„Wprowadzenie w życie tego Dekretu soborowego (Unitatis redintegratio) (...) było od samego początku jednym z priorytetów duszpasterskich mojego pontyfikatu. Ponieważ ekumeniczna jedność nie jest drugorzędnym przymiotem wspólnoty uczniów, a działalność ekumeniczna nie stanowi jedynie jakiegoś dodatku do tradycyjnego działania Kościoła, ale opiera się na Bożym zamyśle zbawczym zgromadzenia wszystkich w jedności, są one zgodne z wolą naszego Pana Jezusa Chrystusa, który pragnął jednego tylko Kościoła i w przeddzień swej śmierci prosił Ojca, aby wszyscy stanowili jedno (J 17, 21)”. (...) Droga ekumenizmu jest drogą Kościoła (...). Obowiązek przywracania pełnej i widzialnej jedności wszystkich ochrzczonych nie spoczywa tylko na nielicznych specjalistach zajmujących się ekumenizmem; jest zadaniem każdego chrześcijanina, każdej diecezji i parafii, każdej wspólnoty Kościoła. Wszyscy są zobowiązani podjąć to zadanie i muszą sobie wziąć do serca modlitwę Jezusa o to, aby wszyscy byli jedno. Wszyscy są powołani do modlitwy i działania w intencji jedności uczniów Chrystusa” (homilia Jana Pawła II wygłoszona 13 listopada 2004 r.).
Wprawdzie działania ekumeniczne w Kościele nie zaczęły się od Jana Pawła II, ale za Jego pontyfikatu nabrały ogromnego przyśpieszenia na wszystkich płaszczyznach. Powstawały specjalne międzywyznaniowe komisje teologiczne, które bardzo powoli i z wielkim trudem wypracowywały wspólne stanowisko między podzielonymi uczniami Chrystusa. Największym osiągnięciem takiej komisji było zajęcie wspólnego stanowiska z protestantami w kwestii usprawiedliwienia, co było w przeszłości powodem wielu napięć i nieporozumień. Niełatwo jest rozmawiać ze światem protestanckim, ponieważ jest mocno podzielony, mimo to osiągnięto porozumienie w wielu sprawach i nawiązano braterskie kontakty. Tak blisko było do zjednoczenia się z Kościołem anglikańskim, dziś ten Kościół sam się osłabił i podzielił, podejmując niezbyt ewangeliczne decyzje.
Trzeba podziwiać ogromny wysiłek Ojca Świętego w dziele pojednania z „siostrzanym”, jak go nazwał, Kościołem prawosławnym. Udało się zrealizować wiele, ale jest to wciąż za mało. Wielkim pragnieniem Jana Pawła II była pielgrzymka do Rosji, spotkanie z prawosławnym patriarchą Aleksym, niestety, nie było mu to dane. Wszelkie starania odbijały się od muru obojętności. Tamta strona jeszcze nie dojrzała do szczerego dialogu, trzeba jeszcze poczekać, a jednocześnie zrobić wszystko, co w naszej mocy, by do tego dialogu doszło. W tym wypadku można liczyć tylko na Maryję, dlatego Jan Paweł II przekazał Cerkwi rosyjskiej ikonę Matki Bożej.
Tylko Papież Wojtyła rozumiał potrzebę dialogu ze starszymi braćmi w wierze, z żydami. Przecież jako chłopiec mieszkał w domu, który był własnością żydowską, chodził do szkoły i przyjaźnił się z żydowskimi kolegami. Jako pierwszy w historii Papież przekroczył próg synagogi żydowskiej w Rzymie, jako pierwszy Papież w historii nawiedził muzułmański meczet, a także zwoływał do Asyżu przedstawicieli religii świata, aby modlić się o pokój i szukać tego, co łączy.
Prawie każda pielgrzymka zagraniczna była bogata w akcenty i spotkania ekumeniczne, w Polsce pamiętamy Jego „ekumeniczne kichnięcie” we Wrocławiu, a także modlitwę w cerkwi i w kościele protestanckim. Ten Papież każdego chrześcijanina traktował zawsze jako brata. Teraz, gdy odszedł do Pana, ziarno przez Niego zasiane zaczyna owocować. Żałobą okryły się nie tylko kraje chrześcijańskie, ale również takie, w których dominuje islam czy inne religie. Ekumenizm miał w nim oparcie, dziś możemy liczyć na Jego pomoc z Nieba.
„Jednakże nie osiągnęliśmy jeszcze celu naszej ekumenicznej drogi: pełnej i widzialnej komunii w tej samej wierze, tych samych sakramentach i tej samej posłudze apostolskiej. Z pomocą Bożą niemało rozbieżności i nieporozumień zostało przezwyciężonych, ale droga nadal jest usiana kamieniami, o które możemy się potknąć. Czasem utrzymują się nie tylko nieporozumienia i uprzedzenia, ale także godne ubolewania lenistwo i ciasnota serca, a przede wszystkim rozbieżności w sprawach wiary, dotyczące w większości tematu Kościoła, jego natury i jego posług. Niestety, stajemy także wobec nowych problemów, zwłaszcza w sferze etycznej, gdzie pojawiają się nowe podziały, uniemożliwiające wspólne świadectwo” (homilia, jak wyżej).