane są one w 20 dekanatach. (Dwanaście lat wcześniej, w chwili powstania diecezji, było 126 parafii i ośrodków duszpasterskich w 14 dekanatach. Od tego czasu utworzone zostały dekanaty: Mińsk Mazowiecki - św. Antoni, Tarchomin, Otwock-Kresy, Sulejówek, Tłuszcz i Zielonka).
Posługę duszpasterską pełni 459 księży diecezjalnych i ok. 30 zakonnych. Natomiast ok. 100 zakonników przebywa na terenie diecezji, ale nie pełni w niej funkcji duszpasterskich, mając np. tu swoje domy generalne, wydawnictwa czy pracując naukowo. Okazale prezentują się zakony żeńskie. Modli się i pracuje w nich ok. 1050 sióstr zakonnych. Istnieją dwa zgromadzenia na prawie diecezjalnym - Dominikanki Misjonarki Jezusa i Maryi z Zielonki oraz Instytut Terezjański w Świdrze.
W istniejących na terenie diecezji 607 placówkach oświatowych, przedszkolach, szkołach wszystkich typów, katechizuje 238 księży diecezjalnych, 35 zakonnych, 151 sióstr i 491 świeckich. Katechizacją objętych jest 95% dzieci i młodzieży.
W diecezji buduje się aktualnie około 30 kościołów. Każda parafia wznosząca dom Boży jest wspierana przez najbliższe parafie w diecezji.
Kościołem katedralnym diecezji warszawsko-praskiej jest świątynia św. Floriana na Pradze, wyniesiona w 1997 r. do godności bazyliki mniejszej. W jej pobliżu przy ul. Floriańskiej znajduje się budynek Kurii Biskupiej.
Do kapłaństwa przygotowuje się 91 alumnów. Formację zdobywają w Wyższym Seminarium Duchownym Diecezji Warszawsko-Praskiej pw. Matki Bożej Zwycięskiej w Tarchominie. W 2001 r. pierwsi diakoni, absolwenci Seminarium otrzymali święcenia kapłańskie. Zespół wykładowców Seminarium składa się z 37 osób, w tym 34 księży i 3 świeckich. Od 26 lutego 2000 r. decyzją Kongregacji ds. Wychowania Katolickiego, Seminarium jest afiliowane do Papieskiego Wydziału Teologicznego w Warszawie. Istnieje Towarzystwo Przyjaciół Wyższego Seminarium Duchownego Diecezji Warszawsko-Praskiej które działa przy 14 parafiach.
Pod patronatem św. Brata Alberta na terenie diecezji prężnie działa Caritas. Od początku myślą przewodnią ludzi w niej posługujących są słowa: „Res sacra miser” - człowiek biedny jest sprawą świętą. Corocznie kilka tysięcy dzieci z najuboższych rodzin może dzięki niej wyjechać na kolonie letnie. Caritas prowadzi m.in. jadłodajnię, noclegownię, świetlice socjoterapeutyczne, dom samotnej matki, dom dziennego pobytu, warsztaty terapii zajęciowej, stacje opieki Caritas, Niepubliczny Zakład Opieki Zdrowotnej, Centrum Pielęgniarstwa Środowiskowo-Rodzinnego, Hospicjum Domowe, Centrum Interwencji Kryzysowej, Dom Otwartych Serc, Praskie Centrum Rehabilitacji, Edukacjii Wsparcia oraz ośrodek dla dziewcząt z upośledzeniem umysłowym.
Od 1994 r. na terenie diecezji działa w Warszawie przy ul. Grochowskiej 194/196 Katolicki Ośrodek Adopcyjno-Opiekuńczy pw. Świętych Archaniołów Michała, Gabriela i Rafała. Jego celem jest zapobieganie sieroctwu społecznemu przez stworzenie każdemu dziecku możliwości rozwoju w najbardziej korzystnym środowisku rodzinnym: naturalnym - przez pomoc rodzinie biologicznej lub zastępczym - przez przygotowanie rodziny zastępczej. Od początku istnienia Ośrodka, do sierpnia 2004 r. 587 rodzin zaadoptowało bądź przyjęło do rodziny zastępczej w Polsce 613 dzieci. Od kiedy w grudniu 1998 r. Ośrodek otrzymał licencję na prowadzenie adopcji zagranicznych, dalszych 321 rodzin zaadoptowało 493 dzieci.
Najważniejszym wydarzeniem w dziejach diecezji była wizyta Ojca Świętego 13 czerwca 1999 r. Papież odwiedził w Radzyminie cmentarz żołnierzy polskich poległych w Bitwie Warszawskiej oraz przewodniczył Liturgii Słowa przed katedrą św. Floriana. Zaapelował wtedy o świętowanie niedzieli i wspólne uczestnictwo w Eucharystii rodziców razem z dziećmi. Zobowiązał Kościół warszawsko-praski do podtrzymywania pamięci o Cudzie nad Wisłą i pozostawił w darze złoty kielich.
Diecezja warszawsko-praska ma już kilka sanktuariów maryjnych. Na prawie diecezjalnym odbyły się koronacje obrazów Matki Bożej w Mińsku Mazowieckim, Otwocku, Sulejówku i na warszawskim Targówku. Wkrótce, 17 października br. odbędzie się koronacja obrazu Matki Bożej Zwycięskiej w konkatedrze na Kamionku. Ośrodkami kultu maryjnego są także inne kościoły: sanktuaria w Loretto i Świdrze, kościół Matki Bożej Loretańskiej na Pradze, Narodzenia Pańskiego na ul. Ostrobramskiej, Matki Bożej z Lourdes przy ul. Wileńskiej, Matki Bożej Zwycięskiej w Rembertowie oraz sanktuarium Matki Bożej Królowej Polskich Męczenników na Grochowie.
Pierwszym ordynariuszem diecezji był w latach 1992-2004 bp Kazimierz Romaniuk, którego rezygnację z zarządzania diecezją - z uwagi na przekroczony wiek - przyjął w sierpniu br. Ojciec Święty.
Biskupem pomocniczym jest od 1992 bp Stanisław Kędziora, wcześniej, od 1987 biskup pomocniczy archidiecezji warszawskiej.