Długo trwało oczekiwanie na rezultaty podjętych starań o katedrę teologii pastoralnej. Wieści nadchodzące od ludzi zbliżonych do kręgów decydujących o nominacjach przybierały różne klimaty. Raz były pełne pocieszających zapewnień, że sprawa zbliża się ku pomyślnemu rozwiązaniu, inne znowu jakby oddalały w bliżej nieokreśloną przyszłość losy planów Pelczara.
Niecierpliwość oczekiwania nie pomniejszyła naukowej i duszpasterskiej aktywności Józefa. Wręcz przeciwnie, w owej duchowej aktywności szukał lekarstwa na nękające go wątpliwości i dopadające zniechęcenie, zwłaszcza w chwilach, kiedy pojawiały się dolegliwości znoszonej z cierpliwością choroby. Złe stany samopoczucia rodziły wszak czasem pokusę rezygnacji z podjętych wcześniej planów. Młody kapłan zauważył, że czasem jest to diabelska pokusa odciągnięcia człowieka od jego gorliwości. Zaczął pilnie śledzić te sytuacje i doszedł do wniosku, że jedynie żelazna konsekwencja w rozsądnym realizowaniu duchowej drogi może pomóc w zwalczeniu nie tyle samej choroby, ale niejako ubocznych skutków, które ona rodzi w psychice i duchowości człowieka.
Najpierw odkrył w sobie uczucia zazdrości wobec ludzi, którzy cieszyli się krzepkim zdrowiem i nawet nieraz posuwali się do niedelikatnych żartów czy ironicznych uwag na temat ludzi doświadczonych słabością.
Niejednokrotnie zdarzało się, że długo klęczał przed Najświętszym Sakramentem, by uspokoić w sobie żal, jaki rodził się w sercu po takich spotkaniach. Bardzo pomagał mu w tym bliski kontakt z klerykami, których był opiekunem. Wiele rozmawiał, pytał o ich życie osobiste, rodzinę. Była to kopalnia mądrości. Chłopcy po pokonaniu nieśmiałości odkrywali ciepłe, ojcowskie zainteresowanie ich życiem i chętnie, coraz chętniej ujawniali ukrywane nieraz głęboko w sercu swoje troski i niepokoje. Z tych opowieści młodych rysowała się panorama ludzkich losów, które uczyły pokory. Pelczar nieraz w myślach, podczas duchowej medytacji, karcił siebie za zbytnią troskę, jak mu się wydawało, co do własnej osoby.
- Jesteś kapłanem, masz sporo talentów, miałeś szczęście studiować w Rzymie i dotykać miejsc znaczonych heroicznym życiem Kościoła. Ci młodzi chłopcy, jakże często zaniedbani w nauce w swoich maleńkich szkołach, nigdy nie będą mieli szansy zobaczyć i doświadczyć tej potęgi ducha, która tobie została dana. Wielu z tych młodych, naznaczonych już jest chorobą zrodzoną z niedożywienia i innych rodzinnych niedostatków.
Zawsze taka modlitwa przynosiła ukojenie, dodawała energii do pracy i pokonywania rodzących się zniechęceń. Zawsze też kierowała jego myśl do rodzimej Kończyny i z głębi serca dziękował za rodziców, rodzeństwo i ów klimat, który sprawiał, że do miejsca tego zawsze wracał z radością.
Kolejnym etapem zmagania się była troska o wierne przestrzeganie założonego sobie wcześniej planu dni i tygodni. To może wówczas zrodziła się myśl, która po latach znajdzie swoje spełnienie w trudnym ślubie niemarnowania żadnej minuty w pracy dla budowania królestwa Bożego.
To co, rodziła modlitwa i medytacja przechodziło jak u każdego swoją próbę w szarej codzienności, ale tę pokonywał częstą obecnością przed Najświętszym Sakramentem i powierzaniem siebie Najświętszemu Sercu Pana Jezusa.
A prób nie brakowało. Kiedy z Krakowa nadchodziły kolejne krzepiące sygnały, które zdawały się przybliżać realizację kolejnego życiowego kroku Pelczara, przyszła wiadomość, że katedrę teologii pastoralnej otrzymał ks. Józef Krakowski, proboszcz z Błażowej, a wcześniej profesor przemyskiego Seminarium. Trudna to była wiadomość.
Pierwszym, który wyszedł jej naprzeciw był rektor Skwierczyński. Zaprosił swojego współpracownika na spacer i nie owijając niczego w bawełnę zaczął wprost:
- Widzę, że ta wiadomość mocno Cię dotknęła.
- Nie kryję, że może nie tyle czuję się dotknięty, ile raczej obmyślam, że raczej tu w Przemyślu trzeba układać sobie życie i zamyślać dalsze plany. Tym bardziej, że moje starania o probostwo przekonały mnie, że proboszczem raczej nie będę.
