Nie czekając na zatwierdzenie planów, Ksiądz Proboszcz zaczął gromadzić materiały budowlane. Z Rudnik sprowadził 9 wagonów wapna, przewożonego wozami konnymi ze stacji kolejowej w Czerniewicach. Na nowym placu kościelnym (dawnym parku dworskim) znajdowała się sadzawka, którą rozdzielono tamą na dwie części. Jedna część utrzymywała wodę aż do końca budowy, drugą przeznaczono na doły do wapna; przysypane piaskiem, lasowało się przez 8 lat. Od marca 1911 r. przygotowywano kamienie, łupiąc je na tzw. okrąglaki. Była to praca kosztowna, a na wielkie wydatki parafii nie było stać. Dlatego ks. Wrzaliński, wykorzystując doświadczenie nabyte przy budowie kościoła w Brzeźnicy, postanowił nauczyć kamieniarstwa miejscowego kościelnego - Bogumiła Markwanta, który później wykonał kostkę kamienną pod fundament kościoła ( zwłaszcza narożniki).

Najważniejszą sprawą przy budowie kościoła jest przygotowanie odpowiedniej ilości dobrej cegły. Trwałość murów i ich wygląd zależy wszak od gatunku cegły. Ponieważ w pobliżu Mąkoszyna nie było cegielni, a sprowadzanie jej przy małej ilości koni w parafii byłoby kłopotliwe i kosztowne, postanowiono wypalać cegłę na miejscu. Wydzierżawił zatem Ksiądz Proboszcz od jednego z gospodarzy w Sierakowach (odległych 2 km od Mąkoszyna) plac pod cegielnię i sprowadził znakomitego strycharza, Józefa Kuczmańskiego z Kramska. Pod jego nadzorem, przez cztery kolejne jesienie, parafianie kopali glinę. Wybudowano też piec na 15 tys. sztuk cegieł. Wiosną 1914 r. zawarto kontrakt ze strycharzem i rozpoczęto wypalanie cegły. Jako opał służyły torf i drewno. Przez 4 lata wypalono 17 pieców cegły. Te, które zakwalifikowano jako budulec drugiego gatunku, sprzedano, co niemal w całości wystarczyło na opłacenie pracy strycharza. Na budowę kościoła przeznaczono 800 tys. sztuk cegły.

Z wybuchem I wojny światowej prace związane z budową na jakiś czas wstrzymano, jednak wkrótce Ksiądz Proboszcz wznowił działania. Na pierwszym w czasie działań wojennych zebraniu parafialnym znalazło się kilka osób niechętnych, radzących, by wstrzymać się z budową do końca wojny. Były to te same osoby, które i przed wojną mówiły, że czasy są zbyt ciężkie i należy zaniechać budowy kościoła. Im to właśnie ks. Wrzaliński odpowiedział, że: "czasów dobrych nie doczekają, a dla nas są to dobre czasy - te, w których żyjemy". Z pomocą Księdzu Proboszczowi przyszli inni gospodarze, mówiąc: "Dla gospodarza rolnego czasy wojny są bardzo dobre i lepszych czasów się może nie doczeka, bo któż z nas miał tyle grosza, co teraz". W rezultacie większość opowiedziała się za swoim Duszpasterzem i postanowiono - mimo wojny - budować kościół. Do jesieni 1914 r. przygotowano prawie cały materiał budowlany: wapno, kamienie i 300 tys. cegieł. O drewno wystarał się Ksiądz Proboszcz u niemieckich władz okupacyjnych: po korzystnej cenie zakupił 200 drzew sosnowych z pobliskiego lasu orzelskiego. Ścięte zimą, zwieziono je na plac kościelny i latem następnego roku pocięto. Drewna było jednak zbyt mało i następnej zimy ks. Wrzaliński dokupił jeszcze 130 sztuk. Przy obróbce drewna pracowało 7 pił. Belki, kozły i kantówki brano z rdzenia, z boków obrzynano deski "calówki" i "półtorówki", które służyły przeważnie do rusztowań. Wierzchoły i boki, czyli tzw. zrzyny sprzedawano parafianom na ogrodzenia, uzyskując 800 rubli. Na zakup wydano ogółem 1130 rubli, zatem za 330 rubli uzyskano belki, kozły, bale i deski. Nadto Ksiądz Proboszcz zakupił 200 sztuk "sztandarów" do rusztowania, płacąc po 3 marki za sztukę, sprzedane po zakończeniu budowy po 20, a nawet 30 marek, zatem z wielkim zyskiem.

