1 sierpnia 1996 r. ówczesny biskup płocki dr Zygmunt Kamiński utworzył w Skępem dwie parafie: pw. Miłosierdzia Bożego obsługiwaną przez księży diecezjalnych oraz pw. Zwiastowania Najświętszej Maryi Panny (znane sanktuarium) obsługiwane przez Ojców Bernardynów.
Historia pierwszej parafii w Skępem sięga XV w. Z dokumentu Acta Oficialis Pultoviensis 110/9, k, 84 z 1 czerwca 1463 r. pochodzi wiadomość o erygowaniu parafii pw. św. Stanisława w Skępem oraz o drewnianej świątyni. Pierwszy kościół uległ zniszczeniu. W I poł. XVII w. Jan Garwaski herbu Grzymała, kasztelan płocki, ufundował nowy drewniany kościół pw. św. Stanisława. Na początku XVIII w. kościół ten spłonął i wówczas następną świątynię własnym kosztem wybudował Józef Paweł Zieliński.
W 1777 r. siedzibę parafii przeniesiono do kościoła Ojców Bernardynów w pobliskim Wymyślinie. Z woli bp. Michała Poniatowskiego duszpasterzami parafii zostali Ojcowie Bernardyni. W latach 1918-1920 rozebrano zrujnowany kościół. Cmentarz przykościelny zamieniono na grzebalny.
Od października 1997 r. na tym miejscu stoi tymczasowy kościół, który powstał dzięki staraniom proboszcza ks. Henryka Szwajkowskiego. 13 października 1997 r. Biskup płocki dokonał poświęcenia świątyni. 10 lipca 2000 r. nastąpiła zmiana duszpasterzy. Proboszczem został ks. mgr Piotr Brzezik, a wikariuszem ks. mgr Paweł Biedrzycki. Nowy Ksiądz Proboszcz w latach 2001-2003 wybudował plebanię. Budynek ten 18 kwietnia poświęcił bp Roman Marcinkowski.
Parafia przeżyła dwie doniosłe uroczystości: 18 sierpnia 2002 r. Jan Paweł II na krakowskich Błoniach poświęcił kamień węgielny pod budowę nowej świątyni. Druga uroczystość to przyjęcie relikwii św. Faustyny Kowalskiej w dniu 5 maja 2002 r.
Wiosną 2005 r. rozpoczną się prace budowlane związane z nową świątynią według projektu architekta Jacka Jaśkowca. Na terenie parafii istnieją dwie kaplice dojazdowe: w Łąkiem pw. bł. Władysława z Gielniowa oraz w Wólce pw. św. Maksymiliana Kolbego.