- Tego się nie da przewidzieć. Nie należy wszystkiego opierać tylko na naszych ludzkich planach, domysłach. Ja bym nie tracił nadziei i nie popadał w rozgoryczenie. To najgorsza z wad i najsilniejsza broń szatana. A nawet gdyby tak było, to przecież nie masz powodu do smutku. Klerycy Cię lubią. Więcej, jesteś im bardzo przydatny. Wiem to, bo czasem mi o tym mówią. A ile mi nie mówią, ale stary rektor wiele już widział i to też widzę, jak garną się do Ciebie. Nie brak Ci zdolności. Przy tym masz sporo czasu by zajmować się tym, co lubisz - nauką. Widzisz, jakie trudne są czasy. Ileż wśród duchowieństwa jest zaniedbań. Wielu bardziej dba o pole niż o świątynie. Taki czas. Ale przecież on nie może trwać zawsze. Wierzę, że przyjdą nowe czasy, i ty ich doczekasz. Te przyniosą nowe wezwania, do których już teraz trzeba się przygotowywać. Nie trać ducha. Pan Bóg ma swoje plany i to one ostatecznie są najważniejsze.
Ta rozmowa była bardzo potrzeba młodemu profesorowi. Trwała długo i była bardzo szczera. Józef był wdzięczny Bogu za dar takiego przełożonego, który z pozoru oschły ujawnił teraz swoją troskę i udowodnił, że dobrze wie, co dzieje się sercach i umysłach jego współpracowników.
Wrócił zatem do swoich zajęć jakby mocniejszy. Zaczął obmyślać nowe książki, a ich tematyka kierowała się w stronę duszpasterskich zapotrzebowań kapłanów.
Tak nadszedł dzień św. Józefa 1877 r. Ten dzień zawsze w życiu solenizanta był ważny. Wiele razy doświadczył, że właśnie w tym dniu zdarzały się sytuacje, które bardzo silnie oddziaływały na jego dalsze losy. Starał się unikać hucznego obchodzenia swoich imienin, ale nie unikał i nie skąpił swojej obecności tym, którzy przychodzili z życzeniami. Właśnie tego dnia nadszedł list znakowany cesarskimi znakami. Serce Józefa zabiło mocniej.
- Pewnie to wiadomość, że ostatecznie nie zostanę mianowany profesorem w Krakowie - pomyślał niemal pewny, że się nie myli. Rozerwał kopertę i aż dwukrotnie przeczytał depeszę - dokument. Cesarz informował go, że jego starania uznał za słuszne, a akademia potrzebuje nowych sił i dlatego niniejszym mianuje ks. Józefa Sebastiana Pelczara profesorem zwyczajnym historii kościelnej i prawa kanonicznego na Wydziale Teologicznym Uniwersytetu Jagiellońskiego.
Nie mógł zebrać myśli. Przyszła na pamięć rozmowa z rektorem.
- Tak, miał rację ten sędziwy kapłan. Nie można wszystkiego opierać na własnych zamysłach. Ten dokument, to najlepszy i dotykalny dowód tej prawdy. Niby wszystko jest jak zamierzałem. Zostałem profesorem Uniwersytetu. Ale profesorem kierunków, których się nie spodziewałem. I co teraz czuje moje serce? Nie ma w nim radości, satysfakcji. Jest lęk. Jak sobie poradzisz? Jak bardzo kocham to miejsce, tych ludzi, ujawniło się w tym jednym momencie, kiedy po ludzku moje pragnienia zostały spełnione.
Rzeczywiście takie myśli miały swoje uzasadnienie. W Przemyślu już się zadomowił. Znał swoje obowiązki. Czuł się bezpiecznie w gronie życzliwych ludzi. Teraz nadeszło nowe. Nowe i niewiadome. Postanowił odnaleźć księdza rektora, by z nim najpierw podzielić się otrzymaną wiadomością.
- A nie mówiłem - odrzekł Skwierczyński, wysłuchawszy wiadomości. Teraz zaczną się nowe problemy. Szkoda, że od nas odejdziesz. Ale jak powiedziałem, tak trwam przy swoim - Pan Bóg ma swoje plany i ta decyzja też jest w nie wpisana. Co zamierzasz?
- Sam jeszcze nie wiem. Już się jakoś pogodziłem z myślą pozostania w Przemyślu i teraz właściwie nie wiem, od czego zacząć.
- Najlepiej zacznij od biskupa. Idź i powiedz mu o otrzymanej decyzji i posłuchaj co ci doradzi. Dużo słuchaj.
To była mądra i sensowna rada. Młody kandydat na profesora poprosił zatem ks. kanclerza Łobosa o umówienie z biskupem. Ten obiecał, że zrobi to najrychlej jak będzie możliwe.