„Bunt w 1830 r. pokazał - pisał historyk rosyjski Czerniawski - że dla utrzymania Warszawy w posłuszeństwie i dla uniknięcia w przyszłości przelewu krwi nie wystarczy utrzymanie w tym mieście garnizonu, lecz koniecznie trzeba wznieść umocniony punkt forteczny, gotowy w razie potrzeby przypomnieć miastu o jego przynależności do państwa rosyjskiego”.
Cytadela została zbudowana w latach 1832-1834. Kosztowała ponad 11 mln. rubli, a kwotą tą carat obciążył miasto Warszawę i Skarb Królestwa Polskiego. Obiekt budowali robotnicy najemni, wojskowi, więźniowie, włóczędzy zatrzymani przez policję, a także robotnicy-fachowcy sprowadzeni z Rosji. Grube mury, wycelowane stąd armaty, stanowiły dla Rosjan nie tylko dobry punkt obronny, ale zaciążyły długie lata nad bezbronną Warszawą, która - w razie nieposłuszeństwa jej mieszkańców wobec zaborcy - mogła stać się celem ostrzału. Car Mikołaj I w 1835 r. nie ukrywał: „Jeżeli będziecie upierać się przy marzeniach o odrębnej narodowości, o Polsce niepodległej, przy wszystkich tych złudzeniach, ściągniecie na siebie wielkie nieszczęście. Kazałem tu zbudować Cytadelę Aleksandrowską i oświadczam wam, że przy najmniejszym zaburzeniu każę miasto zbombardować. Zburzę Warszawę i z pewnością nie ja ją odbuduję”. W latach 1840-1850 car aż dziesięciokrotnie wizytował warownię.
Cytadela zasłynęła nie tylko jako obiekt strategiczny, ale przede wszystkim jako więzienie śledcze dla więźniów politycznych. Przeszło przez niego ok. 40 tys. osób, także kobiet. Działała tu komisja śledcza oraz ferujący wyroki sąd wojenno-polowy. W latach 1846-1912 zostało rozstrzelanych lub powieszonych 313 więźniów Cytadeli. Ponad 50 z nich to uczestnicy Powstania Styczniowego. Najwięcej egzekucji - 252 - miało miejsce w latach 1905-1912. Wówczas zginęło wielu uczestników rewolucji 1905-1907 r.
6 więźniów zostało zgładzonych w 1916 r., kiedy to obiektem zarządzały władze niemieckie. W wolnej Polsce 21 sierpnia 1925 r. wykonano tu trzy wyroki śmierci na komunistach (Władysławie Hibnerze, Władysławie Kniewskim i Henryku Rutkowskim) skazanych za udział w zamachu. Ostatnimi Polakami, którzy w sierpniu 1944 r. stracili życie na Cytadeli Warszawskiej było 7 uczestników Powstania Warszawskiego, wśród nich Wacław Jachura, żołnierz kampanii wrześniowej 1939 r., inwalida wojenny, uczestnik Powstania Warszawskiego na Żoliborzu, który został rozstrzelany wraz ze swoim 11-letnim synem Sławomirem, również uczestnikiem powstania na Żoliborzu.
Wśród więźniów Cytadeli były tak znane postacie jak ks. Piotr Ściegienny, Romuald Traugutt wraz z pozostałymi członkami Rządu Narodowego (wszyscy zostali powieszeni), a także osoby, które odegrały później wielką rolę w historii Polski - Józef Piłsudski i Roman Dmowski.
Tysiące więźniów zostało stąd wywiezionych na Syberię na katorgę lub zesłanie. Katorga polegała na ciężkich robotach przymusowych w kopalniach, twierdzach lub fabrykach znajdujących się w odległych guberniach państwa rosyjskiego. W drodze na Sybir więźniowie byli przykuwani do łańcuchów.
W dziejach Cytadeli tragicznie zapisał się poranek 13 października 1923 r., kiedy to w powietrze wyleciała prochownia z kilkudziesięcioma wagonami prochu. Wybuch słychać było w całej Warszawie, a podmuch wybił szyby w wielu budynkach, w tym w kościele św. Floriana na Pradze, dzisiejszej katedrze. Zginęło 28 osób, a kilkadziesiąt zostało rannych. O zamach oskarżono dwóch wojskowych znanych z sympatii komunistycznych i - jak wykazał proces - z powiązań agenturalnych z wywiadem sowieckim. Skazanym na karę śmierci Walerianowi Bagińskiemu i Antoniemu Wieczorkiewiczowi najpierw zamieniono wyrok na dożywocie, a następnie postanowiono wymienić ich za Polaków więzionych w ZSRR Do wymiany miało dojść 29 marca 1924 r. na granicznej stacji kolejowej Kołosowo. Gdy wiozący aresztantów pociąg zbliżał się do stacji, Józef Muraszko, policjant z eskorty, wyciągnął rewolwer i zastrzelił obydwu więźniów.
Dziś o wybuchu w prochowni wspominają tylko najdokładniejsze opracowania, a Cytadela jest nadal obiektem wojskowym. Jedynie w Pawilonie X, dawnym więzieniu, od 1963 r. mieści się muzeum, będące obecnie filią Muzeum Niepodległości. Stąd prowadzi droga, którą szli skazani na śmierć w kierunku Bramy Straceń. Jest też symboliczny cmentarz straconych.