Kiedy w trzecim ćwierćwieczu XVI w. biskupi krakowscy sprzedawali ziemię Janowi Sienieńskiemu, kasztelanowi żarnowskiemu, nie spodziewali się, że w niedalekiej przyszłości jej nowy właściciel sprawi im wiele kłopotu. Na jej skrawku, w widłach rzek - Czarnej Staszowskiej i Łagowicy, około 20 km od Świętego Krzyża - innowierca z Żarnowa buduje w 1569 r. nowe miasto, dając mu nazwę Raków, utworzoną z herbu rodowego swojej żony, Jadwigi z Gnoińskich, na którym widniał czerwony rak na srebrnym polu. To nic, że miasto powstało w miejscu otoczonym borami. Właśnie takiego miejsca, zacisznego, daleko od zgiełku, szukał on dla swojego zamysłu stworzenia „Nowego Jeruzalem”.
Dziedzic Rakowa zaczął niebawem ściągać do niego różnowierców nie tylko z Polski. Nowe miasto stało się wkrótce ośrodkiem reformacji, żeby nie powiedzieć wręcz stolicą zwolenników Socyna, których później nazywać będą socjanami, antytrynitarzami, braćmi polskimi, braćmi małego zboru, arianami albo rakowianami. Miasto staje się - używając nanaszego nazewnictwa - centrum religii nowej, miejscem licznych synodów, na których uchwalono dogmaty nowej wiary.
Na mocy artykułów henrykowskich z 1573 r., uzyskali oni swobodę religijną. Wkrótce uruchomiono w mieście drukarnię, która drukowała na papierze również rodzimej produkcji. Drukowane w niej książki - do czasu powstania w ośrodku szkoły - są treści religijnej; później wychodzą z niej tytuły podręczników szkolnych autorstwa miejscowych nauczycieli.
W roku 1638 szkoła zostaje zamknięta. Tak zdecydował Sejm, na skutek incydentu zaistniałego z udziałem dwóch uczniów i nauczyciela z tejże szkoły - znieważenie krzyża przydrożnego. Do zamknięcia szkoły w głównej mierze przyczynili się biskupi krakowscy, zdecydowanie występujący w obronie wiary katolickiej.
Aleksandra Wiszowata, nowa właścicielka miasta, wdowa, siostra Jakuba Sienieńskiego, porzuca nową wiarę i przechodzi na katolicyzm. Zbór przekazuje na początku na potrzeby gminy katolickiej, a następnie nakazuje go zburzyć, by zwolnić miejsce pod budowę świątyni katolickiej.
W czasie, kiedy Sienieński zakładał nowe miasto i później, kiedy już kwitło gospodarczo, katolicy zamieszkiwali w kilku okolicznych wioskach, i niewielkiej liczbie w samym Rakowie. Dla nich biskup krakowski, Andrzej Lipski, funduje kościół pw. św. Andrzeja Apostoła w Drogowcach, wiosce oddalonej od Rakowa trzy kilometry. Budowę świątyni ukończono i erygowano nową parafię w roku 1633, dla - jak to zapisano w kronikach - „pożytku i dogodności mieszkańców Rakowa, Dębna i Drogowi”. I tak kościół ten służył wiernym jako parafialny parafii rakowskiej do roku 1645, bo od tej pory - i do dzisiaj - jest w niej filialnym.
Dlaczego bp Lipski nie pobudował kościoła „dla pożytku i dogodności” wiernych w samym Rakowie? Okazało się, że właściciel Rakowa, Jakub Sienieński, nie był tak tolerancyjny, jak sam głosił i nie odsprzedał biskupowi kawałka gruntu pod kościół, przecież z tego, co nabył jego ojciec, Jan. Raków czekać musiał na kościół „u siebie” prawie osiem lat, do czasu, kiedy osiedlili się w nim - na krótko - reformaci, ze swoim „klasztorkiem”. Reformatów od około 1649 r. w Rakowie nie ma, klasztorek zaś, pw. św. Anny, jest dziś trzecim kościołem w niewielkiej parafii, liczącej niespełna 1600 wiernych.
Ks. Jan Wiśniewski, zbierając - na przełomie wieków XIX i XX - materiały do historii dekanatu opatowskiego napisał, że kościół w Rakowie, właśnie ten zbudowany na miejscu zboru ariańskiego „jest ozdobą nie tylko Rakowa, ale i całej okolicy”. Jest fundacji bp. Zadzika, który swój urząd piastował od roku 1635. zostawił on fundusz 6000 zł bp. Piotrowi Gębickiemu, na dokończenie budowy rozpoczętej w 1640 r. Świątynię konsekrowano jednak dopiero w roku 1950.
