Powitanie Relikwii nastąpiło 13 maja pod Pomnikiem Kościuszkowców na warszawskiej Pradze. Przywiózł je bp Stanisław Kędziora w towarzystwie ojców jezuitów, stróżów sanktuarium św. Andrzeja Boboli. Wierni przywitali Relikwie śpiewem „Święty Andrzeju, patronie nasz”. Obecne były liczne poczty sztandarowe, duchowieństwo, Kapituła Katedralna i Kapituła Kolegiacka, siostry zakonne, służba liturgiczna.
Witając Relikwie abp Sławoj Leszek Głódź podkreślił, że przez procesję z nimi ulicami miasta, mieszkańcom Warszawy pokazujemy przykład niezłomnej wiary i niezawodnego trwania przez całe ziemskie życie przy Bogu. Następnie utworzyła się procesja, którą do katedry św. Floriana poprowadził biskup polowy Wojska Polskiego Tadeusz Płoski. Szli w niej: kard. Józef Glemp, Prymas Polski, abp Sławoj Leszek Głódź, ordynariusz warszawsko-praski, bp Andrzej Dziuba, ordynariusz łowicki, bp Piotr Libera, sekretarz generalny Episkopatu Polski, biskup senior Kazimierz Romaniuk, biskup senior Alojzy Orszulik, biskupi pomocniczy warszawscy: Marian Duś, Piotr Jarecki, Tadeusz Pikus, sufragan warszawsko-praski bp Stanisław Kędziora oraz ks. prał. Paulo Rudelli, sekretarz Nuncjatury Apostolskiej w Warszawie.
W katedrze Mszy św. przewodniczył bp Andrzej Dziuba, ordynariusz łowicki, a homilię wygłosił kard. Józef Glemp, Prymas Polski. Mówił w niej o Patronach Polski - biskupach męczennikach św. Wojciechu i św. Stanisławie, a także o skromnym zakonniku św. Andrzeju Boboli. Nawiązując do postaci tego ostatniego Ksiądz Prymas stwierdził, że głosił on słowo Boże i mówił o jedności zbudowanej na fundamencie Apostołów i Piotra. Ksiądz Prymas zauważył, że dziś jedność jest szczególnie potrzebna, zwłaszcza w rodzinach, w państwie i w Kościele.
Pod koniec Mszy św. abp Sławoj Leszek Głódź odebrał życzenia imieninowe od przedstawicieli wszystkich stanów. W imieniu duchowieństwa złożył je bp Stanisław Kędziora. Wyraził też życzenie, aby w przyszłości jego życzeń imieninowych nie łączyć z uroczystością ku czci św. Andrzeja, dodając żartobliwie, że „św. Andrzej gotów jest jeszcze się obrazić i nie doznamy łask”.
Po Mszy św. rozpoczęło się czuwanie modlitewne przy Relikwiach.
W sobotę 14 maja uroczystości ku czci św. Andrzeja odbyły się przy krzyżu Traugutta oraz na Rynku Nowego Miasta. Przy pięknej słonecznej pogodzie Relikwie witał kard. Józef Glemp, Prymas Polski. Spod krzyża wyruszyła procesja, którą na Rynek Nowego Miasta poprowadził abp Sławoj Leszek Głódź.
Na Rynku Nowego Miasta Mszy św. koncelebrowanej przewodniczył bp Tadeusz Płoski, a homilię wygłosił abp Józef Życiński. Nawiązał w niej do duchowego dziedzictwa, jakie pozostawił nam Jan Paweł II. - Trzeba we wzorze życia ukazywanym przez Ojca Świętego - podkreślił Metropolita lubelski - szukać tego stylu, w którym nawet cierpieniem i bólem buduje się Ewangelię życia, cywilizację miłości i daje świadectwo. Siła oddziaływania Papieża wyrażała się także umiejętnością milczenia. Może najsilniej mówił nie swoimi dokumentami, ale wtedy, kiedy już nie mógł mówić, kiedy każde słowo sprawiało mu ogromny wysiłek.
Abp Życiński podkreślił, że Jan Paweł II potrafił słuchać i w tym słuchaniu jawi się jako nauczyciel prawdy, której nie wyrazi się ani w krzyku ani w reklamie. - Żyjąc w świecie, gdzie tak dużo zgiełku, licytacji politycznych, krzyku, kto jest większym patriotą, a kto mniejszym, trzeba stworzyć - jak Ojciec Święty - strefę wielkiego wyciszenia, trzeba uklęknąć przy milczącej Hostii-Eucharystii, by usłyszeć najważniejsze treści.
Metropolita lubelski zauważył, że długo uczono nas podejrzeń i nieufności. Niektórym pozostało to do dziś i wszędzie widzą zdrajców albo tajnych współpracowników. Tak nie może być w katolickim narodzie, który wydał tak wielkich świętych.
Kaznodzieja powiedział, że z bólem patrzy na sytuację, kiedy coraz częściej zamiast prawdy, ważniejsza staje się pogoń za sensacją. Kiedy w stronę autorytetów moralnych kieruje się oskarżenia np. o współpracę, na podstawie notatek, które uczynił przed laty jakiś funkcjonariusz służby bezpieczeństwa. Jego zapiski stanowią jedyną podstawę do oskarżeń uczciwych ludzi. Tak nie można! To jest zniekształcanie prawdy. Gdybyśmy szli w tym kierunku, wtedy biografię ks. Jerzego Popiełuszki mogliby pisać ci, którzy w ramach prowokacji podrzucali mu granaty do mieszkania czy pisali artykuły nt. „garsoniery obywatela Popiełuszki”. Wtedy reagowaliśmy słusznym protestem na ich zakłamanie. Dziś nobilitacja ich kolegów, którzy po latach chcą zwrócić na siebie uwagę, jest niedopuszczalna.
Tradycyjnie już dary ofiarne złożone podczas Mszy św. przeznaczone zostały na potrzeby parafii na Wschodzie.