Według ustaleń dziewiętnastowiecznego historyka łacińskiej diecezji przemyskiej ks. Franciszka Pawłowskiego oraz ks. prof. Bolesława Kumora, parafia Narodzenia Najświętszej Maryi Panny w Gorlicach powstała w XIV w. Pierwsza wzmianka o jej istnieniu pochodzi z 1411 r.
W 2. poł. wieku XVI parafii katolickiej w Gorlicach zaczęła grozić zagłada, bowiem miasto stało się własnością kalwińskiej rodziny Pieniążków, a 16 XI 1598 r. Jan Strasz, ostatni z dawnych właścicieli Gorlic, przekazał prawo patronatu nad parafią Przecławowi Pieniążkowi. Być może było to tylko potwierdzenie przekazania, które nastąpiło wcześniej, bowiem według akt wizytacji generalnej z 1595 r. istniała co prawda samodzielna parafia w Gorlicach, jednak kościół był sprofanowany, a „Przecław Pieniążek, kacerz, zagrabił krzyż srebrny”. Akta kolejnych wizytacji z 1. poł. XVII w. (lata 1602, 1608, 1618) nie wymieniają samodzielnej parafii w Gorlicach. Nie zamarło jednak życie religijne katolików w mieście, o czym świadczą powołania kapłańskie z jego terenu.
Gorlice stały się jednym z ważnych ośrodków reformacji w Polsce. 22 V 1617 r. odbyła się tutaj dysputa arian z kalwinami, której przysłuchiwali się dwaj księża katoliccy z Biecza.
W 1625 r. Stanisław Szczepanowski, proboszcz w Krużlowej, otrzymał prezentę od Przecława Pieniążka na probostwo gorlickie oraz instytucję kanoniczną na ten urząd od biskupa krakowskiego Marcina Szyszkowskiego. W sierpniu tegoż roku woźny sądowy Wojciech Spiechowicz „wwiązał w posiadanie” probostwa gorlickiego ks. Szczepanowskiego. Protestanci, nie mogąc się pogodzić z prawnym rozwiązaniem, postanowili przemocą nie dopuścić do utraty probostwa. Jak podaje W. Budka „gdy [...] ksiądz Szczepanowski zjechał z Krużlowej dnia 1 września w towarzystwie tego samego woźnego, aby objąć już w rzeczywiste posiadanie probostwa gorlickiego, natknął się na zbrojny opór. Babka Przecława Pieniążka, Agnieszka z Myszkowskich, jej syn a stryj Przecława Mikołaj Zbożny, wreszcie sąsiad Jan Potocki z Łużnej, uzbroiwszy czeladź w szable i rusznice, nie dopuścił Szczepanowskiego do kościoła i plebanii”. Ks. Szczepanowski wniósł protest do sądu grodzkiego w Bieczu. W 1626 r. nastąpiła ugoda, na mocy której probostwo znalazło się w rękach katolików, a zbór przeniesiono do części miasta należącej do Rylskich. Następnie gorlickich kalwinów przyłączono do zboru w Jodłówce. W 2. poł. XVII w. miasto odzyskało jednolite, katolickie oblicze wyznaniowe.
W XVIII stuleciu wzrosło znaczenie parafii gorlickiej, a w mieście funkcjonowały trzy świątynie i dwie prebendy dla duszpasterzy. W związku z tym, od ok. 1712 r. niektórzy proboszczowie zaczęli używać tytułu prepozytów. Z badań ks. prof. B. Kumora wynika, że nie doszło jednak do formalnego erygowania prepozytury. Akta wizytacji generalnej z 1767 r. nie używają tego określenia na parafię gorlicką.
Okręg parafialny gorlickiej fary uformował się już w średniowieczu. Według Liber retaxationum diecezji krakowskiej z 1529 r., do parafii w Gorlicach oprócz miasta należały 4 wsie: Strozowka (Stróżówka), Ropicza (Ropica Polska), Shokol (Sokół) i Glynnyk (Glinik Mariampolski). Wszystkie te miejscowości w czasach staropolskich stanowiły własność prywatną z wyjątkiem Sokoła, wchodzącego w skład dóbr królewskich. Stan ten utrzymał się bez zmian przez okres staropolski, co potwierdzają rejestry poborowe z 1629 i 1680 r.
W czasach staropolskich istniały w Gorlicach dwa kościoły i kaplica, dlatego można stwierdzić, że kościół parafialny Narodzenia Najświętszej Maryi Panny stanowił „matkę” świątyń miasta.