Do roku 1729 kościół funkcjonuje pod wezwaniem, jakie widnieje na tablicy erekcyjnej w ołtarzu głównym: „Św. Trójca. ŚŚ. Apostołowie Piotr i Paweł, ŚŚ. Jakubowie Starszy i Młodszy”. Jest budową orientowaną, otoczony murem, zbudowany z cegły i kamienia, otynkowany; bazylika trójnawowa, czteroprzęsłowa, z krótkim, absydialnie zamkniętym prezbiterium. Ma 9 ołtarzy.
Na przełomie I i II ćwierćwiecza XVIII w. umieszczony w ołtarzu obraz Matki Bożej Kodeńskiej, ofiarowany bractwu różańcowemu przez szlachcica, Jakuba Promnickiego, zasłynął cudami, co skłoniło bp. Andrzeja Trzebnickiego, do powołania specjalnej komisji dla zbadania tej sprawy. Komisja, ta po przesłuchaniu 105 świadków, którzy doświadczyli łask niezwykłych z obrazu Matki Bożej, wydaje w roku 1670 specjalny dekret, a fakt ten uhonorowano - za zgodą bp. Szaniawskiego - przeniesieniem obrazu do ołtarza głównego w roku 1729. Kościół uzyskuje także nowe wezwanie: „1729 d. o. m. - Trino - et Uni - b. v. Mariae Thaumturgae - Nec Non - ś. ś Apostolis Petro et Paulo - Majori et Jacobo Sacrum”.
Obraz otrzymuje też nowy tytuł - Matki Bożej Rakowskiej. Na co dzień jest chowany za zasuwą - w polu środkowym ołtarza - jest też Ona z Dzieciątkiem, adorowana przez Jakubów. Odsłanianiu obrazu w niedziele i święta, a także przy okazji szczególnych okoliczności, towarzyszy pieśń, śpiewana na klęcząco: „Witaj Rakowska Matko Jedyna, uproś nam łaskę u Twego Syna, witaj, nam witaj, Niepokalana, witaj Maryjo, Matko kochana”. Tymi samymi słowami - zmieniając tylko jedno - „witaj” na „żegnaj” - i śpiewanej w tonacji minorowej, wierni żegnają swoją Rakowską Panią, kiedy zasuwa zapada.
Po roku 1656, w którym miało miejsce ukoronowanie Matki Bożej na Królową Polski, Jej kult stał się niejako narodowym. Znalazło to oddźwięk również w kościele w Rakowie, na gruzach tej wiary, w której tego kultu Jej odmawiano. Pierwowzorem Matki Bożej Rakowskiej był obraz w kościele w Kodniu, gdzie była Ona ukazana frontalnie, w postawie stojącej i z Dzieciątkiem na prawej ręce.
Ołtarze boczne w jej nawie po stronie południowej, przedstawiają życie Maryi jako wybranej przez Boga na Matkę Jego Syna, Tę, która wypełniła proroctwa starotestamentowe. W tej samej nawie, ołtarz zamykający ją, dziś pw. Świętej Rodziny, pierwotnie zaś Zwiastowania, ukazywał scenę, w której dowiaduje się Ona, że została przeznaczona na Matkę Boga.
W innym ołtarzu - pw. św. Anny Samotrzeć - Maryja ukazana jest ze swoją matką i Dzieciątkiem, a stojąca przy tym ołtarzu figura przedstawia św. Elżbietę, Jej krewną; figura Dawida, psalmisty - przy ołtarzu św. Józefa, męża Maryi - przypomina po raz wtóry o wybraniu przez Boga rodu Dawidowego.
W nawie bocznej, od północy, były kiedyś dwa ołtarze maryjne. Zachował się jeden, przedstawiający - na obrazie w polu środkowym - Matkę Bożą Szkaplerzną, adorowaną przez św. Dominika. Tu Maryja tronuje w obłokach, z Dzieciątkiem na prawej ręce, w koronie wielokabłąkowej na głowie. Matka Boża rozmawia z wiernymi, Dzieciątko wręcza szkaplerz św. Dominikowi, aniołowie podtrzymują szarfy, na których wypisana jest treść rozmów wiernych z Maryją. A więc Maryja, pocieszająca i pośrednicząca; taka, do jakiej się zwracamy w różnych modlitwach.
