Dział etnograficzny był jednym z podstawowych i wiodących działów merytorycznych powstałego w 1909 r. Muzeum Ziemi Kujawskiej we Włocławku. Losy zbiorów etnograficznych były ściśle powiązane z dziejami tej placówki, która bardzo ucierpiała podczas ostatniej wojny. Po 1945 r. zbiory gromadzone były niemal od podstaw, a przez długie lata jedyną ekspozycją stałą w zakresie etnografii była izba kujawska oraz galeria zabytkowej rzeźby ludowej w budynku głównym Muzeum przy ul. Słowackiego.

Sytuacja zmieniła się na lepsze, gdy siedzibą Muzeum Etnograficznego został XIX-wieczny spichrz zbożowy, adaptowany na potrzeby ekspozycji stałych oraz pomieszczeń magazynowych. Przy spichrzu dobudowano rozległe zaplecze z pomieszczeniami na pracownie i biura oraz salą wystaw czasowych i biblioteką. 10 października 1986 r. w nowo oddanym budynku Muzeum Etnograficznego udostępniono zwiedzającym ekspozycję stałą Kultura ludowa Kujaw i ziemi dobrzyńskiej - wybrane zagadnienia. Zaprezentowano wiodące działy gospodarki podstawowej ( rolnictwo, hodowla, rybołówstwo), charakterystyczne dla obu regionów rzemiosła (garncarstwo, kowalstwo, kołodziejstwo, bednarstwo, plecionkarstwo i ciesielstwo). W ostatniej z sal zaaranżowano izbę kujawską, izbę dobrzyńską - z zaakcentowaniem "świętego ołtarzyka"; pokazano stroje kujawskie, zabytkową ludową rzeźbę sakralną oraz rekwizyty związane z żywą do dziś obrzędowością zapustną. Ekspozycja, w niezmienionym kształcie, istnieje do dziś.

Nowe warunki lokalowe stworzyły dogodniejsze warunki pracy merytorycznej i popularyzatorskiej. Sprecyzowane zostały główne kierunki działania w zakresie dalszego gromadzenia zbiorów, ich naukowego opracowania, głównie w postaci wydawanych katalogów zbiorów i monografii artystów ludowych z pełnym opracowaniem twórczości. Przedsięwzięciom towarzyszyły wystawy, bowiem popularyzacja własnych zbiorów muzealnych stała się priorytetowym zadaniem placówki. Świadczyć może o tym fakt, że spośród 46 wystaw czasowych aż 20 zrealizowano całkowicie lub częściowo w oparciu o własny zbiór zabytków, wg scenariuszy opracowanych przez pracowników placówki. Jednocześnie oferta wystaw czasowych została wzbogacona o prezentacje tzw. małych ojczyzn, a więc innych grup etnograficznych, niekiedy etnicznych czy wyznaniowych (Łemkowie) . Dużym powodzeniem cieszy się cykl wystaw egzotycznych, ukazujących bogactwo i odmienność kultur odległych w czasie (Sztuka starożytnego Meksyku) i przestrzeni geograficznej (Sztuka Czarnej Afryki, Sztuka Indii). Ten ostatni cykl, zwłaszcza dziś, w dobie nasilających się napięć na tle rasowym, kulturowym czy wyznaniowym wydaje się być szczególnie istotny. Uczy bowiem tolerancji w patrzeniu na odległe kultury, które z perspektywy naszej własnej tradycji mogą wydawać się nie tylko obce, ale też zupełnie niezrozumiałe.

Wypada jednak podkreślić, że nadrzędnym celem placówki jest stałe przypominanie korzeni rodzimej tradycji w całym bogactwie kulturowych odniesień, w zakresie kultury materialnej i duchowej. Realizowane jest to poprzez cykl imprez folklorystycznych. Zapraszane są zespoły wiejskie, które w inscenizacjach przypominają dawne zwyczaje, obrzędy, codzienne zajęcia wiejskie i odchodzące wartości, takie jak szacunek dla osób starszych czy poświęconych przedmiotów. Żywa jest w tych przedstawieniach gwara kujawska, wszechobecny strój regionalny, często rozbrzmiewają muzyka i śpiew. Bywają spotkania, w których akcent kładziony jest właśnie na taniec i zabawy. Tematyka imprez wiąże się z przebiegiem roku liturgicznego w Kościele katolickim oraz z cyklem następujących po sobie pór roku. Muzeum Etnograficzne, które powstało jako oddział Muzeum Ziemi Kujawskiej i Dobrzyńskiej we Włocławku, jest też zapleczem merytorycznym dla rozwijającego się skansenu w Kłóbce. Pracownicy działu etnograficznego opracowują scenariusze wnętrz skansenowskich i przygotowują imprezy folklorystyczne.