Cerkiew wielokrotnie bezskutecznie występowała o zwrot budynku. W końcu władze komunistyczne wymusiły na metropolicie Bazylim zrzeczenie się roszczeń do budynku.
Obiekt wybudowano w latach 1927-28 z przeznaczeniem na internat dla studentów teologii prawosławnej Uniwersytetu Warszawskiego. Tu mieściło się Bractwo Teologów Prawosławnych. W budynku istniała też cerkiew św. Mikołaja. W pierwszym dniu Powstania Warszawskiego w gmachu tym rozstrzelano kilkunastu studentów Prawosławnego Seminarium Duchownego i pracowników internatu. Tragiczne wydarzenie upamiętnia dziś umieszczona na ogrodzeniu tablica. W 1944 r. gmach stał się siedzibą Urzędu Bezpieczeństwa. Potem ulokowała się tu Milicja Obywatelska, a następnie Policja.
W ciągu najbliższych czterech lat, na mocy podpisanej ugody, metropolita użycza budynku Komendzie Stołecznej Policji. Do końca czerwca br. Komenda Stołeczna Policji przekazać ma metropolii zachodnie skrzydło budynku, które przylega do zabudowań administracyjnych metropolii. Nieruchomość przy ul. Cyryla i Metodego liczy prawie 3,7 tys. m2 powierzchni.
W zamian Cerkiew prawosławna przekaże na rzecz Miasta Stołecznego Warszawy nieruchomość przy ul. 11 Listopada 18a oraz na rzecz Skarbu Państwa drugą nieruchomość w Wirowie, w powiecie sokołowskim.
Nieruchomość przy ul. 11 Listopada 18a została kupiona w latach 30. za składki emerytalne księży. Po wojnie miasto przejęło budynek i zasiedliło go. Gmach liczy 424,72 m2 powierzchni.
Nieruchomość w Wirowie, w gminie Jabłonna Lacka ma łączną powierzchnię 5,2 ha. Prawdopodobnie w Wirowie już w XIV w. stała prawosławna cerkiew. W 1712 r. Jan Godlewski, starosta ziemi nurskiej ufundował i uposażył świątynię ku czci Jana Chrzciciela. W czasach Unii wyrugowano stąd prawosławie.
W 1893 r. prawosławny arcybiskup warszawsko-chełmski Flawian zdecydował, że w Wirowie powstanie żeński monaster. Mniszki pracowały tu na rzecz okolicznej ludności, niezależnie od wyznawanej religii. Monaster rozkwitał. W szczytowym momencie żyło tu ok. 200 mniszek. Stworzyły przytułek dla starców i kalek, zajmowały się też opieką nad dziećmi i prowadzeniem nauki. W monasterze wzniesiono trzy cerkwie. Tu przybywali pielgrzymi na uroczystości Siedmiu Męczenników Machabejskich. W 1915 r. monaster ewakuowany został do Rosji. Po 1918 r. państwo przekazało teren Kościołowi rzymskokatolickiemu. Powstała tu parafia św. Antoniego Padewskiego.