Józef (Giuseppe) Puglisi urodził się 15 września 1937 w Brancaccio na przedmieściach Palermo w ubogiej rodzinie rzemieślniczej. W 1953 wstąpił do miejscowego seminarium duchownego, po którego ukończeniu przyjął 2 lipca 1960 święcenia kapłańskie w sanktuarium Matki Bożej Dobrej Rady w swym mieście rodzinnym.

W rok później został mianowany wikariuszem w parafii Najświętszego Zbawiciela w dzielnicy Settecannoli, graniczącej z jego stronami rodzinnymi, a w listopadzie 1964 rozpoczął także posługę w pobliskiej parafii św. Jana od Trędowatych w Romagnolo. Od 1962 był ponadto spowiednikiem sióstr Zgromadzenia Córek św. Makryny, a od 1963 nauczał w różnych kolegiach i instytutach. Wtedy też został kapelanem w sierocińcu im. T. Roosevelta.

Od samego początku swej posługi duszpasterskiej wiele uwagi poświęcał młodym oraz interesował się sprawami społecznymi na peryferiach miasta. Szybko zwrócił uwagę na prace, a następnie nauczanie Soboru Watykańskiego II, którego dokumenty starał się szerzyć i popularyzować wśród swych parafian. Szczególnie pasjonowała go odnowa liturgiczna, a także nauczanie Soboru nt. świeckich, ekumenizmu i Kościołów lokalnych.

W październiku 1970 został proboszczem w Godrano – małej wiosce koło Palermo, naznaczonej, podobnie jak wiele innych miejscowości na tych ziemiach, krwawymi walkami między rodzinami. Pracował tam do 31 lipca 1978 i w tym czasie udało mu się doprowadzić do pojednania ludzi rozdartych wcześniej przez przemoc.

Od października 1980 był wicedelegatem regionalnym archidiecezjalnego Ośrodka Powołań a od 5 lutego 1986 stał na jego czele. Uczniom, studentom i innym młodym, którzy przewijali się przez tę placówkę, poświęcił wiele lat życia, organizując dla nich różne spotkania i szkolenia oraz troszcząc się o ich formację chrześcijańską.

W Palermo i innych miastach wyspy był współtwórcą i animatorem licznych ruchów kościelnych, jak "Obecność Ewangelii", Akcja Katolicka, "Ekipy Notre Dame" lub "Wędrować Razem". Od 1990 rozwijał swoją działalność także w Domu Maryi Panny Schronienia w Boccadifalco, założonym jeszcze przez kard. Ernesto Ruffiniego (1888-1967; arcybiskupa Palermo w latach 1946-67), dla młodych kobiet i matek, doświadczających różnych trudności. ]

29 listopada 1993 otworzył w swym rodzinnym Brancaccio ośrodek "Ojcze Nasz" dla młodzieży i rodzin z tego obszaru. Współpracował z miejscowymi świeckimi w stowarzyszeniu, działającym na rzecz praw obywatelskich mieszkańców oraz ujawniającym nadużycia wobec nich i ubóstwo, którego byli ofiarami. Szybko też działający tam ludzie zaczęli dostawać pogróżki i byli zastraszani.

Należy pamiętać, że były to tereny od dawna kontrolowane przez mafię, która m.in. wydawała zezwolenie na niemal każdą działalność, żądając zapłaty w zamian za "ochronę". Ks. Puglisi, zwany przez swych parafian i przyjaciół "Pino", nie chciał ani płacić, ani brać pieniędzy od mafiosów. I to właśnie ta działalność społeczna na rzecz potrzebujących i wykluczonych, a zarazem sprzeciw wobec działań tej organizacji, stały się głównym powodem mafijnych ataków na niego, co w efekcie doprowadziło do tragedii.

Kapłan liczył się z taką możliwością i gdy 15 września 1993 – w dniu jego 56. urodzin – do jego mieszkania przyszli nasłani mordercy, powitał ich z uśmiechem słowami: "Czekałem na was". Zginął od strzału w kark.

Wiadomość o tragicznej śmierci powszechnie szanowanego i kochanego kapłana rozeszła się błyskawicznie po całej Sycylii, wywołując nie tylko powszechny żal, ale równie powszechne oburzenie. Tym razem ludzie nie dali się zastraszyć, władze szybko ustaliły zabójców i w sumie 6 mafiosów stanęło przed sądem, który 14 kwietnia 1998 skazał ich na dożywotnie więzienie.

Dla upamiętnienia mężnego i bohaterskiego duchownego, od 1994 r. każdego 15 września rozpoczyna się rok duszpasterski w archidiecezji Palermo. Imię ks. Puglisiego nosi obecnie wiele szkół, ośrodków społecznych i sportowych, ulic i placów w samym mieście, w całej Sycylii i we Włoszech. W Stanach Zjednoczonych, Kongu i Australii odbywają się co roku uroczystości ku jego czci.

W grudniu 1998 ówczesny arcybiskup Palermo kard. De Giorgi poprosił diecezjalny sąd kościelny o uznanie śmierci ks. Puglisiego za męczeństwo. W maju 2001 sprawa ze szczebla archidiecezji trafiła do Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych, która w czerwcu 2012 wyraziła zgodę na wydanie dekretu uznaniu męczeństwa kapłana.

25 maja 2013 ks. Józef Puglisi został ogłoszony błogosławionym Kościoła katolickiego.