Kościół parafialny

Jego początki sięgają XIV w. Oprócz ołtarza głównego posiadał on również ołtarz św. Jana Chrzciciela, przy którym w 1411 r. Dersław z Gorlic ufundował altarię. Biorąc pod uwagę fakt, że ołtarz ten ufundował jego ojciec - Dersław z Janowa, należy przypuszczać, że świątynię wzniesiono przed 1399 r. Był on murowany. Prezbiterium i nawę główną zamknięto gotyckim sklepieniem. Konsekrowano go przed końcem XVI w.
Pod koniec XVI stulecia świątynię sprofanowali kalwini i zamienili ją na zbór. Świadczy o tym m.in. fragment dokumentu podziału dóbr gorlickich z 1608 r.: „Do kościoła murowanego w Gorlicach spólnie sobie zostawiają przerzeczeni panowie Pieniążkowie podawać księdza religiej ewangelickiej, tak jako teraz jest”.
Około 1626 r. kościół przejęli katolicy. W czasie „potopu” szwedzkiego został spalony wraz z połową miasta przez wojska księcia Jerzego II Rakoczego. Odbudowaną świątynię konsekrował 17 III 1675 r. bp pomocniczy diecezji krakowskiej Mikołaj Oborski. Kościół posiadał wówczas 4 ołtarze: Najświętszej Maryi Panny, św. Katarzyny, św. Walentego i św. Józefa. Konsekrował je wraz z kościołem bp Oborski.
Pod koniec XVII w. do świątyni dobudowano kaplicę Św. Trójcy. Konsekrował ją 1 IV 1705 r. bp Kazimierz Łubieński. Znajdowały się w niej konsekrowane ołtarze: Świętej Trójcy, św. Antoniego oraz Nawiedzenia MB. W 1700 r. właściciel połowy Gorlic Michał Rylski uposażył kaplicę, fundując przy niej prebendę. W 1728 r. do kościoła dobudowano wieżę.
W 1778 r. kościół parafialny posiadał dwie kaplice: Św. Trójcy oraz Bożego Ciała. Świątynię pokrywał gontowy dach, częściowo zniszczony. Wewnątrz znajdowało się 12 ołtarzy.
Podłogę w kościele wyłożono cegłami i kamieniami. Prowadziły do niego trzy wejścia. Do wnętrza światło dostawało się przez 12 okien oprawionych w ołów. Pod świątynią znajdowało się 7 krypt grobowych.
Najświętszy Sakrament przechowywano w „starożytnym” tabernakulum umieszczonym na ołtarzu głównym, przed którym płonęła wieczna lampa. Wewnątrz świątyni znajdowała się kamienna chrzcielnica oraz ambona. Naprzeciwko ołtarza głównego znajdował się chór muzyczny „staroświeckiej struktury” na którym ustawiono osiemnastogłosowe organy, potrzebujące wówczas naprawy (1778 r.). W świątyni znajdowały się również ławki i jeden konfesjonał.
Kościół parafialny posiadał trzy zakrystie. Naprzeciwko ołtarza głównego znajdowała się murowana dzwonnica przylegająca do kościoła, pokryta gontem. Zawieszono w niej 3 dzwony i zegar oraz dzwonek „dla konających”. Na dachu świątyni znajdowała się wieżyczka obita żelazną blachą z sygnaturką. Świątynię otaczał mały cmentarz, częściowo ogrodzony. Na nim, od południowej strony znajdowała się kaplica Pana Jezusa w Ogrojcu. W 1762 r. założono w kościele, w czasie misji parafialnych, stacje Drogi Krzyżowej. Obok kościoła znajdowała się plebania oraz zabudowania gospodarcze, dom wikariusza, a także dom promotora bractwa różańcowego.

Cdn.