W marcu 1916 r. parafia Mąkoszyn mogła przystąpić do budowy. Nad całością prac czuwał Stanisław Pronaszko z Warszawy. Pod koniec maja 1916 r. położono fundamenty, a pod koniec lipca bp Zdzitowiecki wmurował kamień węgielny i poświęcił fundamenty. Nie tracąc czasu, przystąpiono do stawiania murów. Do jesieni zostały podciągnięte do wysokości naw bocznych. Zimą ks. Wrzaliński zakupiłw firmie "Miłosna" pod Warszawą i sprowadził na plac budowy 42 tys. sztuk dachówki "karpiowej".

W 1917 r. zakończono budowę murów, na zimę przykryto je dachem. W następnym roku kościół został zasklepiony. Trwały prace wykończeniowe na zewnątrz i wewnątrz budowli. Na ołtarzu położona została mensa z białego marmuru, sprowadzona z Warszawy. Wykończono wieżę i sygnaturkę. Kościół został ogrodzony parkanem z cegły, a na frontonie umieszczono figurę Chrystusa, błogosławiącego wchodzącym.

17 listopada 1918 r., delegowany przez biskupa kujawsko-kaliskiego dziekan dekanatu włocławskiego - ks. kan. Feliks Mikulski dokonał poświęcenia kościoła. Tej zimy Liturgię sprawowano już w nowej świątyni. Parafianie postanowili złożyć po 3 marki od każdej morgi posiadanej ziemi, by wyposażyć wnętrze kościoła. Na przełomie 1918 i 1919 r. przerobiono wielki ołtarz ze starego kościoła, zakupiono w Poznaniu stacje drogi krzyżowej, świecznik, lampion przed Sanctissimum, lichtarze do wielkiego ołtarza, krzyże przy kropielnicach, srebrny kielich, dziesięć dużych lichtarzy z brązu, krzyż procesyjny, chorągwie, dywan przed wielki ołtarz i obraz Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny na zasuwę do wielkiego ołtarza.

Ponieważ kościół wybudowany został pod wezwaniem Matki Bożej Częstochowskiej, ks. Wrzaliński zaraz po przybyciu po parafii zamówił obraz Częstochowskiej Maryi, który w 1917 r. namalował jego kolega z seminarium, o. Augustyn Jędrzejczyk OSPPE. Sukienkę do obrazu wykonał rodzony brat o. Augustyna, właściciel zakładu rzeźbiarsko-malarskiego w Częstochowie.

Wejście z kruchty do kościoła odsłania obszerną nawę zakończoną sklepieniem krzyżowym z ostrym żebrowaniem. W górze pod sklepieniami jest sześć dających dużo światła okien, wykonanych w fabryce Skrobeckiego we Włocławku. Do nawy głównej przylegają dwie nawy boczne, każda z trzema oknami elipsowymi. Prezbiterium jest dość obszerne i wysokie; do zakrystii po prawej stronie, a do kaplicy po lewej prowadzą drzwi z pięknymi odrzwiami. W zakrystii i kaplicy ustawiono piece z dużych, białych kafli.

W prezbiterium znajduje się witraż wykonany przez firmę F. Białkowskiego z Warszawy. Przedstawia on Matkę Bożą Częstochowską, niżej św. Jerzego w pancerzu polskiego husarza, przebijającego trzygłowego smoka, symbolizującego zaborców. W tle widać płomienie, ogarniające kościół i wioskę, co przypominać ma czas wojny, w czasie której wznoszono świątynię.

Należy podkreślić, że kościół wzniesiono z dobrowolnych ofiar wiernych, bez przeprowadzania zbiórki w innych parafiach. Spośród ofiarodawców wyróżniała się dziedziczka z Mchówka Janina Zaborowska, która również darowała wyhaftowaną własnoręcznie białą kapę i kupiła trzy ornaty.

Wiosną 1919 r. Ksiądz Proboszcz zaprosił bp. Zdzitowieckiego, by dokonał poświęcenia kościoła. 7 maja 1919 r. Pasterz diecezji przybył do parafii, serdecznie witany przez mieszkańców. Na jego spotkanie wyjechała aż do Kozjat (10 km od Mąkoszyna) konna bandera, złożona z 25 jeźdźców w mundurach ułańskich. Poświęcenie nastąpiło 8 maja, w uroczystość św. Stanisława. Od tego czasu kościół służy kolejnym pokoleniom wiernych. Jak powiedział jego budowniczy, "niech służy długie wieki na cześć Najświętszej Maryi Panny Częstochowskiej, Królowej i Patronki odrodzonej Polski, a na zbawienny użytek wiernego Jej ludu".