W Krakowie, pod okiem s. Małgorzaty Gimbutt Helena dokończyła postulat i po odprawieniu 8-dniowych rekolekcji została dopuszczona do zakonnych obłóczyn. Przejęta do głębi, podczas ceremonii dwukrotnie zasłabła, raz - w kaplicy, gdy miała otrzymać habit, drugi - w rozmównicy, gdy przebierano ją z sukni w strój zakonny. W swoim Dzienniczku zapisała, iż Bóg dał jej wówczas poznać, ile w swoim życiu wycierpi. Ale była to jedna minuta tego cierpienia. Potem serce zalała ogromna radość... Wyrazem obleczenia się w „nowego człowieka”, była również zmiana imienia; odtąd Helenka miała być siostrą Marią Faustyną.
Obłóczyny rozpoczynały kolejny etap formacji zakonnej, jaki stanowił 2-letni nowicjat, służący głównie wdrożeniu w życie duchowe. S. Faustyna w tym okresie - jak zeznały inne siostry - przodowała w umartwieniach, nosząc za zgodą przełożonych kolczaste łańcuszki i bransoletki, włosienicę czy używając dyscypliny. Będąc przeznaczoną do pracy w kuchni, przykładała się z niezwykłą gorliwością do spełnianej posługi. Największą trudność sprawiało jej, jak sama wyznała, zabijanie rybek, ale z drugiej strony, gdy chodziło o sprawy Boże, zdobywała się na nie lada odwagę. Kiedy jednego razu 3 starsze zakonnice negatywnie rozmawiały o kapłanach-spowiednikach, s. Faustyna zwróciła się do nich: - Przepraszam, ale to się Panu Jezusowi nie podoba, niech siostry skończą te rozmowy.
W czerwcu 1926 r. na urzędzie mistrzyni nowicjatu nastąpiła zmiana - w miejsce pełniącej tę funkcję s. Małgorzaty Gimbutt - przybyła młoda, aczkolwiek bardzo obeznana w meandrach życia duchowego s. M. Józefa Brzoza. Właśnie ona odegrała w formacji zakonnej przyszłej Świętej wiodącą rolę. Gdy pod koniec pierwszego roku nowicjatu s. Faustyna pogrążyła się w duchowych ciemnościach, mistrzyni roztropnymi radami zachęcała ją do ufności i wielkiej wierności Bogu. Dnia 16 kwietnia 1928 r. w Wielki Piątek podczas wieczornej adoracji obolałe serce nowicjuszki ogarnął żar Bożej miłości. Jezus dał jej poznać, jak wiele dla niej wycierpiał, tak, iż jej cierpienia stały się niczym wobec wyznanej miłości Boga.
Kilka dni później - 30 kwietnia 1928 r. - s. Faustyna złożyła pierwsze śluby czasowe. Na tę uroczystość przybyli również rodzice. Ojciec zapytał wówczas swoją córkę, jak czuje się w zakonie i czy jest szczęśliwa na wybranej drodze. Odparła: - Tatusiu, jaka ja jestem szczęśliwa. Dlaczego miałoby mi się przykrzyć, gdy mieszkam z Panem Jezusem pod jednym dachem. Widzisz, Tatusiu, ten któremu ślubowałam jest moim mężem i twoim zięciem. Wzruszony ojciec rozpłakał się, nie wstydził się swoich łez również wtedy, gdy opowiadał o tym innym krewnym.
Po złożeniu pierwszych ślubów rozpoczęła się szara droga zakonnego życia, która wiodła przez szereg domów Zgromadzenia - począwszy od domu generalnego przy ul. Żytniej w Warszawie, poprzez Wilno, Warszawę-Grochów, ponownie dom generalny i Kiekrz koło Poznania, w których pracowała najczęściej jako kucharka. Podczas krótkiego pobytu w Kiekrzu, odprawiając dzień skupienia, stanęła popołudniem nad brzegiem jeziora i rozmyślała nad dziełem stworzenia. Wówczas ujrzała Pana Jezusa, który zwrócił się do niej: To wszystko dla ciebie stworzyłem, oblubienico moja, a wiedz o tym, że wszystkie piękności niczym są w porównaniu z tym, co ci przygotowałem w wieczności.

Dziękuję Ci, Boże,
za wszystkie łaski,
Którymi mnie nieustannie
obsypujesz,
Które mi świecą jak słońca blaski,
A przez nie drogę pewną
mi pokazujesz (...).
Dziękuję Ci, Boże,
za łaskę powołania
Do wyłącznej służby Twojej.
Dając mi możność
wyłącznego Ciebie kochania
Wielki to zaszczyt dla
duszy mojej
(Dz. 1286)