Wróćmy do historii cudownego obrazu. Niestety, w chwili obecnej nie ma w parafii dokumentu, dekretu komisji specjalnej sprzed 334 laty, o jego cudowności, jak i rejestru wydarzeń niezwykłych, jemu przypisanych, a przecież w okresie ponad 300 lat musiało ich być sporo, o czym świadczą wota. Nie wiemy w tym momencie od kiedy do Matki Bożej Rakowskiej przestano pielgrzymować procesjami w dniu 2 lipca. Być może kult ten ustąpił główniejszemu, któremu bp Zadzik ufundował tę piękną świątynię, jakże zasługującą na miano bazyliki mniejszej, niespełnione pragnienie ks. Jana Henryka Krawczyka, który pasterzował parafii w latach 1986-2003. Spełniło się zaś jego inne pragnienie - odnowienie świątyni w wielki Jubileusz Roku 2000. W niespełna 10 lat odrestaurowano w kościele wszystkie 9 ołtarzy.
Ks. Jan Wiśniewski w swoim Dekanacie opatowskim napisał: „Osobliwą pamiątkę ma zakrystia kościoła w Rakowie, mianowicie drzwi. Mówią, że przed stu laty złodziej próbował się dostać do kościoła i już w drzwiach spory uczynił otwór; wtem stał się cud, bo do rozłupanej deski przyrosły mu włosy i ruszyć się z miejsca nie mógł. Otwór ten i złodziejskie włosy po dziś dzień oglądać tam można”. Autor tego tekstu widział je, trudno by było mu nie wierzyć; dziś ich nie ma, jest natomiast w desce nikły ślad po nich.
W czasie II wojny światowej kościół bardzo ucierpiał, poszarpany pociskami artylerii; nie imał się go - na szczęście - ogień, chociaż całe wyposażenie jest drewniane. Ocalał zatem i obraz Matki Bożej Rakowskiej w ołtarzu głównym, w jego przebogatej obudowie.
Maria Krawczewska, parafianka rakowska od urodzenia, ciesząca się - jak sama przyznaje - szczególną opieką Pani Rakowskiej, opowiada o niezwykłym wydarzeniu, które miało miejsce w Rakowie. W roku 1944 miasteczko znalazło się na linii frontu tzw. przyczółka sandomierskiego. Starsze pokolenie Polaków pamięta do dziś wyczyny czerwonoarmistów, ich stosunek do wiary, profanowanie świątyń. Ponieważ ikonografia kościoła w Rakowie jest szczególnie bogata, żołdacy spod znaku krasnej zwiezdy ustawili w nawie głównej „pluton” z osiemnastu figur, flankujących - po dwie - każdy ołtarz. „Uzbrojono” je w „pepeszki”. Zabawa nieoczekiwanie skończyła się bardzo szybko, żołnierze podszyci strachem, opuścili kościół w pośpiechu. Ponieważ wcześniej zaglądnęli w każdy jego kąt, wiedzieli, że nie ma w nim nikogo z cywilów, jak zresztą w całym miasteczku, z którego ludność była ewakuowana na tyły frontu, w okolice Koprzywnicy i Łoniowa (ponad 50 km). Nie wiedzieć skąd, nagle, żołnierzom ukazała się postać dziwnej, niezwykłej pani z dzieckiem na ręku.
O zdarzeniu opowiedział rakowianom ewakuowanym z Rakowa do Koprzywnicy kilka dni później oficer radziecki. Świadkiem relacji była właśnie pani Maria. Nikt z nas - opowiada - nie wiedział, że oficer ten był w Rakowie; zagadnął nas wtedy, kiedy przypadkiem dowiedział się skąd jesteśmy. Wtedy nikt ze słuchających nie zastanawiał się kim mogła być owa niezwykła pani z dzieckiem na ręku. Odpowiedź przyszła w styczniu 1945 r., kiedy wróciliśmy do prawie doszczętnie spalonego Rakowa. W kościele rzeczywiście figury stały nie na swoim miejscu przy ołtarzach, tylko w nawie głównej, ustawione w dwuszeregu. Ta pani, to Nasza Jedyna, Rakowska. Inaczej być nie mogło - kończy swoją relację pani Maria.
Nikt nie policzył do tej pory i nigdy nie uda się nikomu tego dokonać, ile łask cudownych spłynęło do dusz ludzkich z obrazów Matki Bożej, słynących łaskami. Z tego w Rakowie również. Wymiernymi dowodami tego nie mogą być tylko kule, pozostawione przez kalekich, a uzdrowionych, inne przedmioty czy wota. O opiekę Pani Rakowskiej proszą nowożeńcy, dzieci w kolejne rocznice urodzin, wchodzący w dojrzałe życie maturzyści, zdający egzaminy na wyższe uczelnie, odsłaniają obraz z racji jubileuszu małżeństwa ludzi w podeszłym wieku, proszą w wotywach o udane operacje, przed dalekimi podróżami i tylu innych. Kiedy podnosi się zasuwa w wielkim ołtarzu, to jakby Matka drzwi otwierała, witając z otwartymi ramionami odwiedzające je dzieci.