Kard. Stefan Wyszyński był aktywnym uczestnikiem czwartej sesji Soboru Watykańskiego II nie tylko z racji członkowstwa w Prezydium. 20 września 1965 r. w czasie dyskusji schematem o wolności religijnej zabrał głos w imieniu całego Episkopatu Polski. Jego wypowiedź wzbudziła powszechne zainteresowanie i uznanie. Wielu ojców sobrowych zwróciło się do Prymasa Tysiąclecia z prośbą o tekst tego przemówienia. Co takiego istotnego powiedział kard. Wyszyński?

Zwrócił uwagę, że w dobie Soboru Watykańskiego istniał silny podział "dwa światy": kapitalistycznego Zachodu i komunistycznego Wschodu.

Dla Zachodu pojęcie wolności, podobnie jak i wiążące się z nim pojęcia państwa i prawa, wywodziło się z tradycji Starożytnego Rzymu i rozwinięte zostało później między innymi przez naukę św.Tomasza czy "deklarację praw człowieka". Gdyby istniało tylko takie rozumienie wolności, nie byłoby problemu, ponieważ Zachód pojmuje wolność religijną podobnie jak Kościół.

Jednak obok Zachodu był komunistyczny Wschód, dla którego podstawą rozumienia wolności był dialektyczny materializm. Według tej teorii - mówił kard. Stefan Wyszyński - prawo służy tylko jednemu celowi: dobru klasy. Stąd też prawem jest to, co służy klasie pracującej w walce o przebudowę społeczeństwa. Tak więc wyznawcy dialektycznego materializmu, socjaliści i marksiści, uznają, że wszystko, a więc i prawo, jest podporządkowane rewolucji społecznej. W takiej sytuacji nie ma stałego prawa, jego normy nie są trwałe i niezmienne. Zależą od okoliczności, od sytuacji politycznej, społecznej i gospodarczej. Podobnie, według dialektycznego materializmu, ma się sprawa zarówno z państwem, jak i wolnością. Nie ma w tych dziedzinach żadnych stałych norm. Wolność, w tym także, a może przede wszystkim, wolność religijna, jest tylko narzędziem dla zrealizowania nadrzędnego celu: panowania proletariatu.

Stąd też kard. Wyszyński zwrócił się z wnioskiem, by już we wstępie dokumentu o wolności religijnej wyraźnie to zaznaczyć.

Potrzebne to jest, a mówił to Prymas Tysiąclecia na podstawie doświadczeń kontaktów na linii Kościół - państwo w ustroju, w którym dialektyczny materializm był obowiązującą doktryną, aby tekst deklaracji był właściwie rozumiany i nie był użyty przeciwko prawom człowieka wierzącego.

13 listopada, w uroczystość św. Stanisława Kostki, zgodnie z wcześniejszymi ustaleniami, Paweł VI przyjął na audiencji polskich biskupów. Ksiądz Prymas wygłosił powitalne przemówienie, w czasie którego zwrócił się do Ojca Świętego z prośbą o przyjazd do Polski na obchody Tysiąclecia Chrztu Polski.

W odpowiedzi Paweł VI powiedział między innymi:

Oto stoją przed nami najdrożsi i nadostojniejsi biskupi polscy, dzięki którym jakby naocznie oglądamy ów szlachetny naród, który już od młodości zwykliśmy kochać szczególną miłością, gdyż jego nieustraszoną wiarę, żarliwą pobożność, wierność Stolicy Apostolskiej, niegdyś tam przebywając, mieliśmy możność poznać, a nawet dziś jesteśmy pokrzepieni, wspominając sobie jego cnoty.

Papież był optymistycznie nastawiony do ewentualnego wyjazdu do Polski. Żegnając się z przeorem paulinów, o. Jerzym Tomzińskim, wyraził nadzieję na swój pobyt w jasnogórskim sanktuarium maryjnym.