Z okresu rokoka, we wnętrzu kościoła Ojców Franciszkanów w Przemyślu pochodzi ok. 40 małych fresków (o średnicy ok. 100 cm), namalowanych głównie w nawie głównej i w zakrystii.
Zaraz po wejściu do kościoła, w filarach podtrzymujących chór znajdują się dwa malowidła, jakby przypominające wchodzącym do kościoła świątyni o istniejących w niej sanktuariach. Fresk w prawym filarze (125x43 cm) przedstawia obraz, popiersie Pana Jezusa Miłosiernego „Ecce homo” z napisem u dołu: „Wizerunek Pana Jezusa Miłosiernego, słynącego łaskami w Zamiechowskiej kaplicy, przyniesionego 12 września 1770 r...”.
Po lewej stronie kopia cudownego obrazu Niepokalanie Poczętej (130x42 cm), koronowanego 8 września 1777 r.
W nawie głównej, pod kratkami osłaniającymi okna z empor, po prawej i lewej stronie nawy znajduje się 12 obrazów o wymiarach 65x135 cm, przedstawiających życie Najświętszej Maryi Panny. M.in. Niepokalanie Poczęta w wizji św. Jana z Księgi Apokalipsy: niewiasta obleczona w słońce, księżyc pod jej stopami a nad głową korona z gwiazd dwunastu. We fresku przedstawiającym narodziny Najświętszej Maryi Panny, centralnymi postaciami są Rodzice Maryi, a Najświętsza Panna jako dziecię opromieniona jest nimbem. W tym cyklu maryjnym jest także mały fresk przedstawiający scenę Zwiastowania i następne tajemnice radosne Różańca: Nawiedzenie św. Elżbiety, Narodzenie Pana Jezusa, Ofiarowanie w świątyni, a także chwile bolesne: ucieczkę do Egiptu i najcięższą boleść, kiedy zamęczonego swego Syna trzyma w ramionach. Ostatnie trzy freski z tego cyklu przedstawiają: Wniebowzięcie Najświętszej Maryi Panny, Ukoronowanie na Królową Nieba i Ziemi. Ostatni fresk przedstawia Maryję, która objawia się choremu bł. Janowi Dunsowi.
Pomiędzy tymi podłużnymi freskami przedstawiającymi życie Matki Bożej jest 6 fresków o wymiarach 135x65 cm przedstawiających świętych i błogosławionych. Pod chórem na środku znajduje się przepiękne oko Opatrzności Bożej, a po obu stronach św. Cecylia, Król Dawid i muzykujące aniołki.
Nie tylko całe wnętrze kościoła pokryte jest małymi i wielkimi freskami, ale także jego zakrystia, którą zdobił lwowski artysta Tomasz Gertner w latach 1771-72.
Na całym sklepieniu artysta namalował Zesłanie Ducha Świętego na Matkę Najświętszą i Apostołów. Na ścianie nawy głównej między drzwiami prowadzącymi do kościoła - świętych franciszkańskich: Józefa z Kupertynu i Antoniego Malasdina, w okrągłym obramowaniu, a na ścianie zamykającej lewą boczną nawę - bł. Kingę i bł. Salawę. Na tej samej ścianie umieścił kazanie św. Antoniego przed papieżem Grzegorzem IX. Nad drzwiami wiodącymi do kościoła wykonał św. Franciszka i św. Klarę, a po przeciwnej stronie św. Dominika ze św. Franciszkiem.
Freski w kościele można oglądać codziennie w godz. 10.00-18.00, a w zakrystii - po uprzednim zgłoszeniu do brata zakrystianina.
Wszystkie malowidła i obrazy w kościele kierują nasze myśli i serca do cudownego obrazu Matki Bożej Niepokalanej, znajdującego się w głównym ołtarzu i do Pana Jezusa Miłosiernego w kaplicy po prawej stronie ołtarza.
Pan Jezus Miłosierny jest szczególnie czczony w każdy piątek, a Matka Boża Niepokalana w każdą środę w czasie nieustannej nowenny o godz. 18.00, kiedy odczytywane są prośby i podziękowania, a później odprawiana jest Msza św. w intencji tych, którzy zanoszą prośby i podziękowania.